C1027_00300 C1027_00300   C1027_00320 C1027_00320

C1027_00310 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainC-1027
Entry nameC-1027
Contig
Start / Stop / Direction37,554 / 38,933 / + [in whole cluster]
37,554 / 38,933 / + [in contig]
Location37554..38933 [in whole cluster]
37554..38933 [in contig]
TypeCDS
Length1,380 bp (459 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category1.2 NRPS
Productnon-ribosomal peptide synthetase condensation domain protein
Product (GenBank)C-domain type II peptide synthetase
GenesgcC5
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • (S)-3-chloro-4,5-dihydroxy-beta-phenylalanine
Note
  • This ORF catalyzes both ester and amide bond formation between the donor and acceptor substrates.
Note (GenBank)
  • ORF23
Reference
ACC
PmId
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
[19246381] A free-standing condensation enzyme catalyzing ester bond formation in C-1027 biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2009)
[22519717] Specificity of the ester bond forming condensation enzyme SgcC5 in C-1027 biosynthesis. (Org Lett. , 2012)
comment
[PMID:12183628]
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

sgcC to sgcC5, encoding beta-amino biosynthesis.
NRPS-condensation enzyme(SgcC5)としている。
反応産物をSgcC5によりenedyine coreへ付着させると推測。


[PMID:19246381]
SgcC5の機能解析

C-1027にはfreestandingのC domain (SgcC5), A domain (SgcC1), PCP (SgcC2)が同定されている。これらがminimal NRPS extension moduleを構築しているとされる。
SgcC5はall modular NRPS C domainsで高く保存されるHHXXXDX14Y motifを保存していたが、SgcC5と既知のNRPS C domainsとの相同性は低い。
SgcC5の基質特異性、kinetics、立体特異性を調べ機能を同定した。
SgcC5はSgcC2-tethered (S)-3-chloro-5-hydroxy-beta-tyrosineとenediyne core mimic (R)-1-phenyl-1,2-ethanediol間のエステル結合形成を行うことを示した。また、SgcC5は(S)-3-chloro-5-hydroxy-beta-tyrosyl-(S)-SgcC2と(R)-2-amino-1-phenyl-1-ethanol間のアミド結合の形成を行うことも示した。
SgcC5はesterとamide bond formationを両方行う初めてのNRPS C domainであることを示した。


[PMID:22519717]
SgcC5の機能解析
　
SgcC5はdonor基質としてそれを認識するためにSgcC2へ(S)-3-chloro-5-hydroxy-beta-tyrosineのtetheringが必須であり、SgcC5が1-phenyl-1,2-ethanのC-2 hydroxyl groupに対してregiospecific ester結合を触媒する事を明らかにした。

close this sectionPKS/NRPS Module

B1
C13..317

close this sectionSequence

selected fasta
>non-ribosomal peptide synthetase condensation domain protein [C-domain type II peptide synthetase]
MTTSDTTDRSQDGVPPLSFHQEFLCMFDSGNDGADVGPFGPMYHIVGAWRLTGGIDEETL
REALGDVVVRHEALRTSLVREGGTHRPEILPAGPAALEVRDLGDVDESERVRRGEELLNE
VESTGLSVRELPLLRAVLGRFDQKDAVLVLIAHHTAADAWAMHVIARDLLNLYAARRGNP
VPPLPEPAQHAEFARWEREAAEAPRVAVSKEFWRKRLQGARIIGLETDIPRSAGLPKGTA
WQRFAVRGELADAVVEFSRAAKCSPFMTMFAAYQVLLHRRTGELDITVPTFSGGRNNSRF
EDTVGSFINFLPLRTDLSGCASFREVVLRTRTTCGEAFTHELPFSRLIPEVPELMASAAS
DNHQISVFQAVHAPASEGPEQAGDLTYSKIWERQLSQAEGSDIPDGVLWSIHIDPSGSMA
GSLGYNTNRFKDETMAAFLADYLDVLENAVARPDAPFTS
selected fasta
>non-ribosomal peptide synthetase condensation domain protein [C-domain type II peptide synthetase]
ATGACGACGTCCGACACCACCGACCGGTCCCAGGACGGCGTGCCGCCGCTCTCCTTCCAC
CAGGAGTTCCTGTGCATGTTCGACAGCGGGAACGACGGCGCCGACGTGGGGCCGTTCGGC
CCCATGTACCACATCGTCGGAGCCTGGCGGCTGACCGGCGGGATCGACGAGGAGACCCTG
CGCGAGGCGCTGGGTGACGTCGTCGTGCGCCACGAGGCCCTGCGCACATCGCTGGTCCGC
GAAGGTGGCACGCACCGGCCGGAGATCCTGCCTGCGGGGCCCGCCGCGCTGGAGGTCCGT
GATCTCGGCGACGTCGACGAGTCGGAGCGGGTGCGGCGCGGTGAGGAACTGCTCAACGAG
GTGGAGTCGACCGGTCTGAGCGTGCGGGAGCTGCCCCTGCTGCGGGCCGTGCTCGGACGC
TTCGACCAGAAGGACGCGGTGCTGGTCCTCATCGCCCACCACACCGCCGCGGACGCCTGG
GCCATGCACGTCATCGCCCGCGACCTGCTCAACCTGTACGCCGCCAGGCGCGGGAACCCG
GTTCCCCCGCTCCCCGAGCCGGCCCAGCATGCCGAGTTCGCCCGCTGGGAGCGCGAGGCG
GCCGAGGCACCGCGGGTCGCGGTCTCGAAGGAATTCTGGCGCAAGCGCCTCCAGGGCGCG
CGGATCATCGGGCTGGAGACGGACATACCGCGCTCGGCGGGGCTGCCCAAGGGCACCGCG
TGGCAGCGCTTCGCCGTACGCGGGGAACTGGCCGACGCCGTGGTGGAGTTCTCACGGGCC
GCCAAGTGCTCCCCGTTCATGACCATGTTCGCCGCCTACCAGGTGCTGCTGCACCGCAGG
ACGGGCGAGCTGGACATCACCGTGCCGACCTTCTCCGGGGGGCGCAACAACTCGCGGTTC
GAGGACACCGTCGGTTCCTTCATCAACTTCCTGCCGCTGCGTACCGACCTCTCCGGATGC
GCATCCTTCCGCGAGGTCGTGCTGCGCACCCGCACCACCTGCGGAGAGGCGTTCACCCAC
GAGCTGCCCTTCTCCCGGCTGATCCCGGAGGTGCCGGAGCTGATGGCGTCGGCGGCCTCC
GACAACCACCAGATCTCCGTCTTCCAGGCCGTGCACGCGCCCGCGTCCGAGGGGCCCGAG
CAGGCCGGGGACCTGACGTACTCGAAGATCTGGGAGCGGCAGCTGTCGCAGGCGGAGGGC
TCCGACATCCCCGACGGGGTGCTGTGGTCGATCCACATCGACCCCTCGGGCTCCATGGCC
GGCAGCCTCGGGTACAACACCAACCGCTTCAAGGACGAGACGATGGCGGCCTTCCTGGCC
GACTACCTCGACGTGCTCGAGAACGCGGTGGCCCGGCCGGACGCCCCCTTCACCTCCTGA
[1] C13..317
[1] C37..951

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001242 Condensation domain (Domain)
[13-317] 2.1e-44 PF00668
PF00668   Condensation
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
C1027_00300 C1027_00300   C1027_00320 C1027_00320
Page top