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Gelda2_00205 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry nameGeldanamycin
Contig
Start / Stop / Direction75,200 / 75,003 / - [in whole cluster]
63,900 / 63,703 / - [in contig]
Locationcomplement(75003..75200) [in whole cluster]
complement(63703..63900) [in contig]
TypeCDS
Length198 bp (65 aa)
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Category4.5 electron carrier
Productputative ferredoxin
Product (GenBank)
GenegdmFdx
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
PmId
[16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005)
[21682254] The missing C-17 O-methyltransferase in geldanamycin biosynthesis. (Org Lett. , 2011)
comment
UniProtに該当entryなし。

---
[PMID:16085885](2005)
Table4にはリストされているが、境界は指定されていない。

GdmFdx : Ferredoxin
詳細記載、機能解析なし。

---
[PMID:21682254](2011)
Table S1.
gdmFdx (65aa) : Ferredoxin

S. hygroscopicus NRRL 3602株のgdmFdxはこの仕事でannotateされたとコメントされている。
Related Reference
ACC
P18325
PmId
[1846297] Ferredoxins from two sulfonylurea herbicide monooxygenase systems in Streptomyces griseolus. (Biochemistry. , 1991)
comment
Blast id67%, 1e-16
Streptomyces griseolus_subB
Ferredoxin-2(Fd-2)

sulfonylurea herbicideが誘発されたStreptomyces griseolusの可溶性タンパク質フラクションより、Fd-1 と Fd-2の二種類のフェレドキシンを精製し、どちらも、aerobic mixture of NADPH、spinach ferredoxin:NADP oxidoreductase、精製したcytochrome P-450SU1とherbicide基質にsulfonylurea monooxygenase活性を復元できることが示されている。また、cytochromes P-450, P-450SU1 (CYP105A1) と P-450SU2 (CYP105B1)は、それぞれFd-1 と Fd-2の近傍に位置していることが示されている。

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selected fasta
>putative ferredoxin
MVKVSVDQEKCCAAGHCALAAPEVFDQREEDGTVVLLDPRPPLALRDSVAEASFLCPAAA
IAVED
selected fasta
>putative ferredoxin
ATGGTGAAGGTCTCGGTGGATCAGGAGAAGTGCTGCGCGGCCGGGCATTGCGCGCTGGCG
GCGCCGGAGGTTTTCGACCAGCGGGAGGAGGACGGGACAGTGGTCCTGCTGGACCCGCGG
CCGCCGCTCGCGCTGCGCGACAGCGTCGCCGAGGCCTCGTTCCTGTGCCCGGCCGCCGCG
ATCGCGGTCGAGGACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001080 3Fe-4S ferredoxin (Family)
[6-17] 3.4e-06 PR00352 [17-27] 3.4e-06 PR00352 [49-61] 3.4e-06 PR00352
PR00352   3FE4SFRDOXIN
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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