Vanco_00230 Vanco_00230   Vanco_00250 Vanco_00250

Vanco_00240 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction52,679 / 53,869 / + [in whole cluster]
52,679 / 53,869 / + [in contig]
Location52679..53869 [in whole cluster]
52679..53869 [in contig]
TypeCDS
Length1,191 bp (396 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative cytochrome P450
Product (GenBank)P450 monooxygenase D
Gene
Gene (GenBank)oxyD
EC number
Keyword
  • Bht
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference
ACC
Q939Y1
NITE
Balhi_00240
PmId
[15342578] Biosynthesis of chloro-beta-hydroxytyrosine, a nonproteinogenic amino acid of the peptidic backbone of glycopeptide antibiotics. (J Bacteriol. , 2004)
[20519494] Structural characterization of OxyD, a cytochrome P450 involved in beta-hydroxytyrosine formation in vancomycin biosynthesis. (J Biol Chem. , 2010)
comment
BLAST id88%
Amycolatopsis balhimycina_oxyD
Putative P450 monooxygenase

---
[PMID: 15342578](2004)
oxyDはbeta-hydroxytyrosine(beta-HT)形成に関与するbhp, bpsDとオペロンを形成することから、この経路への関与を調査。

oxyDのin-frame deletion mutant株OP090は活性のある化合物を産生できなかったが、oxyD geneでの相補によりbalhimycin産生を回復する。

・oxyD deletion mutant OP090
・bhp deletion mutant OP696
・bpsD disruption mutant BpsD-cat
・null mutant JR1 (blocked in HPG and DPG synthesis)

を用いてcross-feeding実験を実施。OP090はJR1との組み合わせでのみbalhimycin産生を回復。よってOP090は OP696, BpsD-catと同じ経路、すなわちbeta-HT合成でブロックされることが実証された。

beta-HTを含んだ培地でOP090を培養するとbalhimycin産生を回復したこともふまえ、OP090がbeta-HT合成でブロックされることが明白に実証された。

---
[PMID: 20519494](2010)
発現・精製して得たOxyDとBpsD_PCP domainを滴定し、P450吸収スペクトルのシフトで基質結合を確認している。OxyDはBpsD_PCPに結合したアミノ酸を、基質として結合する。

OxyDの結晶構造を測定。この結果とアミノ酸配列から、OxyDのようなアミノ酸が結合したPCPsを酸化するP450sの共通motifを同定している。
ACC
R4SZ88
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id91%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1494)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1494(oxyD): Cytochrome P450

このORFに関しては配列解析のみ。
Figure 5ではL-Bht合成に割り当てられている。

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selected fasta
>putative cytochrome P450 [P450 monooxygenase D]
MQTTTAVDLGNPDLYTTLDRHTRWREFATEDAMVWSEPGSSPTGFWSVFSHRACAAVLGP
SAPFTSEYGMMIGFDREHPDTSGGQMMVVSEQDQHRRLRKLVGPLLSRAAARKLAERVRT
EVRGVLDKVLDGEVCDVAAAIGPRIPAAVVCEILGVPAEDEDMLIDLTNHAFGGEDELFD
GMTPRQAHTEILVYFDELIAARRERPGDDLVSTLLTDDELTIDDVVLNCDNVLIGGNETT
RHAITGAVHAFATVPGLLARVRDGDEDVDTVVDEVLRWTSPAMHVLRVTTGEVTINGRDL
APGTPVVAWLPAANRDPAVFDDPDTFRPGRKPNRHIAFGHGMHHCLGSALARIELAVVVR
ELAERVSRVELAKEPAWLRAIVVQGYRELPVRFTGR
selected fasta
>putative cytochrome P450 [P450 monooxygenase D]
ATGCAGACGACCACAGCCGTCGACCTCGGCAACCCGGATCTGTACACGACCTTGGATCGC
CACACCCGCTGGCGTGAGTTCGCGACGGAAGACGCGATGGTGTGGAGCGAGCCGGGCAGT
TCGCCCACCGGCTTCTGGTCCGTCTTCTCGCACCGGGCGTGCGCGGCGGTCCTCGGGCCG
TCCGCGCCGTTCACCTCCGAGTACGGGATGATGATCGGCTTCGACCGTGAGCATCCTGAC
ACCTCGGGTGGCCAGATGATGGTGGTCTCCGAACAGGATCAGCACCGCAGACTGCGCAAG
CTGGTCGGCCCACTGCTTTCGCGGGCGGCCGCGCGGAAACTCGCGGAGCGGGTGCGGACC
GAGGTGCGCGGTGTGCTCGACAAGGTGCTCGACGGCGAGGTGTGCGACGTCGCCGCGGCG
ATCGGCCCGCGTATCCCCGCCGCGGTCGTCTGCGAGATCCTCGGTGTGCCGGCCGAGGAC
GAGGACATGCTCATCGACCTGACCAACCACGCGTTCGGCGGCGAGGACGAACTGTTCGAC
GGGATGACGCCGAGGCAGGCGCATACCGAGATCCTCGTCTACTTCGACGAACTGATCGCC
GCCCGCCGCGAGCGTCCCGGCGACGACCTCGTCAGCACGCTGCTGACCGACGACGAGCTC
ACGATCGACGACGTGGTGCTCAACTGCGACAACGTGCTGATCGGCGGCAACGAGACCACC
CGGCACGCGATCACCGGCGCGGTGCACGCCTTCGCCACCGTGCCGGGCCTGCTCGCGCGG
GTGCGGGACGGCGACGAAGACGTCGACACCGTGGTGGACGAGGTGCTGCGCTGGACCTCG
CCCGCGATGCACGTGCTGCGGGTGACGACCGGCGAGGTCACGATCAACGGACGGGACCTC
GCGCCCGGGACGCCGGTGGTCGCGTGGTTGCCCGCCGCGAACCGGGATCCCGCCGTGTTC
GACGATCCGGACACGTTCCGCCCCGGGCGGAAACCCAATCGGCACATCGCTTTCGGGCAC
GGGATGCACCACTGTCTCGGCTCCGCGCTCGCCCGCATCGAACTGGCGGTCGTGGTGCGG
GAACTGGCCGAACGGGTGTCGCGAGTGGAACTGGCCAAGGAACCGGCCTGGTTGCGCGCG
ATCGTCGTGCAGGGTTACCGGGAACTCCCGGTGCGGTTCACCGGGCGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[209-359] 2.5e-20 PF00067
PF00067   p450
[235-252] 6.59999852526375e-05 PR00385 [270-281] 6.59999852526375e-05 PR00385 [336-345] 6.59999852526375e-05 PR00385 [345-356] 6.59999852526375e-05 PR00385
PR00385   P450
[9-396] 1.09999184471405e-85 SSF48264
SSF48264   Cytochrome_P450
[18-396] 8.19999999999987e-96 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   Cyt_P450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[90-101] 1.99999636034521e-44 PR00359 [136-152] 1.99999636034521e-44 PR00359 [153-168] 1.99999636034521e-44 PR00359 [193-215] 1.99999636034521e-44 PR00359 [270-281] 1.99999636034521e-44 PR00359 [287-314] 1.99999636034521e-44 PR00359 [315-330] 1.99999636034521e-44 PR00359 [336-345] 1.99999636034521e-44 PR00359 [345-356] 1.99999636034521e-44 PR00359
PR00359   BP450
IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site)
[338-347] PS00086
PS00086   CYTOCHROME_P450
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Vanco_00230 Vanco_00230   Vanco_00250 Vanco_00250
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