Dynm_00390 Dynm_00390   Dynm_00410 Dynm_00410

Dynm_00400 : CDS information

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Organism
StrainATCC 53710 (=NBRC 15963)
Entry nameDynemicin
Contig
Start / Stop / Direction54,902 / 53,691 / - [in whole cluster]
54,902 / 53,691 / - [in contig]
Locationcomplement(53691..54902) [in whole cluster]
complement(53691..54902) [in contig]
TypeCDS
Length1,212 bp (403 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productputative cytochrome P450
Product (GenBank)putative cytochrome P450 hydroxylase
Geneorf19
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF29; CalE10-like protein
Reference
ACC
PmId
[18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008)
comment
Dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告。

orf19 Cytochrome P450 hydroxylase
genbank: orf29

homologyから機能推測している。
機能解析はされていない。

クラスターに含まれる2つのputative cytochrome P450s(DynE10,Orf19)は、おそらくC8/C9 C-C bondとC2-N-C22 bridgeに関与すると推測している。
Related Reference
ACC
Q59523
PmId
[7808395] Characterization and expression of a P-450-like mycinamicin biosynthesis gene using a novel Micromonospora-Escherichia coli shuttle cosmid vector. (Mol Gen Genet. , 1994)
comment
Micromonospora griseorubida_mycG
P-450-like protein

abstract
塩基配列と変異の解析から、single P-450-like proteinがhydroxylation and epoxidation 両方の反応を触媒すると示唆される。
ACC
Q9KHJ7
NITE
Enter_00180
PmId
[11137817] Cloning, sequencing and analysis of the enterocin biosynthesis gene cluster from the marine isolate 'Streptomyces maritimus': evidence for the derailment of an aromatic polyketide synthase. (Chem Biol. , 2000)
[17704772] Enzymatic total synthesis of enterocin polyketides. (Nat Chem Biol. , 2007)
comment
Streptomyces maritimus_encR
Putative p450 monooxygenase EncR


[PMID: 11137817]
enterocin と wailupemycinsの生合成をコードするgene clusterの同定。

EncR: Cytochrome P-450 hydroxylase

monooxygenase inhibitorであるancymidol によって、S.maritimusでのenterocin産生は減り、5-deoxyenterocinが蓄積する。

EncRをクローニング、maltose-binding-protein(MBP) affinity tagを付けて精製。反応産物のLC-MS解析から、MBP-EncRは 5-deoxyenterocin → enterocin への変換をすることを実証。

またMBP-EncRはancymidol によって抑制されたので、in vivoでのancymidol による結果が、CYP450 EncR抑制のせいであることも確認された。

---
[PMID: 17704772]
enc genesを異種性に発現して得たタンパクを用いて、enterocinをin vitroで合成している。

EncA/B, EncC, EncD, EncN, EncM, EncK, EncR, SgFabD + benzoic acid, ATP/Mg2+, NADPH, SAM, ferredoxin, ferredoxin-NADP+ reductase, catalaseでenterocin, wailupemycin F and Gの産生あり。

他のCYP450でも報告があるようにEncRはSAMで抑制されることがさらなる解析から明らかになったので、5-deoxyenterocinを含むnonpolar reaction productsを酸性条件下で抽出し、これがEncR-catalyzed reactionを受けてenterocinが得られることを確認した。

