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Calm_00470 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15839
Entry nameCalicheamicin
Contig
Start / Stop / Direction55,857 / 56,402 / + [in whole cluster]
55,857 / 56,402 / + [in contig]
Location55857..56402 [in whole cluster]
55857..56402 [in contig]
TypeCDS
Length546 bp (181 aa)
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Category4.4 resistance
Productcalicheamicin resistance protein
Product (GenBank)CalC
Gene
Gene (GenBank)calC
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002)
[12970566] Resistance to enediyne antitumor antibiotics by CalC self-sacrifice. (Science. , 2003)
[17168523] Structural insight into the self-sacrifice mechanism of enediyne resistance. (ACS Chem Biol. , 2006)
comment
[PMID:12183629(2002)]
calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告

このORFは、Fig2の生合成clusterにて、resistance遺伝子としている。本文中とくにふれていない。


[PMID: 登録外 (2000) J. Am. Chem. Soc., 2000, 122 (7), pp 1556-1557]
The Gene calC Encodes for a Non-Heme Iron Metalloprotein Responsible for Calicheamicin Self-Resistance in Micromonospora

CalCの機能解析論文
calCをcloning, 大腸菌にmaltose binding proteinとcalCをfusionさせた遺伝子(mbp-calC)を導入し、過剰発現させ精製した。
CalCがnon-heme iron metalloproteinであることと、in vitroで準化学量論的な濃縮でDNA切断を抑制出来ることを示した。自己耐性については、調査が必要との記述あり。


[PMID:12970566]
CalCの機能解析論文

calCを単独でE.coliに導入し発現、精製している。
MBL assayでDNAの切断をモニターしたところ、calCの濃度依存的であった。他の10員環化合物へのcalCの影響を調べると、namenamicin、shishijimicin AでcalCによる耐性が確認された。
また、calicheamicinとcalCのinteractionはcalicheamicinの濃度が高いほどcalCが分解され2つのペプチドが形成していた。このペプチドの解析からGly113の変異株を作製し、Gly113が耐性に関与することを示した。


[PMID:17168523]　abstract
CalCの結晶構造解析論文

これまでに研究されてきたDNA-damaging天然産物に結合するタンパク質とは異なり、CalCはsteroidogenic acute regulatory protein (StAR)-related transfer (START) domain superfamilyに属するタンパク質で、START domain foldをもつグループでの初めての報告。

CalCと複合体を形成するcalicheamicinは、耐性メカニズムを元にした酸化的タンパク質分解を開始するため、Gly113から直接hydrogenを抽出するために位置していた。これはCalCの自己犠牲メカニズムと一致していた。さらに、構造解析からCalCがもつDNA-binding領域はendiyne target(DNA)へCalCを局在させるために働くかもしれないと示した。

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selected fasta
>calicheamicin resistance protein [CalC]
MTQEKTAPAAKSTTTKSTAAKKPKPPNYDPFVRHSVTVKADRKTAFKTFLEGFPEWWPNN
FRTTKVGAPLGVDKKGGRWYEIDEQGEEHTFGLIRKVDEPDTLVIGWRLNGFGRIDPDNS
SEFTVTFVADGQKKTRVDVEHTHFDRMGTKHAKRVRNGMDKGWPTILQSFQDKIDEEGAK
K
selected fasta
>calicheamicin resistance protein [CalC]
ATGACTCAGGAGAAGACCGCACCGGCCGCGAAGAGCACGACCACCAAGAGCACCGCCGCG
AAGAAGCCGAAGCCCCCGAACTACGACCCGTTCGTCCGGCACAGCGTCACTGTCAAGGCC
GACCGCAAGACCGCCTTCAAGACGTTCCTCGAAGGCTTTCCGGAGTGGTGGCCGAACAAC
TTCCGCACCACCAAGGTCGGGGCCCCGCTGGGCGTCGACAAGAAGGGCGGCCGCTGGTAC
GAGATCGACGAGCAGGGCGAGGAGCACACCTTCGGCCTGATCCGGAAGGTGGACGAGCCG
GACACGCTGGTCATCGGCTGGCGGCTCAACGGCTTCGGCCGGATCGACCCGGACAACTCG
AGCGAGTTCACCGTGACCTTCGTGGCCGACGGCCAGAAGAAGACCCGGGTGGACGTCGAG
CACACCCACTTCGACCGGATGGGCACCAAGCACGCCAAGCGGGTCCGCAACGGCATGGAC
AAGGGCTGGCCGACGATCCTCCAGTCGTTCCAGGACAAGATCGACGAGGAAGGGGCGAAG
AAGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR013538 Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like (Family)
[51-171] 1.1e-11 PF08327
PF08327   AHSA1
IPR023393 START-like domain (Domain)
[32-172] 1.6e-13 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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