Gelda2_00300 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces geldanamycininus
Strain	NRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry name	Geldanamycin
Contig	AY952143
Start / Stop / Direction	6,575 / 7,270 / + [in whole cluster] 6,575 / 7,270 / + [in contig]
Location	6575..7270 [in whole cluster] 6575..7270 [in contig]
Type	CDS
Length	696 bp (231 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative hydrolase
Product (GenBank)	phosphatase-like
Gene	ahba-1b
Gene (GenBank)	ahba1b
EC number
Keyword	AHBA
Note
Note (GenBank)	ORF7; AHBA biosynthetic pathway
Reference	ACC Q49BB9 PmId [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。 gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するAHBA生合成clusterを同定し、配列解析から6つのORFsを明らかにしている。 ahba-1b: Phosphatase (DAHP synthesis) 詳細記載なし。
Related Reference	ACC O52553 NITE Rifam_00330 PmId [11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001) [12207505] Characterization of the early stage aminoshikimate pathway in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid: the RifN protein specifically converts kanosamine into kanosamine 6-phosphate. (J Am Chem Soc. , 2002) comment Blast id70%, 4e-71 Amycolatopsis mediterranei_rifM RifM [DoBISCUIT]putative hydrolase --- [PMID: 11278540](2001) rifamycinと関連ansamycinsのPKS starter 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)の生合成経路について調査。関連遺伝子の不活化、異種性発現、中間体を基質とした反応確認など。 RifM: phosphatase rifMは、PKSのstarter unitであるAHBAの合成に必要十分な7genes(rifG, H, J, K, L, M, N)のひとつだが、rifH, G, Jと異なりshikimate pathway関連遺伝子には似ていない。 rifM mutantの実験から、AHBA生合成の早期段階で作用し、aminoDAHP形成か、それより前で関与することが示唆されている。 --- [PMID: 12207505](2002) A.mediterraneiのrifN mutantは、rifLとrifMのmutant両方を相補してrifamycin B産生を回復することができたので、RifLとRifMは経路においてRifNより前で機能しなくてはいけない。 UDP-kanosamine→kanosamineへ触媒するのがRifMであるというschemaあるが、詳細な根拠なし。
	ACC P32662 PmId [13129953] ( , ) comment Blast id33%, 2e-13 E.coli_gph(yhfE) Phosphoglycolate phosphatase(EC 3.1.3.18) E.coli_pgh遺伝子のクローニング、recombinantタンパクの作製・精製、活性確認。 pgh deletion mutantも作製している。 PGPase活性は、Cl(-)かつMg(2+)の依存型。
	ACC Q848B0 NITE Gelda_00170 PmId [16502293] Identification of AHBA biosynthetic genes related to geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Curr Microbiol. , 2006) [18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) comment Blast id95%, 1e-123 Streptomyces hygroscopicus 17997_gdnP Phosphatase --- [PMID:16502293](2006) S. hygroscopicus 17997のcosmid libraryをスクリーニングしたところ、2つのlociに分離したAHBA生合成gene clustersが発見された。このclustersは配列相同性と遺伝子編成の比較からbenzenic AHBA gene cluster(gdn)とnaphthalenic AHBA gene cluster(shn)に分けられた。 gdnP: Phosphatase gdn genesは、rifamycin or naphthomycinよりansatrieninでのAHBA生合成genesに似ている。 gdnPを含むgdn cluster deleted mutantはgeldanamycin収量が75%減った。最も保存されているgdnA, -O, -Pのdeleted mutantでもgeldanamycin収量が75%減った。 --- [PMID:18214443](2008) geldanamycin生合成clusterにあるpositive regulators GdmRI and GdmRII に関する報告。 cluster schemeあり。 P(gdnP): Phosphatse gene geldanamycin polyketide骨格生合成に関連した遺伝子としてpks, gdmF, and gdnA-O-Pの転写を観察している。これらの遺伝子はgdmRI and gdmRII によって転写レベルでpositiveに調節される。
Family/Domain	FD IPR006439 comment [IPR006439] HAD hydrolase, subfamily IA (Family) Function : hydrolase activity IPR006402, IPR005833のsignatureは現在 IPR006439 に統合されている。

Sequence

>putative hydrolase [phosphatase-like]
MTSHPISHGAPLSGASTAPVTSVVFDLDGVLVNSFAVMREAFTLAYAEVVGEGEPPFEEY
NRHLGRYFPDIMRIMGLPLEMEAPFVRESYRLAHLVEMFDGVPELLSELRHRGLRLAVAT
GKSGPRARSLLDTLGIRGQFHVVLGSDEVARPKPAPDIVLKAMDLMDADPDRTVMVGDAV
TDLASARGAGITAVAAMWGETDEKTLLAAEPDVILHKPAELLALCPEVTAP

>putative hydrolase [phosphatase-like]
ATGACCAGCCATCCGATCAGTCACGGCGCCCCGCTCTCCGGCGCGAGTACCGCCCCGGTC
ACCTCGGTGGTCTTCGACCTCGACGGTGTCCTCGTCAACAGCTTCGCGGTGATGCGCGAG
GCGTTCACGCTCGCCTACGCCGAGGTCGTCGGCGAGGGTGAGCCACCCTTCGAGGAGTAC
AACCGGCATCTGGGCCGCTACTTCCCCGACATCATGCGGATCATGGGTCTTCCGCTGGAG
ATGGAGGCCCCGTTCGTCCGCGAGAGCTACCGGCTCGCCCACCTGGTGGAGATGTTCGAC
GGTGTGCCCGAGCTGCTGTCGGAGTTACGCCACCGCGGGCTGCGGCTCGCCGTGGCCACC
GGGAAGAGCGGACCCCGGGCGCGTTCGCTGCTCGACACGCTGGGCATCCGTGGCCAGTTC
CACGTGGTCCTCGGCTCCGACGAGGTGGCGCGGCCCAAGCCCGCGCCGGACATCGTGCTG
AAGGCGATGGACCTGATGGACGCCGATCCCGACCGAACCGTGATGGTCGGGGACGCGGTG
ACCGACCTGGCCAGCGCGCGGGGGGCCGGGATCACCGCCGTGGCGGCGATGTGGGGTGAG
ACCGACGAGAAGACGCTGCTCGCGGCGGAGCCCGATGTGATCCTGCACAAACCCGCCGAA
CTGCTGGCGCTCTGCCCCGAGGTGACGGCTCCGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005833 Haloacid dehalogenase/epoxide hydrolase (Family) PR00413 HADHALOGNASE IPR006351 3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthesis-related (Family) TIGR01454 AHBA_synth_RP IPR006402 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (Family) TIGR01509 HAD-SF-IA-v3 IPR006439 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 (Family) TIGR01549 HAD-SF-IA-v1 IPR023214 HAD-like domain (Domain) SSF56784 HAD-like_dom G3DSA:3.40.50.1000 HAD-like_dom
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Gelda2_00290 Gelda2_00310