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selected fasta
>putative cytochrome P450 [putative cytochrome P450 hydroxylase]
MSTQSDATGTRHATFPFPQDDPCLPPPEYARLRADEPVTQVVLPTGDRAWLVTRHADVLT
VLGDERFSRRALTGPDAPKLAPIPPMPSLFYLDPPDHTRIRRLAARAFDPARLARLRPRV
DRVVAAHLDRLAAADQPADLLATVARPLPLAVVATVLGVPEDEYEPFAGWIRTAFSFGAV
PPDEQMAAMGGLQQYLAALVGSRRKEPAEDALSDLVAPTGDDQLADHELVALVFDLIGAG
DQPVTAEIVHLVLNLLRDPARLPALHAEPELVPGAVEELLRHSQSAGGGLGSVRIAVADV
ELSGVTIPAGDPVIPSFNAANFDESVFPDADRIDLARRPNPHLTFAQGIHHCLGAPVGRM
ELTALLGGLARDFPSLRLAVPEDQLQWLPVPAFRTPGAIPVHW
selected fasta
>putative cytochrome P450 [putative cytochrome P450 hydroxylase]
ATGAGCACCCAGTCCGACGCGACCGGCACGCGCCACGCCACCTTCCCGTTCCCCCAGGAC
GACCCCTGCCTGCCGCCGCCGGAGTACGCCCGGCTCCGGGCCGACGAGCCGGTCACCCAG
GTGGTCCTGCCCACCGGTGACCGGGCCTGGCTGGTCACCCGGCACGCCGACGTGCTCACC
GTGCTCGGCGACGAGCGGTTCAGCCGCCGGGCACTGACCGGCCCGGACGCGCCGAAACTG
GCCCCGATCCCACCGATGCCGTCGCTGTTCTACCTCGATCCGCCGGACCACACCCGGATC
CGCCGGCTGGCCGCCCGGGCCTTCGACCCGGCCCGGCTGGCCCGGCTGCGGCCCCGGGTC
GACCGGGTCGTCGCCGCCCACCTGGACCGGCTGGCGGCCGCCGACCAGCCGGCCGACCTG
CTCGCCACGGTGGCCCGGCCGCTGCCGCTCGCGGTGGTCGCCACGGTGCTCGGCGTGCCC
GAGGACGAGTACGAGCCGTTCGCCGGCTGGATCCGCACCGCCTTCAGCTTCGGCGCCGTC
CCGCCCGACGAGCAGATGGCGGCCATGGGCGGCCTCCAGCAGTACCTGGCGGCGCTCGTC
GGCAGCCGGCGCAAGGAACCGGCCGAGGACGCGCTCAGCGACCTGGTGGCCCCGACCGGC
GACGACCAGCTCGCCGACCACGAGCTGGTGGCGCTGGTCTTCGACCTGATCGGCGCGGGC
GACCAGCCGGTCACCGCGGAGATCGTGCACCTGGTGCTCAACCTGCTGCGCGATCCCGCC
CGGCTGCCGGCCCTCCACGCCGAGCCGGAGCTGGTGCCGGGCGCCGTCGAGGAACTGCTC
CGGCACTCCCAGTCCGCCGGCGGCGGCCTCGGCTCGGTGCGGATCGCCGTGGCCGACGTG
GAGCTGTCCGGCGTCACCATCCCGGCCGGCGACCCGGTGATCCCCTCCTTCAACGCCGCC
AACTTCGACGAGTCGGTCTTCCCGGACGCGGACCGGATCGACCTGGCGCGGCGGCCCAAC
CCGCACCTGACCTTCGCCCAGGGCATCCACCACTGCCTCGGCGCCCCGGTCGGCCGGATG
GAGCTGACCGCGCTGCTCGGCGGCCTGGCCCGGGACTTCCCGAGCCTGCGGCTGGCGGTG
CCCGAGGACCAGCTCCAGTGGCTGCCGGTGCCCGCGTTCCGGACCCCGGGCGCGATCCCC
GTGCACTGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[17-403] 3.60000000000002e-93 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   Cyt_P450
[210-373] 1.1e-11 PF00067
PF00067   p450
[11-403] 3.19999899046355e-81 SSF48264
SSF48264   Cytochrome_P450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[92-103] 1.70000295590053e-50 PR00359 [139-155] 1.70000295590053e-50 PR00359 [156-171] 1.70000295590053e-50 PR00359 [194-216] 1.70000295590053e-50 PR00359 [274-285] 1.70000295590053e-50 PR00359 [294-321] 1.70000295590053e-50 PR00359 [322-337] 1.70000295590053e-50 PR00359 [343-352] 1.70000295590053e-50 PR00359 [352-363] 1.70000295590053e-50 PR00359
PR00359   BP450
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Dynm_00390 Dynm_00390   Dynm_00410 Dynm_00410
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