Vanco_00050 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	4,842 / 5,807 / + [in whole cluster] 4,842 / 5,807 / + [in contig]
Location	4842..5807 [in whole cluster] 4842..5807 [in contig]
Type	CDS
Length	966 bp (321 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative transcriptional regulator
Product (GenBank)	vancomycin transcriptional regulator StrR family
Gene
Gene (GenBank)	vtr
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4Q7 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、報告論文なし。
Related Reference	ACC Q799B3 NITE Balhi_00040 PmId [17693715] The border sequence of the balhimycin biosynthesis gene cluster from Amycolatopsis balhimycina contains bbr, encoding a StrR-like pathway-specific regulator. (J Mol Microbiol Biotechnol. , 2007) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) comment BLAST id85% Amycolatopsis balhimycina_bbr StrR family transcriptional regulator --- [PMID: 17693715](2007) vancomycinにとても似たグリコペプチド系抗生物質balhimycinの生合成gene clusterでの解析報告。 StrR-like pathway-specific regulator Bbrを同定し、N末His-tagタンパクとして発現、精製。 Bbrはgene cluster内の自身を含む5つのpromoter領域に特異的なDNA結合を示す。 Bbrの推定コンセンサス配列はStrRのものとは異なる。 --- [PMID: 17873036](2007) glycopeptide regulators間での交差結合にBbrを使用している。 Q7WZ87のコメント参照。
	ACC Q7WZ87 NITE A4092_00100 PmId [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment BLAST id81% Nonomuraea sp. ATCC 39727_dbv4 Putative regulator StrR family --- [PMID: 17873036](2007) dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。 dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。 Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。 --- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
	ACC R4T042 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id92% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_AORI_1475 vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1475(vtr): Regulator protein このORFに関しては配列解析のみ。

Sequence

>putative transcriptional regulator [vancomycin transcriptional regulator StrR family]
MDPTRVDLSALPIVEIELSRLSSVRSPRTSGEDPEHVEALLSAEWELPPILVHRPTMQVV
DGLHRLKAARVRGDTKIRAKFVDGTESDAFVLAVEANIRHGLPLSLADRKRAAVQIIGTH
PQWSDRRVASATGISAGTVADLRKRGGEGGNEARIGRDGRIRPVDSTERRRLAADLIRND
PGLSLRQVAKQVGISPETVRDVRGRLERGESPTPDGSRRLRTKTHPLSLTESELGHALDR
ERVAVLERLKADPTLRLSEVGRILLRMLAMHSIDGQEWERILRGVPPHLYGVVAGFARDH
ARVWAGFADHLENRATDLAAG

>putative transcriptional regulator [vancomycin transcriptional regulator StrR family]
GTGGATCCGACGAGAGTTGACCTATCCGCTCTCCCGATCGTCGAGATCGAGCTGTCCAGG
CTGTCCTCCGTACGTTCGCCGCGAACCTCGGGCGAGGATCCGGAGCACGTCGAGGCGCTG
TTGTCGGCCGAGTGGGAGCTTCCGCCTATTCTCGTGCACCGTCCAACGATGCAGGTGGTC
GATGGTCTGCACCGGTTGAAGGCGGCGCGCGTCAGGGGCGACACGAAAATCCGCGCCAAG
TTCGTCGACGGCACCGAATCCGATGCCTTCGTCCTGGCCGTGGAAGCGAACATCCGGCAC
GGCCTGCCGCTTTCGCTCGCCGATCGCAAACGGGCGGCCGTCCAGATCATCGGGACGCAT
CCGCAGTGGTCCGATCGGCGGGTGGCCTCGGCGACCGGTATCTCCGCCGGCACGGTGGCG
GATCTGCGCAAACGTGGTGGTGAAGGCGGGAACGAGGCCAGGATCGGGCGGGACGGGCGG
ATCCGGCCCGTCGACAGCACGGAGAGACGAAGACTCGCCGCCGACCTGATCCGCAACGAT
CCCGGCCTTTCGCTCCGGCAGGTCGCCAAGCAGGTCGGCATCTCGCCGGAGACGGTCCGG
GACGTGCGAGGACGGCTGGAACGCGGGGAGAGCCCGACCCCGGACGGGAGCAGGAGGTTG
CGGACCAAGACACATCCGCTGAGCCTGACGGAGTCCGAACTGGGCCATGCGCTGGATCGC
GAGCGGGTCGCCGTGCTGGAGCGGCTCAAGGCCGATCCCACTCTGCGGCTGAGCGAGGTC
GGCCGGATCCTGCTGCGGATGCTCGCCATGCACTCCATCGACGGACAGGAGTGGGAGAGG
ATCCTGCGCGGGGTCCCGCCGCACCTGTACGGCGTGGTCGCCGGCTTCGCCAGGGATCAT
GCCCGGGTCTGGGCGGGTTTCGCGGATCATCTGGAGAACCGGGCGACCGATCTGGCCGCC
GGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003115 ParB-like nuclease (Domain) PF02195 ParBc SM00470 ParB SSF110849 ParBc IPR009057 Homeodomain-like (Domain) SSF46689 Homeodomain_like
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Vanco_00040 Vanco_00060