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Gelda2_00060 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry nameGeldanamycin
Contig
Start / Stop / Direction15,869 / 17,365 / + [in whole cluster]
4,569 / 6,065 / + [in contig]
Location15869..17365 [in whole cluster]
4569..6065 [in contig]
TypeCDS
Length1,497 bp (498 aa)
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Category5.1 general function
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)GdmL
Gene
Gene (GenBank)gdmL
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • putative FAD-dependent monooxygenase
Reference
ACC
PmId
[12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003)
[16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005)
comment
[PMID:12586396](2003)
ansamycin系抗生物質geldanamycin産生のgene clusterのクローニング、及び配列解析と遺伝子破壊による特性解析についての報告。

GdmL (479aa): Unknown

GdmL に関する機能実験無し。
gdmL, gdmM and gdmPはC17 hydroxylation, C21 oxidation and C4,5 unsaturationを支配しそうだが、mutantsや発現タンパクで確認してみないと区別できない。

---
[PMID:16085885](2005)
herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。

GdmL : Flavin-dependent monooxygenase

gdmL欠損株を作成したが、geldanamycinの生合成に何の影響も見られなかった。この結果は、gdmLはgeldanamycin生合成に不要である、またはgdm領域以外にあるパラログ遺伝子にその機能を代償されていることを示す。
Related Reference
PmId
[18600054] Characterization of tailoring genes involved in the modification of geldanamycin polyketide in Streptomyces hygroscopicus JCM4427. (J Microbiol Biotechnol. , 2008)
comment
Streptomyces hygroscopicus JCM4427_gel1

geldanamycinポリケチドの修飾に関わる遺伝子について、変異株を作成し特性を調べた論文。

gel1(NRRL 3602株のgdmLと同等の遺伝子、GenBank未登録)を不活化した変異株を作成し、その代謝産物を分析したところ、geldanamycinの性質に目立った影響を与えなかったことから、gel1はgeldanamycin生合成では機能しない偽遺伝子であると結論付けている。
ACC
Q58PK7
PmId
[16148009] Ablation of the otcC gene encoding a post-polyketide hydroxylase from the oxytetracyline biosynthetic pathway in Streptomyces rimosus results in novel polyketides with altered chain length. (J Biol Chem. , 2005)
comment
Blast id47%, 3e-96
Streptomyces rimosus_otcC
Anhydrotetracycline oxygenase

otcC 遺伝子がpolyketide backboneの生合成後、anthracycline structureのC-6位をhydroxyl化するanhydrotetracycline oxygenase をエンコードしていること、また、otcC破壊株では新規のC-17 polyketide が生じることから、otcC遺伝子産物が無いことによりOxytetracycline (OTC)の“minimal”polyketide synthaseに影響を及ぼすことが示されている。

