Dynm_00500 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora chersina
Strain	ATCC 53710 (=NBRC 15963)
Entry name	Dynemicin
Contig	EF552206
Start / Stop / Direction	63,656 / 62,778 / - [in whole cluster] 63,656 / 62,778 / - [in contig]
Location	complement(62778..63656) [in whole cluster] complement(62778..63656) [in contig]
Type	CDS
Length	879 bp (292 aa)

Annotation

Category	5.1 general function
Product	putative oxidoreductase FAD-binding subunit
Product (GenBank)	putative carbon monoxide dehydrogenase medium subunit
Gene	orf23
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	ORF36-3
Reference	ACC B2BM65 PmId [18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) comment Dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告。 orf23 Molybdenum-containing oxidoreductase-medium subunit, FAD-binding subunit Genbank : orf36-3 orf23欠損株は、dynemicin Aのshunt化合物が検出出来たことより必須遺伝子であるとしている。 prokaryotic molybdenum containing hydroxylasesと相同性示すと明記。 orf21 :large subunit orf22 :small subunit orf23 :medium subunit 機能解析はされていない。
Related Reference	ACC O87681 PmId [11514508] Gene cluster on pAO1 of Arthrobacter nicotinovorans involved in degradation of the plant alkaloid nicotine: cloning, purification, and characterization of 2,6-dihydroxypyridine 3-hydroxylase. (J Bacteriol. , 2001) comment Arthrobacter nicotinovorans_kdhM KdhM molybdopterin cofactor (MoCo)-, flavin adenine dinucleotide (FAD)-, and [Fe-S] cluster-をそれぞれ含む蛋白質をコードする３つの遺伝子からなることを見出しており、ニコチン分解の3rd stepに関与すると述べている。6-hydroxypseudooxynicotine (ketone) dehydrogenase (KDH) 遺伝子群をクローニングしてシークエンス。
	ACC P19914 PmId [10482497] ( , ) comment Hydrogenophaga pseudoflava_cutM Carbon monoxide dehydrogenase medium chain Carbon monoxide dehydrogenases (CODH)をコードするcutM, cutS, cutLで構成される3つの遺伝子を同定。酵素精製時に活性を確認している。 Fluorometric analysisから、このCO-DHのlarge、medium subunitはmolybdoprotein とFAD cofactorに結合し、また、この酵素のiron-sulfur centerはsmall subunitにあるということをが判明。
	ACC P19920 PmId [7721710] ( , ) [10433972] ( , ) comment Oligotropha carboxidovorans_coxM Carbon monoxide dehydrogenase medium chain [PMID:7721710] coxMSL,orf4のシーケンス解析と転写解析。 carbon-monoxide dehydrogenaseはcoxLMSの三量体2個から成り、次の反応を触媒する。 CO + H2O → CO2 + 2e- + 2H+ Lサブユニットは88.7kDaであり、Mo cofactorを持つ。 CoxMのN末はposition 2でメチオニンを取り除くmedium CODH subunitとmatch。 [PMID:10433972] abst only CO dehydrogenaseの機能解析 coxMSLは9つのaccessory proteinとclusterを形成。 cox genesは、carbon and energy sourceとしてCOが存在するchemolithoautotrophic condition下で特異的および協調的に転写されることを証明した。

Sequence

>putative oxidoreductase FAD-binding subunit [putative carbon monoxide dehydrogenase medium subunit]
MKAAPFDHHAPTSLAEAHDLLARHGPDATLIAGGQSLVPLMALRLARPRVLVDLNGVAGL
AGIRDEPDAVTVGALTRQRAVERSPVVAARLPLLAEAVGRIGHPQVRNRGTVGGSLALGH
PAAELPAAALALDATVVLAGIGGVEREVAAGDFHTATGGTALRAGEVLTRVRYPVPPAGT
GHGFHELGRRARDFALAGAAVVLGRGGDGGCAYARVAVLGGGPAPRRLPGVERALRGGPL
DAEAIAEAAAGAAAEAEPVGDVQADAGYRREVLVTLVRRALSDAARRARPTH

>putative oxidoreductase FAD-binding subunit [putative carbon monoxide dehydrogenase medium subunit]
GTGAAGGCCGCGCCCTTCGACCACCACGCCCCGACCAGCCTCGCCGAGGCCCACGACCTC
CTCGCCCGGCACGGCCCGGACGCCACGCTGATCGCCGGTGGACAGAGCCTCGTGCCGCTC
ATGGCGCTGCGGCTGGCCCGGCCCCGGGTGCTGGTCGACCTCAACGGGGTGGCCGGCCTG
GCCGGGATCCGCGACGAGCCGGACGCCGTGACCGTCGGCGCGCTCACCCGTCAGCGGGCC
GTCGAGCGGTCCCCGGTGGTCGCCGCCCGGCTGCCGCTGCTCGCCGAGGCGGTCGGCCGG
ATCGGTCACCCGCAGGTGCGCAACCGCGGCACCGTGGGGGGCAGCCTGGCGCTCGGGCAT
CCCGCCGCCGAACTGCCCGCCGCCGCGCTCGCCCTGGACGCCACAGTGGTCCTCGCCGGC
ATCGGGGGCGTGGAGCGCGAGGTCGCGGCCGGGGACTTCCACACCGCGACGGGCGGCACG
GCGCTGCGGGCGGGCGAGGTGCTGACCCGGGTCCGGTACCCCGTGCCGCCGGCCGGCACC
GGCCACGGCTTCCACGAGCTGGGCCGCCGTGCGCGGGACTTCGCGCTGGCCGGCGCCGCC
GTGGTGCTCGGCCGGGGCGGTGACGGCGGGTGCGCGTACGCCCGGGTGGCGGTGCTGGGC
GGCGGCCCGGCGCCGCGTCGCCTGCCCGGCGTGGAGCGGGCGCTGCGCGGCGGACCCCTC
GACGCCGAGGCGATCGCGGAGGCCGCGGCCGGCGCCGCCGCCGAGGCCGAGCCGGTCGGC
GACGTGCAGGCCGACGCCGGGTACCGCCGCGAGGTGCTGGTGACCCTGGTCCGGCGGGCG
CTGTCCGACGCGGCGCGCCGGGCCCGACCGACACACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002346 Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding (Domain) PF00941 FAD_binding_5 IPR005107 CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal (Domain) SM01092 CO_deh_flav_C G3DSA:3.30.390.50 CO_DH_flav_C SSF55447 CO_deh_flav_C PF03450 CO_deh_flav_C IPR016166 FAD-binding, type 2 (Domain) SSF56176 FAD-binding_2 PS51387 FAD_PCMH IPR016167 FAD-binding, type 2, subdomain 1 (Domain) G3DSA:3.30.43.10 FAD-binding_2_sub1 IPR016169 CO dehydrogenase flavoprotein-like, FAD-binding, subdomain 2 (Domain) G3DSA:3.30.465.10 CO_DH_flavoprot_FAD-bd_sub2
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Dynm_00490 Dynm_00510