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Pier_00090 : CDS information

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Organism
Strain
Entry namePiericidin
Contig
Start / Stop / Direction44,470 / 44,982 / + [in whole cluster]
44,470 / 44,982 / + [in contig]
Location44470..44982 [in whole cluster]
44470..44982 [in contig]
TypeCDS
Length513 bp (170 aa)
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Category5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Producthypothetical protein
Product (GenBank)PieC
GenepieC
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • hypothetical protein
Reference
ACC
PmId
[22365607] Elucidation of Piericidin A1 biosynthetic locus revealed a thioesterase-dependent mechanism of alpha-pyridone ring formation. (Chem Biol. , 2012)
comment
[PMID:22365607]
Piericidin A1生合成gene clusterの報告。

PieC: Hypothetical protein
homolog: Hypothetical protein RER_46650 [Rhodococcus erythropolis PR4]

PieC, PieDはalpha-pyridone環形成におそらく関与する。

PieCはSRPBCC superfamilyに属する。このsuperfamilyにはtetracenomycin生合成でのpolyketide cyclase TcmF2が含まれることから、PieCとの相同性は26%しかないが、alpha-pyridone環の環化を担う酵素としてPieCを仮に割り当てた。

この提唱を確認するため、pieC欠損株を作製。この株はPiericidin A1の力価がwild株の約35-50%に低下したことから、PieCはPiericidin A1生合成には必須ではない、もしくは、その機能が他の内因性のcyclasesにより相補されるのかもしれない。

この結果は提唱に矛盾せず、alpha-pyridone環化は末端carboxylic acidのamidation後に自発的に起こりうるが、PieCの存在がこの反応率を増やし、Piericidin A1のもっと効率的な産生を促進するかもしれない。

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selected fasta
>hypothetical protein [PieC]
MAARWYPIEEADDSLFATAPLYHARSVEVPFTAEETWAALTGDGVSSWTKGMRQLTWTSP
RPFGVGTTREIEMESGLVLREHFFRWEEGTRKTFTATEATKPIFRHLVEDYVVEPTETGA
RFSWRWAAELNRPWSFLQGALDRFFFAPTGRSHIDGLPAYMASQRGTALR
selected fasta
>hypothetical protein [PieC]
ATGGCCGCCCGCTGGTATCCGATCGAGGAAGCCGACGACTCGCTGTTCGCCACCGCCCCG
CTGTACCACGCCCGTTCGGTCGAGGTGCCGTTCACCGCGGAGGAGACCTGGGCGGCCCTG
ACCGGCGACGGCGTCTCCAGCTGGACCAAGGGCATGCGTCAGCTCACCTGGACCTCGCCG
CGGCCGTTCGGTGTCGGCACCACCCGCGAGATCGAGATGGAGAGCGGCCTCGTCCTGCGC
GAGCACTTCTTCCGCTGGGAGGAGGGCACCCGCAAGACCTTCACCGCCACCGAGGCGACC
AAGCCGATCTTCCGCCACCTGGTGGAGGACTACGTGGTCGAGCCCACCGAGACCGGCGCC
CGGTTCAGCTGGCGCTGGGCGGCGGAGCTGAACCGCCCGTGGTCCTTCCTGCAGGGCGCC
CTGGACCGTTTCTTCTTCGCCCCGACCGGCCGCTCGCACATCGACGGCCTGCCCGCCTAC
ATGGCCTCCCAGCGCGGCACCGCGCTCCGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family)
[25-134] 5.10000000000001e-09 PF10604
PF10604   Polyketide_cyc2
IPR023393 START-like domain (Domain)
[25-142] 1.6e-05 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Pier_00080 Pier_00080   Pier_00100 Pier_00100
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