S. rimosus R6-500使用。

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selected fasta
>putative oxidoreductase [GdmL]
MLTESTTEVVVAGAGATGLMLAYELALAGVETLVLEKLPQRIQQVKGGTIQPRTAELLES
RGLLEPMLRRAIARDPVGGSFGALPVPLDCAPWRTEHPFPIGIPQWEIEEVLEERATAAG
ARVLRGTAVSGVAPDDDGVVVTADGLRARAHYLVACDGGHSTVRKLLGLPFPGRAGTHPA
VLADIRLSAVSSLVPRQMGLMSTMTRHARGYWSMLVPLGGDRYRFTFGHADQADTARDTP
VTHEEIAAALQAVYGPETTLGAVDNSSRFSDATRQLEHYRTGRVLFAGDAAHIHPPLGAQ
GLNLGVQDALNLGWKLAAVLQDRAPNGLLDSYHAERHPVAAQVLHHTSAQRVLAISNPSE
DVAALRDIFTDLLRLPDTNRHLAGLMSGLSLRYDLPGDHPLTGERIPDADLVTETGTTRL
STLFGSGHAVLLDLAGAVPADLPLPPRVDLVRATCADDMGAAALLIRPDGYVCWATDTSA
ACGDTLLAALTGDLARVP
selected fasta
>putative oxidoreductase [GdmL]
GTGTTGACGGAGAGCACGACCGAGGTCGTTGTCGCGGGTGCGGGCGCGACCGGACTGATG
CTGGCGTACGAACTGGCTCTGGCCGGGGTCGAGACCCTGGTGCTGGAGAAGCTGCCCCAG
CGGATCCAGCAGGTGAAGGGCGGCACGATTCAGCCCCGTACCGCCGAACTGCTGGAGTCC
CGCGGCCTGCTGGAGCCGATGCTGCGGCGGGCCATTGCGCGTGATCCGGTGGGCGGCAGT
TTCGGGGCCCTGCCCGTGCCCTTGGACTGCGCCCCCTGGCGGACCGAGCACCCCTTCCCG
ATCGGGATCCCTCAGTGGGAGATCGAGGAGGTGCTCGAGGAGCGGGCGACCGCCGCCGGA
GCGCGGGTGCTGCGCGGCACCGCCGTCTCAGGGGTCGCGCCGGACGACGACGGTGTGGTC
GTCACGGCGGACGGCCTGCGGGCGCGGGCTCACTATCTGGTGGCGTGCGACGGCGGCCAC
AGTACGGTGCGCAAACTGCTCGGGCTGCCGTTTCCCGGCAGGGCCGGAACGCATCCGGCG
GTGCTGGCCGATATCCGTCTGTCCGCCGTATCCTCACTGGTGCCGCGGCAGATGGGACTT
ATGAGCACCATGACCCGTCATGCGCGCGGCTACTGGTCCATGCTGGTCCCTCTCGGCGGC
GACCGGTACCGGTTCACCTTCGGGCACGCGGACCAGGCGGACACCGCCCGCGACACCCCC
GTCACCCACGAGGAGATCGCGGCCGCGCTGCAGGCCGTGTACGGCCCTGAGACCACCCTC
GGCGCCGTGGACAACTCCTCGCGGTTCTCCGACGCCACGCGACAACTGGAGCACTACCGC
ACGGGCCGTGTCCTGTTCGCCGGGGACGCCGCGCATATCCACCCCCCGCTGGGCGCCCAG
GGCCTCAACCTCGGCGTACAGGACGCGCTCAACCTCGGGTGGAAACTGGCCGCGGTCCTC
CAGGACCGGGCGCCGAACGGCTTGCTGGACAGCTACCACGCCGAACGGCATCCGGTCGCG
GCCCAGGTCCTGCATCACACCTCGGCGCAACGCGTCCTGGCGATTTCGAACCCGAGCGAG
GACGTGGCCGCCCTGCGCGACATCTTCACCGACCTGCTGCGGCTGCCCGACACCAACCGC
CATCTCGCGGGGCTGATGTCCGGCCTCTCGCTGCGCTACGACCTGCCCGGCGATCACCCG
CTCACCGGAGAGCGCATCCCGGACGCCGATCTGGTGACCGAAACCGGCACCACCCGGCTG
TCGACGCTCTTCGGCTCCGGACACGCCGTCCTGCTCGACCTGGCCGGAGCCGTCCCGGCC
GACCTCCCGCTCCCGCCACGAGTCGACCTCGTCCGCGCCACATGCGCCGACGACATGGGC
GCCGCCGCCCTGCTCATCCGTCCCGACGGCTATGTCTGCTGGGCTACGGACACCTCCGCC
GCCTGCGGCGACACCCTGCTGGCCGCGCTCACCGGCGACCTCGCGAGGGTGCCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002938 Monooxygenase, FAD-binding (Domain)
[7-345] 1.10000000000001e-81 PF01494
PF01494   FAD_binding_3
IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain)
[8-30] 6.39998633403535e-43 PR00420 [149-164] 6.39998633403535e-43 PR00420 [281-296] 6.39998633403535e-43 PR00420 [296-312] 6.39998633403535e-43 PR00420 [314-332] 6.39998633403535e-43 PR00420 [332-348] 6.39998633403535e-43 PR00420
PR00420   RNGMNOXGNASE
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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