Dynm_00170 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora chersina
Strain	ATCC 53710 (=NBRC 15963)
Entry name	Dynemicin
Contig	EF552206
Start / Stop / Direction	25,826 / 26,815 / + [in whole cluster] 25,826 / 26,815 / + [in contig]
Location	25826..26815 [in whole cluster] 25826..26815 [in contig]
Type	CDS
Length	990 bp (329 aa)

Annotation

Category	5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	DynT3
Gene	dynT3 unbU
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	enediyne core
Note
Note (GenBank)	hypothetical protein; CalT3-like protein
Reference	ACC Q84HI9 PmId [18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) [12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003) comment [PMID:18328078] dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告 dynT3: Unknown conserved protein dynU15, dynU14, dynT3, dynE8, dynE7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子だと推定している。 dynU15欠損株はdynemicin Aが検出出来なかったことからdynE8はdynemicin A生合成に必須であることを示した。 dynU15, dynU14, dynT3はconserved unknown proteinsだと記述あり。 [PMID:12536216] warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)の報告 warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。 UNBUは、7 or 8のmembrane-spanning alpha helicesを持つ内在性膜蛋白質だと推定している。 dynemicinでも並びが保存されている。

Sequence

>hypothetical protein [DynT3]
MSDKATPRTANRPDPRITALRRFALSITVFNIVGHLLLGFEQAYVTPVVAVLIAYAVDLL
LETVEARATGRPERYRGGPVALLNFLLPAHIAGLACAMLLYGNQSLAPTMFAAAVAVSSK
YVIRLPVRGSLRHVLNPSNFGISVTLILFSWVSIAPPYHFSEDVDGPVDVVIPLVILAAG
TMLNGKLTRRLPLILGWAGGFVLQAVLRAVFFDAHLAAALLPMTGIAFILFTNYMITDPG
TTPAAPRRQVVFGLATAAVYGLLVLAHITFGLFFALVIVCGLRALVILGANLRDRANGTP
ALSAGRPAGTPPADAAPVDVGQVPVPAAR

>hypothetical protein [DynT3]
GTGTCCGACAAGGCCACTCCCCGTACGGCGAACCGACCGGACCCACGGATCACGGCGCTG
CGCCGGTTCGCGCTGTCCATCACCGTCTTCAACATCGTCGGGCACCTGCTGCTCGGGTTC
GAGCAGGCGTACGTCACGCCGGTCGTGGCGGTGCTCATCGCGTACGCGGTGGACCTGCTG
CTGGAGACCGTCGAGGCGCGCGCCACCGGGCGCCCCGAGCGCTACCGGGGCGGACCGGTG
GCCCTGCTGAACTTCCTGCTGCCCGCCCACATCGCCGGCCTGGCCTGCGCCATGCTGCTC
TACGGCAACCAGAGCCTGGCGCCCACCATGTTCGCCGCCGCGGTGGCGGTGAGCAGCAAG
TACGTCATCCGGCTGCCGGTCCGCGGCAGCCTGCGGCACGTGCTCAACCCGAGCAACTTC
GGCATCAGCGTCACGCTGATCCTGTTCAGCTGGGTCAGCATCGCACCGCCGTACCACTTC
AGCGAGGACGTGGACGGGCCGGTCGACGTGGTGATCCCGCTGGTCATCCTGGCCGCCGGC
ACCATGCTCAACGGCAAGCTGACCCGGCGGCTGCCGCTGATCCTGGGCTGGGCCGGCGGC
TTCGTCCTCCAGGCGGTGCTGCGCGCGGTGTTCTTCGACGCGCACCTGGCCGCCGCGCTG
CTGCCGATGACCGGTATCGCGTTCATCCTCTTCACCAATTACATGATCACCGACCCGGGC
ACGACGCCGGCCGCCCCGCGCCGGCAGGTGGTGTTCGGCCTGGCCACGGCGGCCGTCTAC
GGGCTGCTGGTCCTCGCCCACATCACGTTCGGCCTGTTCTTCGCGCTGGTGATCGTCTGC
GGCCTGCGCGCCCTGGTGATCCTCGGCGCCAACCTGCGCGACCGGGCGAACGGCACACCC
GCGCTGAGCGCCGGCCGGCCCGCCGGGACCCCGCCGGCCGACGCGGCCCCCGTCGACGTG
GGCCAGGTGCCGGTGCCCGCCGCCCGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro	No significant hit
SignalP	No significant hit
TMHMM	Transmembrane 10

Dynm_00160 Dynm_00180