Gelda2_00220 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces geldanamycininus
Strain	NRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry name	Geldanamycin
Contig	AY179507
Start / Stop / Direction	79,478 / 76,590 / - [in whole cluster] 68,178 / 65,290 / - [in contig]
Location	complement(76590..79478) [in whole cluster] complement(65290..68178) [in contig]
Type	CDS
Length	2,889 bp (962 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative LuxR family transcriptional activator
Product (GenBank)	GdmRI
Gene
Gene (GenBank)	gdmRI
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	putative transcriptional regulator; LuxR family
Reference	ACC Q84G10 PmId [12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003) comment ansamycin系抗生物質geldanamycin産生のgene clusterのクローニング、及び配列解析と遺伝子破壊による特性解析についての報告。 GdmR1 (962aa) : Transcriptional regulation 機能実験なし。
Related Reference	ACC Q06BL2 NITE Gelda_00130 PmId [18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) comment BLAST id83% Streptomyces hygroscopicus(17997)_gdmRI GdmRI geldanamycin生合成clusterにあるpositive regulators GdmRI and GdmRII に関する報告。 gdmRI, gdmRII のいずれか一方の欠損株ではgeldanamycinの生産が完全に消失し、欠損した遺伝子をプラスミドで相補すると geldanamycin生産が回復する。 2つの遺伝子の転写は独立に行われ互いを制御していないこと、2つの遺伝子の転写はpolyketide骨格生合成に関与する遺伝子(pks, gdmF, gdnA-O-P)とは協調するが、PKS後修飾遺伝子であるgdmNとは協調していないことも示されている。よって、gdmRI と gdmRII はgeldanamycin生合成経路におけるpolyketide生合成遺伝子に特異的なpositive regulatorsであると結論付けている。
Related Reference	ACC Q9ZGI0 NITE Pikro_00180 PmId [11344155] Characterization and analysis of the PikD regulatory factor in the pikromycin biosynthetic pathway of Streptomyces venezuelae. (J Bacteriol. , 2001) [18245260] Enhanced heterologous production of desosaminyl macrolides and their hydroxylated derivatives by overexpression of the pikD regulatory gene in Streptomyces venezuelae. (Appl Environ Microbiol. , 2008) [26608164] Interspecies Complementation of the LuxR Family Pathway-Specific Regulator Involved in Macrolide Biosynthesis. (J Microbiol Biotechnol. , 2016) comment BLAST id34% Streptomyces venezuelae_pikD Putative transcriptional activator PikD --- [PMID: 11344155](2001) pikDは抗生物質産生に必須。pikD deletionによる抗生物質非産生は、plasmidによる相補で回復する。 PikDによって行使される調節のレベルを、pathway中間体の変換と、xylE reporter systemを使ったpromoter probingで見ている。 PikDが媒介する転写調節は、pikRII, pikAI, and desI の発現を調節するpromotersで起こるが、pikRI or pikCを調節するpromotersでは起こらない。 --- [PMID: 18245260](2008) S.venezuelae ATCC 15439のPKS genes deletion mutantにtylosin PKS genesを導入した株と、さらにpikDの追加コピーを入れた株での産物解析。 