Dynm_00160 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora chersina
Strain	ATCC 53710 (=NBRC 15963)
Entry name	Dynemicin
Contig	EF552206
Start / Stop / Direction	23,898 / 25,796 / + [in whole cluster] 23,898 / 25,796 / + [in contig]
Location	23898..25796 [in whole cluster] 23898..25796 [in contig]
Type	CDS
Length	1,899 bp (632 aa)

Annotation

Category	5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	DynU14
Gene	dynU14 unbV
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	enediyne core
Note
Note (GenBank)	hypothetical protein; CalU14-like protein
Reference	ACC Q84HJ0 PmId [18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) [12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003) comment [PMID:18328078] dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告 dynU14: Unknown conserved protein dynU14欠損株を作製し、培養液中の産物をHPLCにて分析。dynU14欠損株はdynemicin Aが検出出来なかったことから、dynU14はdynemicin Aに必須であるとしている。 dynU15, dynU14, dynT3, dynE8, dynE7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子と推定している。dynU15, dynU14, dynT3はconserved unknown proteinsだと記述あり。 [PMID:12536216] warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)の報告 warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。 UNBVの構造解析は、N末端シグナル配列と共にsecreted proteinを持っていた。 dynemicinでも並びが保存されている。

Sequence

>hypothetical protein [DynU14]
MPSPHRARRIIAPLLAVLIATTLGLASRLPDASAADRRALAGRFAFDVGDLNADPAGART
QRTVEPALEHLRAWISSVGAGAALADLDGDGLPNDTCLVDPRDDSVSVTPTPDRATRYAA
FPLRPTGVPYDTGITAPMGCATADLNEDGRLDVLVYYWGRAPLAWLQRADVPFGPAAFTA
VDVTDRPTELWNSTTANVLDLDGDGHLDIVVGNYFPDGARVLDAAAKDDPRMRMQDSMSW
ARNGGRNRILRFTGLTPVAGGPARPTYADASAALTDEQARSWTLAIGGQDLDGDNLPEVY
VANDFGRDYLLHNVSQPGRIRFAELPGRRDADMPKSKVLGNDSFKSMGVTFTDLNADQRP
DILVSNITTPYALQESNFAFVSTDAAPLTDHAPYRDESQRLGLARTGWAWDIKVADFDGD
GTDEIVQALGFLRGTVNRWAELQELAMGNDVFLQYPYAWPNFRDGDDIAGHQRNPFFVRG
DDGRYVDVSDRLAFRQHATTRGLAVGDTDHDGRLDLVVANQWARSQFLHNTGPARAHLGL
QLLLPATVPGGKPRPAVGATVQVRRADGTALTAQLYPANGHTGGNSPDLLFGLGDSSGPV
TATVTWRDAAGQHAMTRSLNPGWHTLVLTPTA

>hypothetical protein [DynU14]
ATGCCCAGTCCCCACCGCGCCCGCAGGATCATCGCCCCGCTGCTGGCCGTCCTCATCGCC
ACGACCCTCGGGCTGGCCTCCCGGCTGCCGGACGCCAGCGCCGCCGACCGCCGGGCGCTG
GCCGGGCGGTTCGCCTTCGACGTCGGCGACCTGAACGCCGACCCGGCCGGCGCCCGCACC
CAGCGGACCGTGGAACCCGCCCTCGAACACCTGCGGGCGTGGATCTCCTCGGTGGGCGCC
GGGGCGGCGCTGGCCGACCTCGACGGGGACGGCCTGCCCAACGACACCTGCCTCGTCGAC
CCCCGGGACGACTCGGTGAGCGTCACCCCGACCCCGGACCGGGCCACCCGCTACGCCGCC
TTCCCCCTGCGCCCCACCGGGGTGCCCTACGACACGGGGATCACCGCGCCGATGGGCTGC
GCGACCGCCGACCTCAACGAGGACGGCCGCCTCGATGTGCTCGTCTACTACTGGGGACGG
GCGCCGCTGGCCTGGCTGCAACGCGCCGACGTGCCGTTCGGGCCGGCCGCGTTCACCGCC
GTCGACGTCACCGACCGCCCCACCGAGCTGTGGAACAGCACCACCGCCAACGTGCTCGAC
CTGGACGGCGACGGCCACCTGGACATCGTGGTCGGCAACTACTTCCCCGACGGGGCGCGG
GTGCTCGACGCGGCCGCGAAGGACGACCCGCGGATGCGGATGCAGGACTCGATGTCCTGG
GCCCGCAACGGCGGGCGCAACCGGATCCTGCGCTTCACCGGCCTCACCCCCGTCGCCGGC
GGCCCGGCCCGCCCCACCTACGCGGACGCCTCCGCGGCCCTCACCGACGAGCAGGCCCGC
TCCTGGACCCTGGCCATCGGCGGCCAGGACCTGGACGGCGACAACCTGCCCGAGGTGTAC
GTGGCGAACGACTTCGGCCGCGACTACCTGCTGCACAACGTCTCGCAGCCGGGCCGGATC
CGGTTCGCCGAGCTGCCCGGGCGGCGCGACGCCGACATGCCGAAGTCCAAGGTGCTCGGC
AACGACTCGTTCAAGAGCATGGGCGTTACCTTCACCGACCTCAACGCCGACCAGCGGCCG
GACATCCTGGTCAGCAACATCACCACCCCGTACGCGCTCCAGGAGAGCAACTTCGCGTTC
GTCAGCACCGACGCCGCCCCGCTCACCGACCACGCTCCCTACCGGGACGAGAGCCAGCGG
CTGGGCCTGGCCCGCACCGGCTGGGCCTGGGACATCAAGGTGGCCGACTTCGACGGCGAC
GGCACCGACGAGATCGTGCAGGCGCTGGGCTTCCTGCGCGGCACGGTGAACCGCTGGGCC
GAACTCCAGGAGCTGGCCATGGGCAACGACGTGTTCCTCCAGTACCCGTACGCCTGGCCG
AACTTCCGCGACGGCGACGACATCGCCGGGCACCAGCGCAACCCGTTCTTCGTGCGGGGC
GACGACGGCCGGTACGTGGACGTCTCCGACCGGCTCGCCTTCCGGCAGCACGCCACCACC
CGCGGCCTGGCCGTCGGCGACACCGACCACGACGGGCGGCTGGACCTGGTGGTGGCCAAC
CAGTGGGCCCGGTCGCAGTTCCTGCACAACACCGGCCCGGCCCGCGCCCACCTCGGGCTG
CAACTGCTGCTCCCGGCCACCGTCCCCGGCGGGAAGCCGCGGCCCGCGGTCGGCGCGACG
GTCCAGGTGCGCCGGGCCGACGGCACCGCGCTGACCGCCCAGCTCTACCCCGCCAACGGC
CACACCGGCGGCAACTCCCCCGACCTGCTCTTCGGGCTCGGCGACTCGTCCGGCCCGGTC
ACCGCCACGGTGACCTGGCGCGACGCCGCCGGCCAGCACGCCATGACCAGGTCCCTGAAC
CCCGGGTGGCACACCCTCGTGCTCACCCCGACCGCGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR011519 ASPIC/UnbV (Domain) PF07593 UnbV_ASPIC
SignalP	Eukaryota Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

Dynm_00150 Dynm_00170