Calm_00240 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora echinospora
Strain	NRRL 15839
Entry name	Calicheamicin
Contig	AF497482
Start / Stop / Direction	26,896 / 24,503 / - [in whole cluster] 26,896 / 24,503 / - [in contig]
Location	complement(24503..26896) [in whole cluster] complement(24503..26896) [in contig]
Type	CDS
Length	2,394 bp (797 aa)

Annotation

Category	5.1 general function
Product	putative ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC
Product (GenBank)	CalR4
Gene	calR4 clpC
Gene (GenBank)	calR4
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8KNH3 PmId [12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002) comment calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告このORFは、Fig2の生合成clusterにて、putative regulatory elements(R1 to R9)と示されているのみ。本文中では特にふれていない。
Related Reference	ACC P37571 PmId [8195092] ( , ) [9890793] ( , ) comment Bacillus subtilis Negative regulator of genetic competence clpC/mecB [PMID:8195092] clpC遺伝子のクローニング、熱ショック等の様々なストレスによって発現が誘導されること、以前にgeneral stress protein (Gspl2)と同定されていたタンパク質と同一であること、熱ショック時の誘導はSigB非依存的であること、clpC挿入変異株では熱ショックや塩ストレスへの耐性が低くなり、ストレス時の細胞が細長くなる現象が生じることが示されている。 [PMID:9890793] competenceに関与する遺伝子のtranscriptional regulatorであるComKの分解にはMecA, ClpC, ClpPが必要であること、ComS非存在下で分解が促進されること、ComS存在下ではClpCPによってMecAが分解され、またComS自身も分解されること等が示されており、competenceへ展開するか、もしくは脱出するかがproteolysisによって制御を受けているとしている。

Sequence

>putative ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC [CalR4]
MRVRGVAAKALESLGISLEGVRQQVEEIIGQGQQAPSGHIPFTPRAKKVLELSLREALQL
GHNYIGTEHILLGLIREGEGVAAQVLVKLGADLNRVRQQVIQLLSGYQGKEPAAAGAAAG
EAAPSTSLVLDQFGRNLTQAAREGKLDPVIGREKEIERVMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVG
KTAVVEGLSQKIIKGEVPETLKDKQLYTLDLGALVAGSRYRGDFEERLKKVLKEIRTRGD
IILFIDEIHTLVGAGAAEGAIDAASILKPMLARGELQTIGATTLDEYRKHLEKDAALERR
FQPIQVGEPSLAHTIEILKGLRDRYEAHHRVSITDAALVAAATLADRYISDRFLPDKAID
LIDEAGARMRIRRMTAPPDLRDFDERIAQVRRDKESAIDAQDFERAAQLRDKEKQLLGQK
AQREKEWKAGDLDVVSEVDDEQIAEVLGNWTGIPVYKLTEEETSRLLRMEDELHKRVIGQ
EDAVKAVSKAIRRTRAGLKDPKRPSGSFIFAGPSGVGKTELSKALAEFLFGSEDALIQLD
MSEFHDRYTVSRLVGAPPGYVGYDEGGQLTEKVRRRPFSVVLFDEIEKAHPDVFNTLLQI
LEDGRLTDGQGRIVDFKNTVIILTTNLGTRDVAKAVSLGFQASEDSESNYDRMKQKVNDE
LKQHFRPEFLNRIDDTIVFHQLRENEILSIVDIMIARIETQLRNKDMGLELTDNAKKYLA
KKGFDPVLGARPLRRTIQRDIEDNLSERILFNELTPGQIVVVDCEGDPSNTAKSKLVFRG
ADKPPTGPVPDAGAVTA

