Gelda2_00250 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces geldanamycininus
Strain	NRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry name	Geldanamycin
Contig	AY952143
Start / Stop / Direction	1,364 / 2,413 / + [in whole cluster] 1,364 / 2,413 / + [in contig]
Location	1364..2413 [in whole cluster] 1364..2413 [in contig]
Type	CDS
Length	1,050 bp (349 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative aminodehydroquinate synthase
Product (GenBank)	aDHQ synthase B
Gene	ahba-3
Gene (GenBank)
EC number	4.2.3.-
Keyword	AHBA
Note
Note (GenBank)	ORF2; aminodehydroquinate synthase; AHBA biosynthetic pathway
Reference	ACC Q49BC4 PmId [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。 gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するAHBA生合成clusterを同定し、配列解析から6つのORFsを明らかにしている。 ahba-3 : Aminodehydroquinate synthase geldanamycin PKS cluster内に唯一あるAHBA生合成遺伝子gdmOのparalogである。
Related Reference	ACC O52549 NITE Rifam_00280 PmId [11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001) comment Blast id70%, 1e-125 Amycolatopsis mediterranei_rifG(aroB) 3-dehydroquinate synthase(EC 4.2.3.4) [DoBISCUIT]putative aminodehydroquinate synthase rifamycinと関連ansamycinsのPKS starter 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)の生合成経路について調査。関連遺伝子の不活化、異種性発現、中間体を基質とした反応確認など。 RifG: Aminodehydroquinate synthase rifH, -G, and -J genesの遺伝子産物は shikimate biosynthesis pathwayに関連する酵素に似ている。rifH, G, Jの各mutantは成長に影響を与えないので、shikimate pathwayに直接関連しないことがわかる。また、mutantでもrifamycin B産生をある程度保つことから、shikimate pathwayのgeneが代替していると考えられる。 AHBA biosynthetic genesをプラスミドに組み込んだS. coelicolor YU105を使ってAHBA生産を調べると、rifGを除いた場合はAHBA biosynthetic genesが全て揃っている場合と比較して、AHBAの生産量が約10%にまで落ちることが示されており、rifGはAHBAの生産に関与していることが示されている。
	ACC P0A4Z4 PmId [17586643] Functional characterization by genetic complementation of aroB-encoded dehydroquinate synthase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv and its heterologous expression and purification. (J Bacteriol. , 2007) [1910148] The Mycobacterium tuberculosis shikimate pathway genes: evolutionary relationship between biosynthetic and catabolic 3-dehydroquinases. (Mol Gen Genet. , 1991) comment Blast id42%, 1e-53 Mycobacterium tuberculosis_aroB 3-dehydroquinate synthase(EC 4.2.3.4) [PMID: 17586643] Mycobacterium tuberculosis H37Rv_aroBをクローニング、E. coliで大量発現してhomogeneityに精製、アミノ酸シークエンス。 M. tub_aroBはE. coli aroB deletion mutantを相補することを確認。
	ACC Q84G12 NITE Gelda2_00200 PmId [12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003) [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment Blast id72%, 1e-122 Streptomyces hygroscopicus_gdmO GdmO gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するPKS clusterに含まれているparalog。

Sequence

>putative aminodehydroquinate synthase [aDHQ synthase B]
MTASAHPHTRVMVELGDRSYPVDIGPGVRHALSGVVAGLGAQRVAMVSARPDGWLPDPGV
PSMVLRARDGEADKSLATVEELCREFVRFGLTRSDAVVSCGGGTTTDVVGLAAALYHRGV
PVVHLPTSLLAQVDASVGGKTAVNLPEGKNLVGAFWQPSAVLCDTDYLETLPAAEMLNGY
GEIARCHFIGAGDLRGLALAEQIAASVALKASVVSADERDSGLRHVLNYGHTLGHALEIV
TDFRLRHGEGVAIGTVFAGRLALALGRIDEARAAEHLEVVRGYGLPFALPADADPGRLIE
VMRLDKKATDGLTFVLDGPGGPELVSGLAEETVATTLAGMDRAGSDNRR

>putative aminodehydroquinate synthase [aDHQ synthase B]
ATGACGGCGTCGGCTCATCCGCATACCCGCGTCATGGTGGAACTCGGCGACCGTTCCTAT
CCCGTCGACATCGGGCCGGGTGTCCGGCATGCGCTGTCCGGGGTCGTCGCGGGGCTCGGC
GCTCAGCGGGTGGCGATGGTCTCCGCCCGGCCGGACGGCTGGCTGCCCGACCCGGGCGTG
CCCTCGATGGTGCTGCGGGCCCGTGACGGGGAGGCGGACAAGTCGCTGGCCACGGTGGAG
GAGCTGTGCCGGGAGTTCGTCCGTTTCGGGCTGACCCGGTCGGATGCGGTTGTCTCCTGC
GGTGGCGGGACCACCACCGATGTCGTGGGTCTCGCGGCGGCGCTGTACCACCGGGGTGTG
CCCGTGGTGCATCTGCCGACCTCGCTGCTGGCCCAGGTGGACGCCAGCGTGGGCGGGAAG
ACGGCGGTGAATCTCCCCGAGGGGAAGAATCTGGTGGGTGCTTTCTGGCAGCCGTCCGCC
GTGTTGTGCGACACCGACTATCTGGAGACGCTGCCCGCAGCGGAAATGCTCAATGGATAT
GGGGAGATCGCCCGCTGCCACTTCATCGGCGCCGGTGATCTGCGCGGGCTGGCGCTGGCG
GAGCAGATCGCGGCGAGCGTGGCCCTGAAGGCATCGGTGGTCTCCGCGGATGAGCGGGAC
TCCGGGCTGCGTCATGTGCTCAATTACGGCCACACCTTGGGCCATGCGCTGGAAATCGTG
ACCGATTTCCGGCTGCGGCACGGTGAGGGGGTGGCGATCGGCACGGTTTTCGCCGGCCGT
CTGGCGCTGGCCCTGGGCCGGATCGACGAGGCGCGGGCGGCGGAGCATCTGGAGGTGGTG
CGGGGTTACGGGCTGCCGTTCGCGCTGCCCGCCGATGCCGATCCGGGTCGCCTGATCGAG
GTGATGCGGCTGGACAAGAAGGCGACGGATGGGCTCACCTTCGTCCTGGACGGTCCCGGC
GGTCCCGAGCTGGTCTCGGGCCTCGCGGAGGAGACGGTCGCCACGACGCTGGCCGGGATG
GACCGGGCCGGCTCGGACAACCGCCGGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR016037 3-dehydroquinate synthase AroB (Family) PIRSF001455 DHQ_synth
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Gelda2_00240 Gelda2_00260