Calm_00680 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora echinospora
Strain	NRRL 15839
Entry name	Calicheamicin
Contig	AF497482
Start / Stop / Direction	82,456 / 83,886 / + [in whole cluster] 82,456 / 83,886 / + [in contig]
Location	82456..83886 [in whole cluster] 82456..83886 [in contig]
Type	CDS
Length	1,431 bp (476 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NDP-sugar 2,3-dehydratase
Product (GenBank)	CalS14
Gene
Gene (GenBank)	calS14
EC number
Keyword	aminodideoxypentose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8KNC9 PmId [12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002) [19058170] Natural-product sugar biosynthesis and enzymatic glycodiversification. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2008) comment [PMID:12183629] calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告このORFは、Fig2の生合成clusterにexpected production of four unusual activated nucleotide sugars(S1 to S14)として示されているのみで、本文中では特に触れていない。 [PMID:19058170] 天然糖の生合成に関する総論この論文中で、UDP-alpha-D-glucoseから進む2 step(calS8, calS9)はdTDP-sugar pathwayでは前例のない経路であり、その後の4 step(calS14, calS12, calS13, calS10)はdTDP-sugar pathwayでは共通して保存されている経路であるがUDP-sugar生合成にとってはuniqueであると記述している。
Related Reference	ACC B3TMP2 PmId [17985890] Elucidation of the kijanimicin gene cluster: insights into the biosynthesis of spirotetronate antibiotics and nitrosugars. (J Am Chem Soc. , 2007) comment BLAST id50% Actinomadura kijaniata Sugar 2,3-dehydratase_ KijB1 2,3-dehydratase活性を確認するため、KijB1とdTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseを反応させると、予測されたdTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucoseは観察されなかったが、その分解産物であるmaltolが検出された。この結果は2,3-dehydrataseとしてのKijB1の役割の証拠となった。 KijB1より容易に産生されるTylX3を代わりに用いて、dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseをTylX3, KijD10, and NADPHで2steps連続反応させるとdTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucoseが形成された。よってKijD10は3-ketoreductaseである。
	ACC Q9ALN6 NITE Spino_00070 PmId [18345667] In vitro characterization of the enzymes involved in TDP-D-forosamine biosynthesis in the spinosyn pathway of Saccharopolyspora spinosa. (J Am Chem Soc. , 2008) comment BLAST id49% Saccharopolyspora spinosa_spnO [Spino_00070]dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 2,3-dehydratase Forosamine合成の初期段階で NDP-4-keto-6-deoxy-glucoseの2,3位の脱水反応を行う。 dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 2,3-dehydratase_SpnO dTDP-D-glucose, RfbB(dTDP-D-glucose→dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose), and either NADH or NADPHと一緒にSpnO and SpnNをインキュベートし、NAD(P)Hの消費量をフォローしてtandem reactionを測定。SpnO or SpnNのどちらかを欠いた場合、消費が見られなかった。 dTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucoseは不安定で急速にdTDP and maltolに分解してしまうため、SpnOのみの触媒効率は定量できていない。 -- SpnNはdTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucose 3-ketoreductaseであることが他で報告されている。
	ACC Q0H2W5 PmId [26289554] Characterization of Early Enzymes Involved in TDP-Aminodideoxypentose Biosynthesis en Route to Indolocarbazole AT2433. (Chembiochem. , 2015) comment BLAST id52% Actinomadura melliaura_atS14(AtmS14) Probable NDP-hexose-2,3-dehydratase Actinomadura melliauraにおけるAT2433のaminodideoxypentose生合成に関連する・dTDP-α-D-glucose dehydrogenase (AtmS8) ・dTDP-α-D-glucuronic acid decarboxylase (AtmS9) ・dTDP-4-keto-α-D-xylose 2,3-dehydratase (AtmS14) の特徴づけ。 AT2433とcalicheamicinに共通するaminodeoxypentose経路が提唱されている。