>putative ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC [CalR4]
ATGAGGGTGAGGGGTGTGGCTGCGAAGGCTCTGGAGAGTCTTGGTATCTCTCTGGAGGGT
GTGCGTCAGCAGGTCGAGGAGATCATCGGCCAGGGTCAGCAGGCGCCGAGCGGGCATATT
CCGTTCACGCCGCGGGCGAAGAAGGTGTTGGAGCTGTCGCTGCGTGAGGCGTTGCAGCTC
GGCCACAACTACATCGGTACGGAGCACATCCTGCTGGGTCTGATCCGTGAGGGTGAGGGT
GTCGCCGCCCAGGTGCTGGTGAAGCTGGGTGCGGACCTGAACCGGGTGCGGCAGCAGGTG
ATCCAGTTGCTGTCGGGTTACCAGGGCAAGGAGCCGGCTGCGGCGGGTGCTGCGGCGGGT
GAGGCCGCGCCGTCGACCAGCCTTGTGCTGGACCAGTTCGGTCGGAACCTGACCCAGGCC
GCCCGTGAGGGCAAGCTCGACCCGGTGATCGGGCGGGAGAAGGAAATCGAGCGGGTCATG
CAGGTGTTGTCCCGCCGGACGAAGAACAACCCGGTCCTGATCGGTGAGCCCGGTGTCGGT
AAGACCGCCGTGGTGGAGGGCCTGTCCCAGAAGATCATCAAGGGCGAGGTGCCCGAGACG
CTGAAGGACAAGCAGCTCTACACCCTCGACCTGGGTGCGCTGGTGGCTGGTTCCCGCTAC
CGGGGTGACTTCGAGGAGCGCTTGAAGAAGGTGCTCAAGGAGATCCGCACGCGGGGCGAC
ATCATCCTGTTCATCGACGAGATCCACACCCTCGTCGGGGCTGGGGCGGCGGAGGGCGCG
ATCGACGCGGCGTCGATTCTGAAGCCGATGCTGGCTCGTGGTGAGTTGCAGACCATCGGT
GCGACGACGCTGGACGAGTACCGCAAGCACTTGGAGAAGGACGCCGCTCTTGAGCGTCGT
TTCCAGCCGATTCAGGTGGGTGAGCCGTCGCTGGCGCACACCATCGAGATCCTCAAGGGG
CTGCGGGACCGGTACGAGGCGCACCACCGGGTGAGCATCACCGACGCCGCCCTGGTGGCG
GCGGCGACGCTGGCGGACCGGTACATCTCCGATCGGTTCCTGCCGGACAAGGCGATCGAC
CTGATCGACGAGGCGGGTGCGCGGATGCGGATCCGTCGGATGACCGCGCCGCCGGACCTG
CGTGACTTCGATGAGCGCATCGCGCAGGTGCGCCGTGACAAGGAGTCCGCGATCGACGCG
CAGGACTTCGAGCGGGCCGCGCAGCTGCGGGACAAGGAGAAGCAGCTGCTGGGTCAGAAG
GCGCAGCGGGAGAAGGAGTGGAAGGCCGGCGACCTGGACGTCGTCAGTGAGGTCGACGAC
GAGCAGATCGCTGAGGTGCTGGGTAACTGGACCGGCATCCCGGTGTACAAGTTGACCGAG
GAGGAGACCTCGCGTCTGCTGCGCATGGAGGACGAGCTGCACAAGCGCGTCATCGGGCAG
GAGGACGCGGTCAAGGCCGTCTCGAAGGCGATCCGCCGTACCCGCGCGGGGTTGAAGGAC
CCGAAGCGCCCGTCGGGGTCGTTCATCTTCGCCGGCCCGTCCGGTGTCGGTAAGACCGAG
CTGTCCAAGGCCCTGGCGGAGTTCCTGTTCGGGTCCGAGGACGCGCTGATCCAGCTGGAC
ATGTCGGAGTTCCACGACCGGTACACGGTGTCGCGGCTGGTGGGTGCCCCTCCCGGCTAC
GTCGGCTACGACGAGGGCGGTCAGCTGACGGAGAAGGTGCGGCGTCGGCCGTTCTCGGTG
GTCCTGTTCGACGAGATCGAGAAGGCCCACCCGGACGTGTTCAACACGCTGCTCCAGATC
CTGGAGGACGGTCGGCTCACCGATGGTCAGGGTCGGATCGTGGACTTCAAGAACACGGTC
ATCATCCTGACCACGAACCTGGGTACCCGTGACGTGGCGAAGGCCGTGTCGCTGGGCTTC
CAGGCGTCGGAGGACTCGGAGTCGAACTACGACCGGATGAAGCAGAAGGTCAACGACGAG
TTGAAGCAGCACTTCCGGCCGGAGTTCCTGAACCGTATCGATGACACGATCGTGTTCCAC
CAGCTGCGCGAGAACGAGATCCTGTCGATCGTGGACATCATGATCGCTCGGATCGAGACG
CAGCTGCGGAACAAGGACATGGGTCTGGAGCTGACCGACAACGCCAAGAAGTACCTGGCG
AAGAAGGGCTTCGACCCCGTGCTCGGCGCGCGGCCGCTGCGCCGCACGATCCAGCGCGAC
ATCGAGGACAACCTGTCCGAGCGGATCCTGTTCAACGAACTGACCCCCGGCCAGATCGTC
GTCGTCGACTGCGAAGGCGACCCCAGCAACACCGCCAAGTCCAAGCTCGTGTTCCGGGGA
GCCGACAAGCCGCCGACAGGGCCGGTCCCCGACGCCGGGGCGGTGACGGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001270 Chaperonin ClpA/B (Family) PR00300 CLPPROTEASEA IPR001943 UVR domain (Domain) PS50151 UVR PF02151 UVR IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain) SM00382 AAA IPR003959 ATPase, AAA-type, core (Domain) PF00004 AAA IPR004176 Clp, N-terminal (Domain) PF02861 Clp_N IPR013093 ATPase, AAA-2 (Domain) PF07724 AAA_2 IPR018368 Chaperonin ClpA/B, conserved site (Conserved_site) PS00870 CLPAB_1 IPR019489 Clp ATPase, C-terminal (Domain) PF10431 ClpB_D2-small SM01086 ClpB_D2-small IPR023150 Double Clp-N motif (Domain) G3DSA:1.10.1780.10 Dbl_Clp-N
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Calm_00230 Calm_00250