Calm_00330 Calm_00330   Calm_00350 Calm_00350

Calm_00340 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15839
Entry nameCalicheamicin
Contig
Start / Stop / Direction38,313 / 37,168 / - [in whole cluster]
38,313 / 37,168 / - [in contig]
Locationcomplement(37168..38313) [in whole cluster]
complement(37168..38313) [in contig]
TypeCDS
Length1,146 bp (381 aa)
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Category3.4 other modification
Productmethionine gamma-lyase
Product (GenBank)CalE6
Gene
Gene (GenBank)calE6
EC number4.4.1.11
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002)
[25404066] Identification and characterization of a methionine gamma-lyase in the calicheamicin biosynthetic cluster of Micromonospora echinospora. (Chembiochem. , 2015)
comment
[PMID: 12183629](2002)
calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告

polyketide construction or modificationに関与するORFとしている。機能解析はされていない。

---
[PMID: 25404066](2015)
CalE6がmethionine gamma-lyase(MGL)活性を持つことを確認している。結晶構造解析から、活性に関与するactive site残基を特定している。

cystathionine gamma-lyases(CGLs) とcystathionine gamma-synthases(CGSs)に高い配列相同性を示すが、これらの活性は持たない。

calicheamicinsの生合成においては組立ブロックとしてmethanethiol(methylthiol)を供給する役割をすると考えられている。
Related Reference
ACC
A2RM21
PmId
[10620674] ( , )
comment
Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363)_metC
Cystathionine beta-lyase (SW)
cystathionine beta/gamma-lyase (pubmed)

[PMID:10618201]
MG1363, B78株_metC genesのcloning、過剰発現、mutant作製(MG1363株)について
酵素活性は、cell extractを用いてmercaputideを検出(基質cystathionine分解後の産物、free-thiol+DTNBから成る)
したことから、cystathionine beta-lyaseだとしている
Met=>methanetiol活性も若干あり。
metC mutantはcystathionine分解減少(無くなりはしなかった)したことから必須ではないとしている。

[PMID:10620674] strain MG1363, abstract only　
cystathionine beta/gamma-lyase (EC 4.4.1.8/4.4.1.1)
E. coliで発現した酵素にて機能解析を行っている。

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selected fasta
>methionine gamma-lyase [CalE6]
MSGMRFDTRLVHGGRRPSAGTGDVVPPIHVSTTYERRAQDEPRYFYGRGENPTREELEEC
LAGLERAPFATVFSSGQAAAATLLSLVRPGQCVVSTDDVYAGTDGLFDLAARQGVRVRYA
DLTTPEGIAAALAEPDLALVWIETPTNPLLTVVDVAEVSRRAHERGARVVVDNTFASPVL
QQPLALGADVSLYSTTKSIAGHADVLGGALVYRDADLHAAVRAYRTTAGNVPGALDCFLV
RRGLHTLSLRVHRQVATARVLVERLRASPVVGAVHYPGLPEHPQHAVVKAQMSAPGAIVS
FDYLGGPAERLLDRFTLFTCGVSLGGVHSLVECPALMTHRPLSAEARARRGIGESLIRLS
VGIEDPQDLAEDLSRALAGGT
selected fasta
>methionine gamma-lyase [CalE6]
GTGAGCGGTATGCGCTTCGACACCCGGCTGGTGCACGGCGGCCGCCGGCCGTCGGCCGGC
ACCGGGGACGTCGTCCCCCCGATCCACGTCTCCACCACCTACGAGCGCCGCGCGCAGGAC
GAGCCCCGCTACTTCTACGGCCGGGGCGAGAACCCCACCCGGGAGGAGCTGGAGGAGTGC
CTCGCCGGTCTGGAGCGGGCGCCGTTCGCCACGGTCTTCTCCTCCGGGCAGGCCGCCGCC
GCGACCCTGCTGTCGCTGGTGCGGCCCGGGCAGTGCGTGGTGAGCACCGACGACGTGTAC
GCCGGCACCGACGGCCTGTTCGACCTGGCCGCGCGGCAGGGCGTGCGGGTGCGGTACGCC
GACCTGACCACGCCGGAGGGGATCGCGGCGGCCCTGGCCGAGCCGGACCTGGCCCTGGTC
TGGATCGAGACGCCGACCAACCCGCTGCTCACCGTGGTGGACGTCGCCGAGGTCAGCCGG
CGGGCGCACGAGCGGGGGGCCCGCGTGGTGGTCGACAACACCTTCGCCAGCCCGGTGCTC
CAGCAGCCGCTGGCGCTCGGCGCCGACGTCTCGCTGTACAGCACCACCAAGTCCATCGCC
GGCCACGCGGACGTGCTGGGCGGTGCCCTCGTCTACCGCGACGCGGACCTGCACGCCGCG
GTCCGGGCGTACCGGACGACGGCCGGGAACGTGCCGGGGGCGCTGGACTGCTTCCTGGTC
CGCCGGGGGCTGCACACCCTGTCGCTGCGGGTGCACCGGCAGGTCGCCACCGCGCGCGTC
CTGGTGGAGCGGCTGCGGGCGAGCCCCGTGGTCGGCGCCGTCCACTATCCGGGGCTGCCC
GAGCACCCCCAGCACGCGGTCGTCAAGGCCCAGATGAGCGCGCCCGGCGCGATCGTCTCC
TTCGACTACCTCGGCGGCCCCGCCGAGCGACTGCTGGACCGGTTCACGCTCTTCACCTGC
GGCGTCAGCCTCGGGGGCGTGCACTCCCTTGTGGAGTGCCCGGCCCTGATGACGCACCGT
CCGCTGTCGGCCGAGGCGCGCGCGCGTCGGGGCATCGGCGAGTCGCTGATCCGGTTGTCG
GTCGGCATCGAGGACCCGCAGGACCTCGCCGAGGACCTGTCCCGGGCGCTGGCGGGCGGC
ACCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000277 Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme (Family)
[7-381] PIRSF001434
PIRSF001434   CGS
[7-377] 1.9e-116 PF01053
PF01053   Cys_Met_Meta_PP
IPR015421 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (Domain)
[6-246] 1.39999999999997e-78 G3DSA:3.40.640.10
G3DSA:3.40.640.10   PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1
IPR015422 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (Domain)
[247-378] 1.80000000000002e-42 G3DSA:3.90.1150.10
G3DSA:3.90.1150.10   PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub2
IPR015424 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (Domain)
[10-378] 3.39999972437719e-99 SSF53383
SSF53383   PyrdxlP-dep_Trfase_major
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Calm_00330 Calm_00330   Calm_00350 Calm_00350
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