| Category | 2.1 modification addition of extender units |
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| Product | putative acyl carrier protein |
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| Product (GenBank) | GdmJ |
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| Gene | |
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| Gene (GenBank) | gdmJ |
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| EC number | |
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| Keyword | |
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| Note | |
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| Note (GenBank) | - similar to FkbJ (ACP in methoxymalonyl-ACP biosynthesis pathway)
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| Reference | - ACC
- Q84G16
- PmId
[12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003)
[17080682] Production of ansamycin polyketide precursors in Escherichia coli. (J Antibiot (Tokyo). , 2006) - comment
- [PMID:12586396](2003)
ansamycin系抗生物質geldanamycin産生のgene clusterのクローニング、及び配列解析と遺伝子破壊による特性解析についての報告。
GdmJ (91aa) : Methoxymalonyl-ACP biosynthesis
GdmA1のmodule 2 と GdmA2のmodule 5は、2-methoxymalonateを利用する特異的なmotifsのあるAT domainsを持つ(unpublished data)。FK520とansamitocinのgene clusterで遺伝子的・機能的特徴づけされたhomologsがあることから、AT2 and AT5の基質はgdmG-gdmK genesの産物によって供給されると推定される。
GdmJ に関する機能実験無し。
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[PMID:17080682](2006)
E.coliでfkbG-Kを異種性発現してmethoxymalonyl-ACPを得ている。
このうちACPをコードするfkbJをgdmJが代償できることが確認されている。
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| Related Reference | - ACC
- Q8KUG2
- NITE
- Ansam_00160
- PmId
[11960423] Identification of a set of genes involved in the formation of the substrate for the incorporation of the unusual "glycolate" chain extension unit in ansamitocin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2002)
[11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) - comment
- Blast id61%, 4e-18
Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm14
Acyl carrier protein
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[PMID:11960423](2002)
CoAの代わりにSNACを使い13C-labelした2-hydroxymalonyl-SNAC or 2-methoxymalonyl-SNACを用いて取り込みを測定。側鎖前駆体isobutyrateと共にA. pretiostmz ATCC 31565に与えたが、ansamitocin P-3での同位体濃縮はなかった。したがって珍しいunitによる3つめの鎖伸長stepは、2-hydroxymalonyl-CoA or 2-methoxymalonyl-CoAを基質として使用しない。
珍しい伸長unitの合成に関連しそうなsubclusterにはACPであると予測されるORFが含まれた。これをコードするasm14を不活化するとansamitocin産生や新規化合物蓄積ができなかった。
よって鎖伸長反応の基質は、おそらく2-hydroxy- or 2-methoxymalonyl-ACPである。
また、asm15 mutantでは珍しい伸長unitの代わりにmalonate unitを取り込んだ10-desmethoxy-ansamitocin P-3が見られた。asm14 mutantではこの化合物が検出されなかったので、asm14によってコードされるACPはmalonateの異常な取り込みにも必要である。これは機能的に能力のある立体構造でPKSを維持するため、またはPKSのAT3にmalonateを実際に運搬するためと考えられる。
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[PMID:11996558](2002) abstract
S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6-deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。
また、methyltransferaseをコードするasm17を削除すると、そのhydroxy類似体ではなく6-deoxyerythronolide Bが得られたので、伸長unitのmethylationはその取り込みのために必要である。
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- ACC
- Q9KIE4
- NITE
- Asco_00100
- PmId
[15179529] Engineered biosynthesis of 16-membered macrolides that require methoxymalonyl-ACP precursors in Streptomyces fradiae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2004) - comment
- Blast id54%, 5e-16
Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus_fkbJ
FkbJ
S.hygroscopicus由来fkbG-Kを導入することにより、S. fradiaeはmalonyl-CoA, methylmalonyl-CoA, ethylmalonyl-CoAに加えてmethoxymalonyl-ACPもPKS前駆体として利用できるようになることを、midecamycin PKS genes（最後から2番目の縮合ステップでmethoxymalonateを要求）の異種性発現産物で確認している。
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- ACC
- Q06BL8
- NITE
- Gelda_00070
- PmId
[18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) - comment
- Streptomyces hygroscopicus 17997でのgeldanamycin生合成clusterにある対応遺伝子。
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| Family/Domain | - FD
- IPR009081
- comment
- [IPR009081] Acyl carrier protein-like (Domain)
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Gelda2_00150
Location
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