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Gelda2_00210 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry nameGeldanamycin
Contig
Start / Stop / Direction76,433 / 75,240 / - [in whole cluster]
65,133 / 63,940 / - [in contig]
Locationcomplement(75240..76433) [in whole cluster]
complement(63940..65133) [in contig]
TypeCDS
Length1,194 bp (397 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productputative cytochrome P450
Product (GenBank)GdmP
Gene
Gene (GenBank)gdmP
EC number
Keyword
  • C-4,5 desaturation
Note
Note (GenBank)
  • P450 (PikC subfamily)
Reference
ACC
PmId
[12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003)
comment
ansamycin系抗生物質geldanamycin産生のgene clusterのクローニング、及び配列解析と遺伝子破壊による特性解析についての報告。

GdmP (394aa) : P450

gdmP に関する機能実験無し。
gdmL, gdmM and gdmPはC17 hydroxylation, C21 oxidation and C4,5 unsaturationを支配しそうだが、mutantsや発現タンパクで確認してみないと区別できない。
Related Reference
ACC
Q06BL3
NITE
Gelda_00120
PmId
[21979086] Novel 4,5-dihydro-thiazinogeldanamycin in a gdmP mutant strain of Streptomyces hygroscopicus 17997. (Biosci Biotechnol Biochem. , 2011)
[22849774] Identification of 4,5-dihydro-4-hydroxygeldanamycins as shunt products of geldanamycin biosynthesis. (J Nat Prod. , 2012)
[23656556] 19-[(1'S,4'R)-4'-Hydroxy-1'-methoxy-2'-oxopentyl]geldanamycin, a natural geldanamycin analogue from Streptomyces hygroscopicus 17997. (J Nat Prod. , 2013)
comment
Blast id93%, 0.0
Streptomyces hygroscopicus 17997_gdmP
GdmP

---
[PMID:21979086](2011)
S.hygroscopicus 17997のgdmP mutantから、4,5-dihydro-geldanamycin と 4,5-dihydro-thiazinogeldanamycin を検出。
後者は中度のanti-HSV-1-virus activityを示し、geldanamycinよりも高い水溶解度を示した。

---
[PMID:22849774](2012)
GdmPはgeldanamycin生合成でdesaturaseとして働くCYP450 oxidaseである（[PMID:18600054] を引用）。

S.hygroscopicus 17997株と、そのgdmP gene disruption mutantの産物を比較。
wild 17997株からのみ、
・(4S)-4,5-dihydro-4-hydroxygeldanamycin
・(4R)-4,5-dihydro-4-hydroxygeldanamycin
を同定した。これら化合物はgeldanamycinより弱い細胞毒性を示す。

また、これら化合物はgdmP mutantでは検出されなかったこと、geldanamycinへの生物変換ができなかったことをふまえ、GdmPによって触媒されるC-4,5 oxidationのshunt産物であるとし、GdmPが触媒するC-4,5 oxidationのschemeを提唱している。

---
[PMID:23656556](2013) abstract
S.hygroscopicus 17997で自然な新規geldanamycin類似体を発見。
gdmP gene disruption mutantでは、その4,5-dihydro型も同定された。
これら化合物はgeldanamycinと比べて、水溶解度が上昇し、HepG2 cellsに対する細胞毒性が減った。
PmId
[18600054] Characterization of tailoring genes involved in the modification of geldanamycin polyketide in Streptomyces hygroscopicus JCM4427. (J Microbiol Biotechnol. , 2008)
comment
Streptomyces hygroscopicus JCM4427_gel16

geldanamycinポリケチドの修飾に関わる遺伝子について、変異株を作成し特性を調べた論文。

gel16(NRRL 3602株のgdmPと同等の遺伝子、GenBank未登録)破壊株は4,5-dihydrogeldanamycinのみ合成し、geldanamycinは全く合成しなかったことから、gel16はgeldanamycinのC-4/5二重結合の形成に関与していると結論付けている。

