Vanco_00260 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	55,035 / 56,111 / + [in whole cluster] 55,035 / 56,111 / + [in contig]
Location	55035..56111 [in whole cluster] 55035..56111 [in contig]
Type	CDS
Length	1,077 bp (358 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative 4-hydroxymandelate oxidase
Product (GenBank)	putative phenylglycolate oxidase
Gene
Gene (GenBank)	hmo
EC number	1.1.3.46
Keyword	Hpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4S8 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference	ACC O52792 NITE Chlor_00230 PmId [11137816] Biosynthesis of L-p-hydroxyphenylglycine, a non-proteinogenic amino acid constituent of peptide antibiotics. (Chem Biol. , 2000) [12240298] Characterisation of a hydroxymandelate oxidase involved in the biosynthesis of two unusual amino acids occurring in the vancomycin group of antibiotics. (Chem Commun (Camb). , 2001) comment BLAST id85% Amycolatopsis orientalis PCZA361.2 --- [PMID: 11137816](2000) L-p-hydroxyphenylglycine(Hpg)はvancomycinグループの抗生物質のaglyconeで構造的役割をする。L-p-hydroxyphenylglycineを生合成する経路に提唱された酵素の特徴づけを、chloroeremomycin生合成gene clusterのタンパクで確認している。 Hmo(ORF22)をmaltose binding protein (MBP)とのfusion proteinとしてクローニングし、活性測定に使用。反応産物はHPLCのretention timeの一致で判断されている。 Hmoにより、D,L-p-hydroxymandelateの半分がp-hydroxybenzoylformateへと変換された。 D- and L-mandelateを基質とすると、L-mandelateのみがbenzoylformateへと変換された。以上から拡大解釈して、Hmoの基質にL-p-hydroxymandelateを割り当てた。 p-hydroxyphenylpyruvateはHmoによって変換されず、HmaS(ORF21)とHmoの両方があるときにp-hydroxybenzoylformateまで変換された。この論文で、HmaSはp-hydroxyphenylpyruvate → p-hydroxymandelateへの変換を触媒することが確認されている。 prephenate ↓　prephenate dehydrogenase (ORF1) p-hydroxyphenylpyruvate ↓　4-hydroxymandelate synthase (ORF21, HmaS) L-p-hydroxymandelate ↓　L-p-hydroxymandelate oxidase (ORF22, Hmo) p-hydroxybenzoylformate ↓　L-p-hydroxyphenylglycine transaminase (ORF17, HpgT) L-p-hydroxyphenylglycine --- [PMID: 12240298] (2001) chloroeremomycin gene cluster由来ORF22がクローニング、発現、精製された。このタンパクは、4-hydroxymandelic acid または 3,5-dihydroxymandelic acidを基質として、対応するケト酸を産生することが確認された。この結果からORF22はhydroxymandelate oxidase (HmO)として特徴づけされ、(S)-4-hydroxyphenylglycine と (S)-3,5-dihydroxyphenylglycineの両方の形成に関与する。また、flavin-dependent enzymeであるHmOが、dehydrogenaseではなくoxidaseであることをH2O2の生成から確認している。
Related Reference	ACC R4SKI1 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id89% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1496) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1496(hmo): 4-hydroxymandelate oxidase このORFに関しては配列解析のみ。 Figure 5ではL-Hpg合成に割り当てられている。

Sequence

>putative 4-hydroxymandelate oxidase [putative phenylglycolate oxidase]
MTHLCLDDLERAARTVLPGEIWDFLAGGSGAEASLEANRAALERIFVIPRMLRDLTGATG
EAEVLGRPAAVPMAVAPVAYQRLFHPEGELAAARAARDAGVPYTICTLSSVPLEEIAAVG
GRPWFQLYWLRDEKRSLELVRRAEDAGCEAIVFTVDVPWMGRRLRDLRNGFALPDSVTAA
NFDAGDAAHRRTRGQSAVAEHTAREFAPATWESVEAVRAHTDLPVVLKGILAVEDATRAV
DAGVGGIVVSNHGGRQLDSAVPGIEMLGEIAAALSGWDGEVLLDGGIRSGGDILKALALG
ASAVLVGRPVMWGLAAGGEDGARQSLELLAVEFRNALGLAGCDSVSAARRLGTRVLSR

>putative 4-hydroxymandelate oxidase [putative phenylglycolate oxidase]
ATGACCCACCTGTGCCTGGACGACCTCGAGCGGGCGGCGCGGACCGTCCTCCCCGGCGAG
ATCTGGGACTTTCTCGCCGGGGGCAGCGGCGCGGAGGCCTCCCTGGAGGCCAACCGCGCC
GCGCTCGAGCGGATCTTCGTCATCCCCCGGATGCTGCGGGACCTGACCGGCGCCACCGGC
GAGGCCGAGGTCCTCGGACGGCCCGCCGCGGTGCCGATGGCGGTCGCTCCGGTGGCGTAC
CAGCGGTTGTTCCATCCCGAGGGCGAACTCGCGGCCGCCCGCGCGGCACGGGACGCGGGT
GTGCCGTACACGATCTGCACCCTGAGCAGTGTCCCGCTGGAGGAGATCGCGGCCGTCGGC
GGACGGCCGTGGTTCCAGCTGTACTGGCTGCGCGACGAGAAACGCTCGCTGGAACTCGTG
CGCCGCGCGGAGGACGCCGGCTGCGAGGCGATCGTGTTCACCGTCGACGTGCCGTGGATG
GGGCGGCGGCTGCGGGATCTCCGGAACGGCTTCGCGCTGCCGGATTCGGTGACCGCGGCC
AACTTCGACGCCGGGGACGCCGCGCACCGCCGGACCCGCGGGCAGTCGGCGGTGGCGGAG
CACACCGCGCGCGAATTCGCGCCCGCCACTTGGGAATCGGTGGAAGCGGTCCGGGCGCAT
ACGGACCTTCCGGTGGTGCTCAAGGGGATCCTCGCGGTCGAGGACGCGACCCGCGCCGTC
GACGCGGGTGTCGGCGGCATCGTGGTGTCCAACCACGGAGGCCGTCAGTTGGACAGTGCC
GTGCCGGGTATCGAAATGCTGGGTGAGATCGCCGCCGCCCTCTCCGGATGGGACGGCGAA
GTACTGCTGGACGGGGGAATCCGGAGCGGTGGCGACATCCTCAAGGCGCTCGCGCTGGGG
GCGTCGGCCGTCCTGGTCGGGCGGCCGGTGATGTGGGGACTGGCCGCGGGCGGCGAGGAC
GGCGCCCGGCAGTCGCTCGAGCTGCTCGCCGTCGAATTCCGGAACGCGCTGGGTCTCGCG
GGCTGTGACTCGGTGAGCGCTGCCCGGCGGCTGGGCACGAGGGTCCTCAGCCGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000262 FMN-dependent dehydrogenase (Domain) PF01070 FMN_dh IPR008259 FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site (Active_site) PS00557 FMN_HYDROXY_ACID_DH_1 IPR012133 Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent (Family) PS51349 FMN_HYDROXY_ACID_DH_2 PIRSF000138 Al-hdrx_acd_dh IPR013785 Aldolase-type TIM barrel (Domain) G3DSA:3.20.20.70 Aldolase_TIM
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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