Gelda2_00200 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces geldanamycininus
Strain	NRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry name	Geldanamycin
Contig	AY179507
Start / Stop / Direction	74,922 / 73,858 / - [in whole cluster] 63,622 / 62,558 / - [in contig]
Location	complement(73858..74922) [in whole cluster] complement(62558..63622) [in contig]
Type	CDS
Length	1,065 bp (354 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative aminodehydroquinate synthase
Product (GenBank)	GdmO
Gene	gdmO
Gene (GenBank)	gdmO
EC number	4.2.3.-
Keyword	AHBA
Note
Note (GenBank)	putative aminoDHQ synthase
Reference	ACC Q84G12 PmId [12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003) [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment [PMID:12586396](2003) ansamycin系抗生物質geldanamycin産生のgene clusterのクローニング、及び配列解析と遺伝子破壊による特性解析についての報告。 GdmO (354aa) : AminoDHQ synthase gdmOはAHBA生合成に必要なamino dehydroquinate synthaseをコードする遺伝子としてgdm gene clusterにリストされた。 GdmO に関する機能実験なし。 --- [PMID:16085885](2005) gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するAHBA生合成clusterに、gdmOのparalog(=ahba-3)が含まれている。
Related Reference	ACC O52549 NITE Rifam_00280 PmId [11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001) comment Blast id70%, 1e-116 Amycolatopsis mediterranei_rifG(aroB) 3-dehydroquinate synthase(EC 4.2.3.4) [DoBISCUIT]putative aminodehydroquinate synthase rifamycinと関連ansamycinsのPKS starter 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)の生合成経路について調査。関連遺伝子の不活化、異種性発現、中間体を基質とした反応確認など。 RifG: Aminodehydroquinate synthase rifH, -G, and -J genesの遺伝子産物は shikimate biosynthesis pathwayに関連する酵素に似ている。rifH, G, Jの各mutantは成長に影響を与えないので、shikimate pathwayに直接関連しないことがわかる。また、mutantでもrifamycin B産生をある程度保つことから、shikimate pathwayのgeneが代替していると考えられる。 AHBA biosynthetic genesをプラスミドに組み込んだS. coelicolor YU105を使ってAHBA生産を調べると、rifGを除いた場合はAHBA biosynthetic genesが全て揃っている場合と比較して、AHBAの生産量が約10%にまで落ちることが示されており、rifGはAHBAの生産に関与していることが示されている。
	ACC P0A4Z4 PmId [17586643] Functional characterization by genetic complementation of aroB-encoded dehydroquinate synthase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv and its heterologous expression and purification. (J Bacteriol. , 2007) [1910148] The Mycobacterium tuberculosis shikimate pathway genes: evolutionary relationship between biosynthetic and catabolic 3-dehydroquinases. (Mol Gen Genet. , 1991) comment Blast id45%, 2e-49 Mycobacterium tuberculosis_aroB 3-dehydroquinate synthase(EC 4.2.3.4) [PMID: 17586643] Mycobacterium tuberculosis H37Rv_aroBをクローニング、E. coliで大量発現してhomogeneityに精製、アミノ酸シークエンス。 M. tub_aroBはE. coli aroB deletion mutantを相補することを確認。
	ACC Q49BC4 NITE Gelda2_00250 PmId [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment Blast id72%, 1e-130 Streptomyces hygroscopicus_ahba-3 ADHQ synthase B gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するAHBA生合成clusterに含まれているgdmO(当ORF)のparalog。
	ACC Q06BL4 NITE Gelda_00110 PmId [18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) comment Streptomyces hygroscopicus 17997でのgeldanamycin生合成clusterにある対応遺伝子。

Sequence

>putative aminodehydroquinate synthase [GdmO]
MTTSTSSPAASSASPARQVVVGLAERSYTVHIGHGVQRLLPQVVAALGARRAVVVTARPA
EQTPDPGVPSLVVPARDGEAAKDLAAVTDLCRRFVGFGLTRSDVVVSCGGGTTTDTVGLA
AALYHRGTPVVHVPTSLLAQVDASVGGKTAVNLPEGKNLVGAYWQPAAVLCDLEHLKTLP
EREWRNGLGEIARCHFIGAPDLDGLPLLDQISASVTLKAGIVAADERDSGLRHLLNYGHT
LGHALERATGFALRHGEGVAIGTVFAGRLAGALGRIGPERVAEHHDVVARYGLPTALPPH
VSVSELVELMRLDKKATDGLTFVLDSPAGPGLVRGIAEDTVGATLAAMPRAPAW

>putative aminodehydroquinate synthase [GdmO]
TTGACCACGTCGACTTCCAGTCCGGCCGCCAGTTCCGCTTCCCCCGCCCGACAGGTCGTC
GTCGGGCTGGCCGAACGCTCCTACACCGTGCACATCGGACACGGTGTGCAGCGGCTGCTC
CCACAGGTGGTGGCCGCCCTGGGCGCGCGCAGGGCGGTGGTGGTCACCGCGCGGCCCGCC
GAGCAGACCCCCGACCCAGGAGTGCCCTCGCTCGTCGTACCCGCCCGCGACGGGGAGGCG
GCCAAGGACCTGGCCGCCGTGACCGATCTGTGCCGCCGGTTCGTCGGATTCGGACTGACC
CGCTCGGATGTGGTGGTGTCCTGTGGCGGCGGCACCACGACCGACACGGTGGGCCTGGCC
GCCGCCCTCTACCACCGGGGCACCCCGGTCGTACACGTGCCGACCTCGCTGCTCGCCCAG
GTGGACGCGAGCGTCGGCGGGAAGACCGCGGTGAATCTGCCCGAGGGCAAGAATCTGGTC
GGCGCCTACTGGCAGCCCGCGGCCGTGCTCTGCGACCTCGAACATCTGAAGACCCTGCCC
GAACGGGAATGGCGCAACGGCCTCGGTGAGATCGCCCGCTGCCACTTCATCGGCGCGCCC
GATCTCGACGGGCTGCCGCTGCTCGACCAGATCTCGGCCAGTGTGACGCTCAAGGCGGGC
ATCGTCGCCGCGGACGAGCGCGACTCGGGCCTGCGCCACCTCCTCAACTACGGACACACG
TTGGGGCATGCGCTGGAACGTGCCACCGGGTTCGCGCTGCGGCACGGGGAGGGAGTGGCC
ATCGGCACGGTTTTCGCCGGCCGGCTCGCCGGCGCGCTGGGGCGCATCGGCCCGGAGCGC
GTGGCCGAGCATCATGACGTGGTCGCCCGCTACGGCCTGCCGACCGCGCTGCCCCCGCAT
GTCTCCGTGTCCGAGCTGGTGGAGCTGATGCGCCTGGACAAGAAGGCCACCGACGGGCTG
ACGTTCGTCCTGGATAGCCCCGCGGGGCCCGGACTGGTGCGCGGGATCGCCGAGGACACC
GTCGGCGCCACCCTCGCGGCGATGCCCCGCGCGCCCGCATGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR016037 3-dehydroquinate synthase AroB (Family) PIRSF001455 DHQ_synth
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Gelda2_00190 Gelda2_00205