単独で働くのか、追加のhydroxylationのための他酵素が必須であるのか、は明らかでない。

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selected fasta
>putative cytochrome P450 [GdmP]
MDEIRDYPESRAAACPFSPPLGYEELRERSAVTRVRMWDGSTPFLVTGYHEARAALGDSR
FSADGTHKAMPRFVKFEVPAEVFNLGRMDDPEHARIRRMLTANFTIRRTEAMRPMIQGIV
DGLLDRLIAQGPPADLVADFAFPLPSQVIGVMLGVSDADFAEFQQASQGVMDFTASAEEM
GAALGVMVDYVARMCAAKRADPGDDLLSRLIVDQELTGGLTQQQVVATALVLLLAGHETT
ANMIALSTVLLLSHPEQLARLRADAGLMGNAVDELLRYITIVQEGTGRVATEDVEVGGVL
IPGGEGVIINLPSANRDPHFADAHELDLSRPNAREHVAFGFGVHQCLGQTLARVELQIAL
ETLLRRLPTLRLEVPFDDLAFLYESMNFGVARVPVAW
selected fasta
>putative cytochrome P450 [GdmP]
ATGGACGAGATACGCGACTACCCCGAATCGCGGGCTGCTGCATGCCCGTTCTCACCCCCG
CTGGGATACGAGGAGTTGCGCGAGCGGTCCGCCGTCACGCGGGTGCGGATGTGGGATGGC
AGCACCCCGTTTCTCGTCACCGGCTATCACGAGGCGCGGGCCGCGCTCGGCGACAGCAGG
TTCAGCGCCGACGGCACGCACAAGGCGATGCCGCGCTTCGTGAAGTTCGAGGTGCCGGCC
GAGGTGTTCAACCTCGGGAGGATGGACGATCCGGAGCACGCCCGGATCCGCCGCATGCTC
ACCGCGAACTTCACCATCCGGCGCACCGAGGCGATGCGGCCGATGATCCAGGGCATCGTG
GACGGCCTCCTGGACCGGCTGATCGCCCAGGGGCCGCCGGCCGACCTGGTGGCCGACTTC
GCCTTCCCCCTGCCGTCCCAGGTGATCGGTGTGATGCTGGGGGTCTCGGACGCCGACTTC
GCGGAGTTCCAGCAGGCGTCGCAGGGCGTCATGGACTTCACCGCGTCGGCCGAGGAGATG
GGCGCCGCGCTCGGCGTCATGGTGGACTACGTCGCCCGGATGTGCGCGGCCAAGCGCGCC
GACCCGGGAGACGATCTCCTCAGCCGGCTCATCGTCGACCAGGAGCTGACGGGCGGGCTC
ACCCAGCAGCAGGTGGTCGCCACCGCCCTGGTGCTGCTGCTGGCCGGGCACGAGACCACC
GCCAACATGATCGCCCTGTCCACCGTCCTGTTGCTGAGCCACCCCGAACAGCTCGCCCGG
CTGCGGGCGGACGCCGGGCTGATGGGCAACGCGGTGGACGAACTGCTCCGGTACATCACG
ATCGTCCAGGAAGGCACGGGACGGGTGGCCACCGAGGACGTCGAGGTCGGCGGGGTGCTC
ATCCCGGGCGGTGAAGGGGTGATCATCAATCTGCCCAGCGCCAACCGCGACCCCCACTTC
GCGGACGCCCACGAACTGGACCTGAGCCGGCCGAACGCCCGCGAACATGTCGCGTTCGGC
TTTGGAGTGCACCAGTGCCTGGGGCAGACCCTCGCCCGGGTCGAGCTCCAGATCGCCCTG
GAGACCCTGCTGCGCCGGCTGCCGACGCTCCGCCTGGAGGTCCCGTTCGACGACCTGGCG
TTTTTGTACGAGTCGATGAACTTCGGCGTCGCCCGTGTGCCCGTCGCCTGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[235-252] 2.19999900980708e-07 PR00385 [270-281] 2.19999900980708e-07 PR00385 [337-346] 2.19999900980708e-07 PR00385 [346-357] 2.19999900980708e-07 PR00385
PR00385   P450
[14-397] 4.60000044330866e-93 SSF48264
SSF48264   Cytochrome_P450
[19-397] 1.20000000000001e-100 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   Cyt_P450
[204-367] 1.5e-26 PF00067
PF00067   p450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[88-99] 7.79998304125571e-49 PR00359 [135-151] 7.79998304125571e-49 PR00359 [152-167] 7.79998304125571e-49 PR00359 [189-211] 7.79998304125571e-49 PR00359 [270-281] 7.79998304125571e-49 PR00359 [288-315] 7.79998304125571e-49 PR00359 [337-346] 7.79998304125571e-49 PR00359 [346-357] 7.79998304125571e-49 PR00359
PR00359   BP450
IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site)
[339-348] PS00086
PS00086   CYTOCHROME_P450
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Gelda2_00205 Gelda2_00205   Gelda2_00220 Gelda2_00220
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