Dynm_00380 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora chersina
Strain	ATCC 53710 (=NBRC 15963)
Entry name	Dynemicin
Contig	EF552206
Start / Stop / Direction	52,604 / 51,075 / - [in whole cluster] 52,604 / 51,075 / - [in contig]
Location	complement(51075..52604) [in whole cluster] complement(51075..52604) [in contig]
Type	CDS
Length	1,530 bp (509 aa)

Annotation

Category	5.1 general function
Product	putative tripeptidylaminopeptidase
Product (GenBank)	putative secreted hydrolase
Gene	dynA4
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note	Contains one Alpha/beta hydrolase fold-1 domain (IPR000073).
Note (GenBank)	ORF27
Reference	ACC B2BM53 PmId [18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) comment Dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告。 dynA4 Putative peptidases and hydroxylases genbank: orf27 homologyから機能推測している。maturation or fusionに関与すると推測されているが、機能解析はされていない。
Related Reference	ACC Q54410 PmId [7487044] ( , ) comment Streptomyces lividans_tap Tripeptidyl aminopeptidase(EC 3.4.14.-) Tripeptidylaminopeptidase precursor tripeptidyl aminopeptidase (Tap) geneを抽出、過剰発現させた結果、産物は分子量55000の分泌タンパク質で、主要なN末分解活性を有していた。また、相同性やlipases、 esterases、acyl transferases等を考慮し、active siteはputative serine残基であるといっている。(このserine残基はorfH3で保存されていない。) primer extensionで転写開始点の同定も合わせて行なっている。 Tap活性を欠いたmutant株でも普通に生育し、胞子形成することができる。

Sequence

>putative tripeptidylaminopeptidase [putative secreted hydrolase]
MRGGRLHDRREADGAQPVQHPLRAPGLKGERHMSVDVHSSDLARFHRQRLTWQPTEGGAG
TETSRVTVPLDYRDPAGRTIEIAVARRPAGDPGQRIGVLMIAPDDPGNRGIPLIGQLVGA
LPAEVLDRFDLVAFDHRFSGDSHPIEVDWTPEERLWVFHRPQSITEEIRFQSKVAAKVAD
VALDLLPHASTRNVARDMDVVRAALGEERISYLGWSYGTYLGAVYTQLFGERADRVVLDS
VLSPDWPWRGLFLNVAASTEAAVNRWCGWAAARDGELRLGDSAAAVRSRYDELLERAGRE
PLAVPGLPMPLDRFALEFFTVVMLTADRTYPLLGAVLRAAVHGDPVPGPAVGELMGLVNQ
RQDSTPAGQLAILCGESSWPRDLDRYEAEMASVGAELPFIGRTLASVKAGAFWPTSPVEP
LTEIGPGNSARSILLVQSEADIFTRAVGAWRLRELLPENSRLVLAADTACHKLFPFGGHP
VVNELTTRYLLTGELPEKDVTVENHQESA

>putative tripeptidylaminopeptidase [putative secreted hydrolase]
GTGCGAGGAGGCCGGCTTCACGACCGTCGAGAAGCTGATGGAGCCCAGCCCGTTCAACAC
CCTCTACGAGCTCCGGGCCTGAAGGGAGAACGTCACATGTCCGTCGATGTTCACAGCAGC
GACCTGGCCCGCTTCCACCGGCAGCGCCTGACCTGGCAGCCGACCGAGGGCGGGGCGGGT
ACGGAGACCAGCCGCGTCACCGTCCCGCTCGACTACCGCGACCCCGCCGGGCGCACCATC
GAGATCGCCGTGGCCCGCCGGCCCGCCGGCGATCCCGGGCAGCGGATCGGGGTGCTGATG
ATCGCGCCCGACGACCCGGGCAACCGGGGCATCCCGCTGATCGGGCAGCTCGTCGGGGCG
CTTCCGGCCGAGGTGCTGGACCGGTTCGACCTGGTCGCCTTCGACCACCGGTTCAGCGGC
GACAGCCACCCCATCGAGGTGGACTGGACGCCCGAGGAGCGGCTCTGGGTCTTCCACCGG
CCCCAGAGCATCACCGAGGAGATCCGGTTCCAGTCCAAGGTGGCCGCCAAGGTCGCCGAC
GTCGCGCTGGACCTGCTGCCGCACGCCAGCACCCGCAACGTGGCCCGGGACATGGACGTC
GTCCGGGCCGCGCTCGGCGAGGAGAGGATCTCCTACCTCGGCTGGTCGTACGGGACCTAC
CTGGGCGCGGTCTACACCCAGCTGTTCGGCGAGCGGGCCGACCGGGTGGTGCTGGACAGC
GTGCTCAGCCCGGACTGGCCCTGGCGCGGGCTCTTCCTCAACGTCGCGGCCAGCACCGAG
GCGGCGGTGAACCGCTGGTGCGGCTGGGCCGCGGCGCGCGACGGCGAGCTGCGCCTGGGC
GACAGCGCGGCGGCGGTCCGGTCCCGCTACGACGAGCTGCTGGAGCGGGCCGGCCGGGAG
CCGCTGGCCGTGCCCGGGCTGCCCATGCCGCTGGACCGGTTCGCGCTGGAGTTCTTCACC
GTGGTGATGCTGACCGCGGACCGCACGTACCCGCTGCTCGGCGCGGTGCTGAGGGCCGCG
GTGCACGGCGACCCGGTGCCCGGCCCGGCGGTCGGCGAGCTGATGGGACTTGTCAACCAG
CGCCAGGACAGCACCCCGGCCGGGCAGCTCGCCATCCTCTGCGGCGAGTCGAGCTGGCCG
CGCGACCTCGACCGGTACGAGGCCGAGATGGCGAGTGTGGGCGCGGAGCTGCCGTTCATC
GGGCGCACCCTGGCCTCGGTGAAGGCCGGCGCGTTCTGGCCGACCTCGCCCGTGGAGCCG
CTGACCGAGATCGGGCCGGGGAACAGCGCCCGGTCGATCCTGCTCGTGCAGTCCGAGGCG
GACATCTTCACCCGGGCGGTCGGGGCGTGGCGGCTGCGCGAGCTGCTGCCGGAGAACAGC
CGGCTCGTGCTCGCCGCCGACACGGCGTGCCACAAGCTCTTCCCGTTCGGGGGGCACCCG
GTGGTCAACGAGCTGACCACCCGGTACCTGCTGACCGGCGAGCTGCCGGAGAAGGACGTG
ACCGTCGAGAACCACCAGGAGTCGGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000073 Alpha/beta hydrolase fold-1 (Domain) PF00561 Abhydrolase_1 IPR013595 Peptidase S33 tripeptidyl aminopeptidase-like, C-terminal (Domain) PF08386 Abhydrolase_4
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Dynm_00370 Dynm_00390