pikD追加があるとdesosaminyl tylactone産生が増えるので、PikDはdesosamine生合成gene clusterの発現をupregulateすると示唆される。また、2つのhydroxylate型desosaminyl tylactoneが新たにこの株から検出され、P450 hydroxylaseをコードするpikCの発現がPikDによって増加したためであると考えられた。 RT-PCRによる遺伝子発現解析と、10-deoxymethynolide, narbonolide, and tylactone→対応するdesosaminyl macrolidesへの生物変換実験によっても、PikDがdes and pikC genesのpositive regulatorであることを確かめている。 [PMID: 11344155]との矛盾点はxylE assayでのせいであり、RT-PCRと生物変換実験を使った結果のほうが直接的な証拠であると言っている。 --- [PMID: 26608164](2016) pikDの過剰発現はpikromycin産生を拡大し、pikD deletion mutantはrapHとfkbNで補完することができる。

Sequence

>putative LuxR family transcriptional activator [GdmRI]
MTAEINSSLRRTPPQRGLMSMGLTDYQFELRDVLDAAARGNGGLLQVTGGPGVGKTSLLG
CLKEQAAESGAVCLTASGFADDTAIPFNIVERLIWSSAFMGELDVVARWRTAGERYSEAE
PGMLRSLVREISDVLHRIAGGKQLIIAIDDAEHADYPSLMCLLYIARHASGTRTLVVMTG
GQTHPLCAPTHGFHEFYKIKIDTLPESGVGYLLERHSDADLADRIRASCHAVSGGNPRLV
KALLRDHLQAAPGGPETAVTVGAEFQEAYRGCLLSHPALLQVAQALAVLDRYGSPWRVAN
LLECGQERAARAITIMNSAGLLEDGRFRHPAARYATLETLPAEDRARLSAKAAELLYADG
ADPIAVAELLVTADKTPDQKGVTVLWHAAQKNLDHGRTEEAIAGLRLAARADLGRREHMD
ILMALVGALWSSNPATAEPELDRLLAAIREEFPADIPERYLCFLLFMVLWFGRFSDGEEA
FKWLSGGGDTDNASSMAALRVTRQWATFLKPTLIHDFPDQPLSDGEVDGLWAANLEHGLQ
LSVGELGMEIGHFQDPRQVADFSPDAMHLLSPSNHFWFAYAYACRMVWALAARGEAETAD
RLCGALFTAADKLNMKTPGAVALSMRAYIRCRRGDFTSAIDFAGTALNSIPPRGWGVAIG
LPLSVLVAAHTAIGRLDEAERYLRYWVPKEMFDSVVGLEYLRARGQYCLATNRSYAALSD
FMVSGMLMDQWPVDFGDLAPWRIDAAEAYLHVQEPAEAKRLALEELKLSPDRPLSTRGRA
LRVLAMAEDPDKRRLLLYQSAKCLREHGDRFELARTLAELSQDFLSTGETQQARTTWHEA
QKLMDECGISAQHESRRDLVVDGAESSVDARLSEAAGESEEREPGASAEGAEQPVISEAE
WRVATLAASGMSNRQIAKSLYITVSTVEQHLTRIYRKLSVGNRQELSRRLWLLIGATGSS
SC

>putative LuxR family transcriptional activator [GdmRI]
ATGACTGCGGAGATCAACTCATCGCTCAGACGCACACCCCCACAGCGAGGACTGATGAGT
ATGGGACTGACAGATTATCAATTCGAGCTTCGCGACGTCCTCGACGCGGCAGCACGAGGC
AACGGCGGGCTTCTCCAAGTGACCGGGGGGCCCGGTGTCGGAAAGACCTCCTTATTGGGC
TGTCTGAAGGAACAGGCGGCCGAGTCGGGTGCGGTCTGTCTTACGGCGTCCGGATTCGCG
GACGACACCGCCATCCCGTTCAACATAGTGGAACGGCTGATCTGGTCCTCCGCGTTCATG
GGCGAATTGGACGTCGTGGCGCGCTGGAGGACTGCCGGAGAGCGGTATTCGGAGGCCGAA
CCCGGCATGCTGAGAAGCCTGGTCCGTGAAATATCCGATGTGCTGCACCGTATCGCGGGC
GGCAAGCAGCTGATCATCGCGATTGACGATGCCGAGCATGCCGACTACCCCTCCCTCATG
TGCCTTCTGTATATCGCCAGGCATGCGTCCGGCACTCGCACACTCGTCGTGATGACCGGC
GGGCAGACACATCCGTTGTGCGCCCCGACTCACGGCTTCCACGAGTTCTACAAGATCAAG
ATCGATACACTCCCGGAATCCGGGGTCGGATACCTGCTGGAGCGGCACAGCGACGCCGAC
CTGGCCGACCGGATCCGCGCCTCCTGCCACGCCGTCAGCGGTGGCAATCCCAGACTGGTC
AAGGCCCTGCTGCGCGACCATCTCCAAGCCGCTCCGGGCGGGCCGGAGACTGCTGTCACT
GTCGGTGCGGAGTTCCAGGAGGCCTATCGCGGGTGTCTGTTATCCCATCCGGCGTTGCTC
CAGGTGGCACAGGCCCTCGCGGTGCTGGACCGGTACGGCAGCCCGTGGCGGGTGGCCAAT