Sequence

>putative NDP-sugar 2,3-dehydratase [CalS14]
MLLPHTDARPGPGRADRDDLALRLARSARHRPRSAARLAAWLAQRQRANPFEVTAVPFAD
LTGWHFAPDSGDLVHESGRFFSVEGLHVRTDRGPVGEWWQPIIHQPDRAILGILAREIDG
VLHFLMQAKMEPGNVNGVQFSPTVQSTPSNYQRTHRGARSRYVEYFLEPGRGRVLVDVLQ
SEQGSWFRGKRNRNIIVEVADEVAPHEDFVWLTLGQIHDLLHRPNLVNMDARTVLSCLPG
HAVADGDGDAGTIGGAVAESSLADGAWQPLLGVRNWLTANKAGPTLATRQVPLREVRDWY
RADDEIRHRSGRFFRIVGRRVRASNREVSQWCQPLLAPCGTGLVAFVVRRIDGVLHVLAH
ADLRPGYRDTVELGPTVQCTPDNFTGPARDGRPAYLDLVLSDEVRVHYDVLQSEEGGRFH
HAVTRHMVVEVGPDFPTATPPDYTWLTLRQLTAVAAFSYQVNIEARSLLLCLRALR

>putative NDP-sugar 2,3-dehydratase [CalS14]
ATGCTCCTGCCGCACACCGACGCCCGACCCGGCCCCGGGCGGGCCGATCGTGACGACCTC
GCTCTCCGGCTGGCCCGGTCGGCCCGGCACCGCCCCCGCTCGGCCGCCCGGCTCGCGGCC
TGGCTCGCGCAGCGACAGCGGGCAAACCCGTTCGAGGTCACCGCGGTGCCGTTCGCCGAC
CTGACCGGCTGGCACTTCGCGCCGGACTCCGGCGACCTGGTGCACGAGAGCGGCCGGTTC
TTCAGCGTCGAGGGCCTGCACGTACGGACCGACCGCGGGCCGGTCGGCGAGTGGTGGCAG
CCGATCATCCACCAGCCCGACCGGGCGATCCTCGGCATCCTGGCCCGGGAGATCGACGGG
GTGCTGCACTTCCTGATGCAGGCCAAGATGGAGCCGGGAAACGTCAACGGCGTCCAGTTC
TCCCCCACCGTGCAGTCCACCCCGAGCAACTACCAGCGCACGCACCGCGGTGCCCGGTCC
CGCTACGTGGAGTACTTCCTGGAACCGGGGCGCGGCCGGGTCCTGGTGGACGTGCTCCAG
TCGGAGCAGGGCTCCTGGTTCCGGGGCAAGCGCAACCGGAACATCATCGTCGAGGTCGCC
GACGAGGTGGCACCGCACGAGGACTTCGTGTGGCTGACCCTCGGCCAGATCCACGATCTG
CTGCACCGGCCGAACCTGGTCAACATGGACGCCCGTACCGTCCTGTCCTGCCTGCCCGGC
CACGCGGTCGCCGACGGCGACGGGGACGCCGGGACGATCGGCGGCGCGGTGGCGGAGTCC
TCGCTGGCCGACGGCGCGTGGCAACCGCTGCTCGGCGTCCGCAACTGGCTGACCGCCAAC
AAGGCCGGCCCCACCCTGGCGACCCGGCAGGTCCCGCTGCGCGAGGTGCGCGACTGGTAC
CGCGCCGACGACGAGATCCGCCACCGCTCCGGCCGGTTCTTCCGCATCGTCGGCCGGCGG
GTGCGGGCCAGCAACCGCGAGGTGTCCCAGTGGTGCCAGCCGTTGCTGGCACCGTGCGGG
ACGGGTCTGGTGGCGTTCGTCGTCCGACGCATCGACGGCGTGCTGCACGTGCTCGCCCAC
GCCGACCTGCGGCCCGGCTACCGGGACACCGTCGAGCTGGGACCGACCGTGCAGTGCACC
CCGGACAACTTCACCGGCCCGGCCCGGGACGGCCGCCCGGCGTACCTCGACCTGGTGCTC
TCCGACGAGGTCCGCGTGCACTACGACGTGCTGCAGTCGGAGGAGGGCGGGCGGTTCCAC
CACGCGGTGACCCGGCACATGGTGGTGGAGGTGGGCCCGGACTTCCCCACCGCGACACCG
CCGGACTACACCTGGCTGACCCTGCGCCAGTTGACCGCCGTGGCGGCCTTCAGCTATCAG
GTCAACATCGAGGCGCGCAGCCTCCTGCTCTGCCTGCGGGCGCTGCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005212 NDP-hexose 2,3-dehydratase (Domain) PF03559 Hexose_dehydrat
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Calm_00670 Calm_00690