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Gelda2_00050 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry nameGeldanamycin
Contig
Start / Stop / Direction15,885 / 15,124 / - [in whole cluster]
4,585 / 3,824 / - [in contig]
Locationcomplement(15124..15885) [in whole cluster]
complement(3824..4585) [in contig]
TypeCDS
Length762 bp (253 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative TetR family transcriptional regulator
Product (GenBank)putative transcriptional regulator
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • TetR family; similar to S. coelicolor 2SCD46.08 (SC4194); ORF20
Reference
ACC
PmId
[12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003)
comment
ansamycin系抗生物質geldanamycin産生のgene clusterのクローニング、及び配列解析と遺伝子破壊による特性解析についての報告。

ORF20(253aa) : Transcriptional regulation

ORF20 に関する機能実験無し。TetR family genesに相同性あり。
homologsが他の二次代謝gene clusterで見つかっていることから、gdm gene clusterの一部であると判断されている。
Related Reference
ACC
Q8KUE8
NITE
Ansam_00020
PmId
[19609582] Constitutive overexpression of asm2 and asm39 increases AP-3 production in the actinomycete Actinosynnema pretiosum. (J Ind Microbiol Biotechnol. , 2009)
comment
Blast id49%, 1e-08
Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm2
Transcriptional repressor

putative transcriptional regulators asm2, asm29, and asm34と、putative regulatory protein asm39をsingle-site integrative vector pAP40 と multicopy replicative vector pREPにクローニング。
これをA. pretiosumへ戻して恒常的過剰産生させ、ansamitocin産生量への影響を見ている。

asm2はtranscriptional repressorであると考えられていたが、integrative vectorにあるときはansamitocin P-3産生の減少を、replicative vectorにあるときは増加をもたらした。

自発的な高産生株A. pretiosum mutantではasm2がdownregulateされていることがマイクロアレイ解析で示されている(unpublished data)。

asm2 or asm39の過剰発現によるansamitocin P-3産生増加は、生合成gene clusterの外側にある多面的なregulatorsを介した間接的な結果であるかもしれない。
ACC
P39885
PmId
[1592820] The Streptomyces glaucescens TcmR protein represses transcription of the divergently oriented tcmR and tcmA genes by binding to an intergenic operator region. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Blast id36%, 1e-06
Streptomyces glaucescens_tcmR
HTH-type transcriptional regulator tcmR
(Tetracenomycin C transcriptional repressor)

tcmRありなしでのtcmAへの影響、TcmR proteinの結合条件を検討している。
TcmR proteinはtcmA と tcmRの転写を阻害するrepressorとして機能する。

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selected fasta
>putative TetR family transcriptional regulator [putative transcriptional regulator]
MLSVNTVTPSHLNAPTRLTRGKYIPGAEIYQGQFSATVDAVDGKPGLRERKKQRTHAAIS
DAAISLFLEYGFNQVSVAQVAEAAEVSKRTLFAYFPTKEDLVVHRLADHETESARVVRAR
PPRTAPLTALREHFLEGLRERDPITGLNDQPEVRRLHRMILDAPSLVARMAGFKTGAERA
LTEALRETADTPELTARLAAVQIVAVHWALAQDNAERLAYGEPADERYAGAVADMEHAFA
LLENGLRHLPPRQ
selected fasta
>putative TetR family transcriptional regulator [putative transcriptional regulator]
GTGCTCTCCGTCAACACCGTCACTCCATCTCATCTCAACGCTCCGACTCGGCTCACTCGG
GGTAAATATATACCCGGTGCAGAAATTTACCAGGGGCAGTTTTCTGCTACCGTGGACGCC
GTGGACGGCAAGCCAGGGCTACGGGAACGAAAGAAGCAGCGGACCCACGCGGCGATCTCC
GACGCGGCGATCTCGCTGTTTCTCGAATACGGCTTCAACCAGGTCTCGGTGGCCCAGGTG
GCCGAGGCGGCCGAGGTGTCCAAGCGCACCCTCTTCGCCTACTTCCCGACGAAGGAAGAC
CTCGTGGTGCACCGCCTGGCCGACCACGAGACCGAATCCGCACGCGTCGTGCGGGCCCGC
CCGCCCCGTACCGCCCCGCTGACCGCACTGCGCGAGCACTTCCTCGAGGGGCTGCGCGAG
CGGGATCCGATCACCGGGCTGAACGACCAGCCCGAAGTGCGCAGGCTCCACCGCATGATC
CTCGACGCGCCCTCGCTGGTGGCCCGGATGGCAGGGTTCAAGACCGGCGCCGAGCGCGCA
CTGACTGAGGCACTGCGGGAAACGGCGGACACTCCGGAACTCACCGCGCGGCTCGCCGCC
GTCCAAATCGTCGCGGTCCACTGGGCGTTGGCGCAGGACAACGCCGAACGCCTGGCGTAC
GGGGAGCCGGCCGACGAGCGCTATGCGGGTGCGGTGGCCGACATGGAACACGCCTTCGCC
CTGCTGGAGAACGGATTGCGGCACCTGCCCCCGCGACAGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001647 DNA-binding HTH domain, TetR-type (Domain)
[60-102] 2e-14 PF00440
PF00440   TetR_N
[53-113] PS50977
PS50977   HTH_TETR_2
[59-72] 2.79999889404114e-08 PR00455 [80-103] 2.79999889404114e-08 PR00455
PR00455   HTHTETR
IPR009057 Homeodomain-like (Domain)
[48-123] 7.10001443313147e-17 SSF46689
SSF46689   Homeodomain_like
[47-100] 3.90000000000001e-20 G3DSA:1.10.10.60
G3DSA:1.10.10.60   Homeodomain-rel
IPR015893 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-like, C-terminal (Domain)
[101-246] 1.9e-12 G3DSA:1.10.357.10
G3DSA:1.10.357.10   TetR_C
IPR023772 DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site (Conserved_site)
[71-102] PS01081
PS01081   HTH_TETR_1
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Gelda2_00040 Gelda2_00040   Gelda2_00060 Gelda2_00060
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