Vanco_00030 Vanco_00030   Vanco_00050 Vanco_00050

Vanco_00040 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction3,008 / 3,571 / + [in whole cluster]
3,008 / 3,571 / + [in contig]
Location3008..3571 [in whole cluster]
3008..3571 [in contig]
TypeCDS
Length564 bp (187 aa)
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Category4.4 resistance
Productputative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
putative DD-carboxypeptidase
Product (GenBank)putative VanY-typeDD-carboxypeptidase
Gene
Gene (GenBank)vanY
EC number3.4.16.4
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、報告論文なし。
Related Reference
ACC
Q799B4
NITE
Balhi_00030
PmId
[21690280] Self-resistance and cell wall composition in the glycopeptide producer Amycolatopsis balhimycina. (Antimicrob Agents Chemother. , 2011)
comment
Blast id67%
Amycolatopsis balhimycina_vanY
Putative VanY-type carboxypeptidase

vancomycin様グリコペプチドであるbalhimycinの生合成gene clusterにあるaccessory resistance gene orthologs vanY, vnlR, vnlSの役割を調査。

VanYを過剰発現したE.coliの細胞抽出液は、diacetyl-Lys-D-Ala-D-Alaに対してかなりのDD-carboxypeptidase活性を示すが、diacetyl-Lys-D-Ala-D-Lacでは検出されなかった。よってVanYはDD-carboxypeptidase活性を持ちpeptidoglycan前駆体から末端のD-Alaを切断するが、DD-carboxyesterase活性を持たない。

vanHAX genesを誘導できるStreptomyces coelicolorでのvanYの異種性発現は、balhimycin耐性を拡大した。regulatory two-component system VanRSがないためvanHAX genesが誘導されないglycopeptide感受性mutant S.coelicolor J3201においてvanYを異種性発現しても、balhimycin耐性は与えられなかった。よってS.coelicolorにおいて、vanY単独では耐性を与えることはできず、機能的なvanHAX genesを必要とする。

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selected fasta
>putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase [putative VanY-typeDD-carboxypeptidase]
MISSERVRTTARRIPGLLVSVIRRVRSTLAAGRRGALGKEHGAVPRGTTVFDDRVPGVAN
LDPALLAALRKAAKDAADDGVELFVNSGWRSPEYQTKLRRDAVSKYGSEEEAARWVATPE
RSIHVAGRAADIGPPASAAWLSQHGARYGLCRIYRNEPWHYELRPEAIEHGCPPMYPDPS
HDPRLRD
selected fasta
>putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase [putative VanY-typeDD-carboxypeptidase]
ATGATCAGCAGCGAACGAGTACGGACCACGGCCCGCCGGATTCCCGGGCTCCTCGTCTCG
GTGATCCGCCGGGTCCGGAGCACCCTCGCGGCCGGGCGGCGTGGCGCGCTCGGCAAGGAG
CACGGAGCCGTCCCCCGCGGCACGACCGTCTTCGACGACAGGGTGCCCGGCGTGGCCAAC
CTCGACCCGGCCCTCCTCGCCGCTCTGCGCAAGGCCGCGAAGGACGCCGCGGACGACGGT
GTCGAGCTGTTCGTCAACAGCGGCTGGCGCTCACCGGAGTATCAGACCAAGCTTCGCCGC
GACGCGGTCTCGAAGTACGGATCCGAAGAGGAAGCCGCCCGGTGGGTCGCCACGCCGGAG
CGGTCCATTCACGTGGCGGGCCGCGCGGCGGACATCGGGCCGCCCGCTTCCGCGGCGTGG
CTGTCCCAGCACGGCGCCCGGTACGGATTGTGCCGGATCTACCGCAACGAACCCTGGCAC
TACGAACTGCGCCCCGAGGCGATCGAGCACGGCTGCCCGCCCATGTACCCCGACCCCAGT
CACGACCCGAGGTTGCGCGACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003709 Peptidase M15B/M15C (Domain)
[60-164] 2.1e-16 PF02557
PF02557   VanY
IPR009045 Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain (Domain)
[52-138] 1.2e-05 G3DSA:3.30.1380.10
G3DSA:3.30.1380.10   Hedgehog/DD-pept_Zn-bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Vanco_00030 Vanco_00030   Vanco_00050 Vanco_00050
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