CTGCTCGAATGCGGCCAGGAACGCGCGGCCCGGGCCATCACCATCATGAACTCCGCGGGA
CTGCTGGAGGACGGACGTTTCCGGCACCCCGCGGCGCGATACGCCACGCTGGAGACGCTG
CCCGCGGAGGACCGGGCCCGCCTCAGCGCGAAAGCGGCCGAACTTCTGTATGCCGACGGG
GCCGACCCGATCGCGGTGGCGGAACTTCTGGTCACCGCCGATAAAACGCCCGACCAAAAA
GGCGTCACAGTGCTCTGGCACGCGGCCCAGAAGAATCTCGACCACGGCCGTACGGAGGAA
GCGATCGCCGGCCTGCGGCTCGCCGCCCGCGCGGACCTCGGCCGGCGGGAGCACATGGAC
ATTCTCATGGCGCTGGTCGGGGCGTTATGGTCCAGCAATCCGGCGACCGCCGAACCCGAA
CTGGACCGCCTGTTGGCCGCGATACGGGAGGAATTCCCCGCCGACATCCCCGAGCGGTAT
CTGTGCTTCCTGCTCTTCATGGTGCTGTGGTTCGGCCGGTTCAGCGATGGGGAAGAAGCC
TTCAAGTGGCTGTCGGGCGGTGGTGACACCGATAACGCGTCCAGCATGGCCGCTCTGCGG
GTGACCCGGCAGTGGGCCACCTTCCTTAAACCGACCCTGATCCATGACTTCCCCGACCAG
CCTCTCTCGGACGGGGAAGTCGACGGGCTGTGGGCGGCCAACCTGGAGCACGGTCTGCAG
CTGTCCGTCGGCGAACTGGGCATGGAGATCGGGCATTTCCAGGATCCCCGGCAGGTGGCG
GACTTCTCTCCCGATGCCATGCATCTGTTGTCGCCCTCCAATCACTTCTGGTTCGCGTAC
GCATACGCCTGCCGGATGGTCTGGGCATTAGCCGCGAGAGGAGAAGCGGAAACGGCGGAC
CGGCTGTGCGGCGCGCTTTTCACCGCGGCCGACAAGCTGAACATGAAGACGCCCGGCGCC
GTCGCCCTGTCCATGCGCGCCTACATCAGATGCCGCCGTGGGGACTTCACCTCGGCCATC
GATTTCGCCGGCACCGCACTGAATTCCATCCCCCCGCGCGGATGGGGCGTCGCCATCGGA
TTGCCGCTCTCCGTTCTGGTGGCGGCCCACACCGCCATCGGCAGACTCGATGAGGCCGAG
CGATATCTGCGTTACTGGGTGCCGAAGGAAATGTTCGACAGCGTTGTGGGATTGGAGTAC
CTCCGGGCTCGCGGACAGTACTGTCTGGCCACCAACCGCTCCTATGCCGCGCTGAGCGAT
TTCATGGTGAGCGGGATGCTGATGGACCAGTGGCCCGTGGACTTCGGCGACCTGGCGCCC
TGGCGCATCGACGCCGCCGAGGCGTATCTGCATGTCCAGGAGCCGGCGGAGGCCAAAAGA
CTCGCCCTGGAAGAGCTCAAGCTCTCGCCCGACCGCCCCTTGAGCACCCGTGGCCGAGCG
CTGCGCGTTCTGGCCATGGCCGAGGACCCGGACAAGCGCAGGCTGCTCCTCTATCAGTCC
GCCAAGTGTCTGCGCGAGCACGGCGACCGTTTCGAACTCGCCCGTACGCTCGCCGAGCTC
AGCCAGGACTTCCTCAGCACCGGAGAGACCCAACAGGCTCGCACCACCTGGCATGAGGCG
CAGAAGCTGATGGACGAGTGCGGGATCAGCGCCCAGCACGAGAGCCGCAGGGACCTGGTC
GTGGACGGCGCCGAGAGCTCCGTGGACGCTCGACTGTCGGAAGCCGCCGGGGAGTCCGAG
GAGAGAGAGCCCGGCGCATCGGCCGAAGGCGCAGAGCAGCCCGTTATCTCGGAGGCCGAG
TGGCGCGTGGCGACCCTGGCCGCGTCGGGGATGTCCAACCGGCAGATCGCCAAGAGCCTC
TACATCACGGTCAGCACCGTGGAGCAGCATCTGACGCGCATCTACCGCAAGCTCTCCGTG
GGAAATCGGCAGGAGCTGTCGCGTCGTCTGTGGCTGCTCATCGGAGCCACCGGATCGTCC
TCCTGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000792 Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain) PR00038 HTHLUXR PF00196 GerE SM00421 HTH_LUXR PS50043 HTH_LUXR_2 PS00622 HTH_LUXR_1 IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain) G3DSA:1.25.40.10 TPR-like_helical IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain) SSF46894 Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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