Calm_00420 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora echinospora
Strain	NRRL 15839
Entry name	Calicheamicin
Contig	AF497482
Start / Stop / Direction	51,004 / 51,993 / + [in whole cluster] 51,004 / 51,993 / + [in contig]
Location	51004..51993 [in whole cluster] 51004..51993 [in contig]
Type	CDS
Length	990 bp (329 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	UDP-glucuronic acid decarboxylase
Product (GenBank)	CalS9
Gene
Gene (GenBank)	calS9
EC number
Keyword	aminodideoxypentose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8KNF5 PmId [12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002) [19290519] Characterization of CalS9 in the biosynthesis of UDP-xylose and the production of xylosyl-attached hybrid compound. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2009) [19058170] Natural-product sugar biosynthesis and enzymatic glycodiversification. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2008) [26289554] Characterization of Early Enzymes Involved in TDP-Aminodideoxypentose Biosynthesis en Route to Indolocarbazole AT2433. (Chembiochem. , 2015) comment [PMID:12183629] calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告このORFは、Fig2の生合成clusterにて、expected production of four unusual activated nucleotide sugars (S1 to S14)と示されているのみ。本文中では特にふれていない。 --- [PMID:19290519] CalS9の機能解析論文。 CalS9の特徴付けを3つの方法で調査。・NAD+ cofactor存在下でUDP-GlcAを基質として使用し得られた産物のHPLC解析から、UDP-GlcA → UDP-xyloseの経路を確認。・UDP-Glc, CalS8, NAD+, CalS9を使用し得られた反応産物のHPLC,ESI-MS解析から、UDP-Glc → UDP-GlcA → UDP-xyloseの反応を確認。・thymidyl kinase, acetyl kinase, CalS7, CalS8, CalS9を使用したone-pot assayから得られた産物のHPLC解析から、UMPをスターター基質としてUDP-Glc and UDP-GlcAを経由してUDP-xyloseを形成する経路 (UMP → UDP-Glc, UDP → Glc → UDP-GlcA, UDP-GlcA → UDP-xylose) を確認。いずれのassayもCalS9がUDP-GlcA decarboxylaseであることを証明した。 --- [PMID:19058170] 天然糖の生合成に関する総論この論文中で、UDP-alpha-D-glucoseから進む2 step (calS8, calS9) はdTDP-sugar pathwayでは前例のない経路であり、その後の4 step (calS14, calS12, calS13, calS10) はdTDP-sugar pathwayでは共通して保存されている経路であるが、UDP-sugar生合成にとってはuniqueであると記述している。 --- [PMID: 26289554] CalS9は主な産物として、これまで報告されていたUDP-α-D-xyloseよりも、UDP-4-keto-α-D-xyloseを触媒する。
Related Reference	ACC Q0H2W2 PmId [26289554] Characterization of Early Enzymes Involved in TDP-Aminodideoxypentose Biosynthesis en Route to Indolocarbazole AT2433. (Chembiochem. , 2015) comment BLAST id60% Actinomadura melliaura_atS9(atmS9) Putative UDP-glucose 4-epimerase Actinomadura melliauraにおけるAT2433のaminodideoxypentose生合成に関連する・dTDP-α-D-glucose dehydrogenase (AtmS8) ・dTDP-α-D-glucuronic acid decarboxylase (AtmS9) ・dTDP-4-keto-α-D-xylose 2,3-dehydratase (AtmS14) の特徴づけ。 AT2433とcalicheamicinに共通するaminodeoxypentose経路が提唱されている。

Sequence

>UDP-glucuronic acid decarboxylase [CalS9]
MPRSLVTGGFGFVGSHVVERLVRRGDEVVVYDLADPPPDLEHPPGAIRHVRGDVRDADGL
AAAATGVDEVYHLAAVVGVDRYLSRPLDVVEINVDGTRNALRAALRAGARVVVSSTSEVY
GRNPRVPWREDDDRVLGSTATDRWSYSTSKAAAEHLAFAFHRQEGLPVTVLRYFNVYGPR
QRPAYVLSRTVARLLRGVPPVVYDDGRQTRCFTWIDEAAEATLLAAAHPRAVGECFNIGS
SVETTVAEAVRLAGTVAGVPVAAQTADTGAGLGARYQDIPRRVPDCGKAAALLDWRARVP
LVTGLRRTVEWARRNPWWTAQADDGLVVR

>UDP-glucuronic acid decarboxylase [CalS9]
GTGCCCAGATCCCTGGTCACCGGCGGCTTCGGCTTCGTCGGCAGTCACGTCGTCGAACGG
CTGGTCCGCCGGGGTGACGAGGTCGTCGTCTACGACCTCGCCGACCCGCCGCCCGACCTG
GAGCACCCGCCGGGCGCGATCCGGCACGTCCGCGGCGACGTCCGGGACGCCGACGGGCTG
GCGGCCGCCGCCACCGGCGTGGACGAGGTCTACCACCTCGCGGCGGTCGTCGGCGTCGAC
CGGTACCTCAGCCGGCCGCTGGACGTGGTCGAGATCAACGTGGACGGCACCCGGAACGCG
TTGCGCGCCGCACTGCGCGCCGGTGCCCGGGTCGTGGTGTCCAGCACCAGCGAGGTGTAC
GGGCGCAATCCGCGGGTGCCGTGGCGGGAGGACGACGACCGGGTGCTCGGCAGCACGGCG
ACGGACCGGTGGTCGTACTCGACGAGCAAGGCGGCGGCCGAGCACCTGGCCTTCGCCTTC
CACCGGCAGGAGGGCCTGCCGGTGACGGTGCTGCGGTACTTCAACGTCTACGGCCCACGC
CAGCGCCCGGCGTACGTCCTCAGCCGCACCGTCGCCCGCCTGCTGCGGGGCGTTCCGCCC
GTGGTGTACGACGACGGCCGCCAGACGCGGTGCTTCACCTGGATCGACGAGGCGGCCGAG
GCGACCCTGCTGGCCGCCGCCCACCCGCGGGCCGTCGGCGAGTGTTTCAACATCGGCAGC
AGCGTGGAGACCACCGTCGCCGAGGCGGTCCGGCTGGCCGGCACGGTGGCCGGGGTGCCG
GTGGCGGCCCAGACCGCGGACACCGGAGCCGGGCTCGGCGCCCGCTACCAGGACATTCCC
CGCCGCGTACCGGACTGCGGCAAGGCCGCCGCGCTGCTGGACTGGCGGGCCCGGGTGCCG
CTGGTGACCGGCCTGCGCCGGACCGTCGAGTGGGCCCGCCGCAACCCGTGGTGGACCGCC
CAGGCCGACGACGGACTGGTCGTCAGGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001509 NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain) PF01370 Epimerase IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd IPR020904 Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site (Conserved_site) PS00061 ADH_SHORT
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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