Teicp_00050 : CDS information

Location

Organism	Actinoplanes teichomyceticus
Strain	DSM 43866 (=NBRC 13999)
Entry name	Teicoplanin
Contig	AJ632270
Start / Stop / Direction	5,612 / 6,652 / + [in whole cluster] 5,612 / 6,652 / + [in contig]
Location	5612..6652 [in whole cluster] 5612..6652 [in contig]
Type	CDS
Length	1,041 bp (346 aa)

Annotation

Category	4.4 resistance
Product	putative D-lactate dehydrogenase
Product (GenBank)	D-lactate dehydrogenase
Gene	vanH
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	ORF7
Reference	ACC Q6ZZK3 PmId [15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004) comment DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tei orf7: D-lactate dehydrogenase tei clusterにおいてteicoplanin耐性を与える遺伝子組織は、vancomycin耐性腸球菌(VRE)でグリコペプチド耐性を与えるvanHAXに似ている。orf7はD-lactate dehydrogenaseをコードするvanHに相同である。配列解析のみ。
Related Reference	ACC Q70B06 NITE Teicp2_00110 PmId [11386360] Teicoplanin biosynthesis genes in Actinoplanes teichomyceticus. (Antonie Van Leeuwenhoek. , 2000) [14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004) [15500981] Glycopeptide resistance determinants from the teicoplanin producer Actinoplanes teichomyceticus. (FEMS Microbiol Lett. , 2004) [17220405] Resistance to glycopeptide antibiotics in the teicoplanin producer is mediated by van gene homologue expression directing the synthesis of a modified cell wall peptidoglycan. (Antimicrob Agents Chemother. , 2007) comment DoBISCUIT上ではN末位置変更の結果、DSM 43866株でのtei orf7とAA配列完全一致。 --- [PMID: 11386360, 14702401] ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tcp ORF2: D-Lactate dehydrogenase 配列解析のみ。vanHAX-like glycopeptide-resistance cassette (ORF2-4)は、産生株におけるteicoplanin耐性をいくらか与えることに関与しそう。 --- [PMID: 15500981](2004) 7つのtcp genes(tcp1-7に相当)を導入されたS. coelicolorは、teicoplaninとA40926への耐性を獲得した。 --- [PMID: 17220405](2007) teicoplaninの産生株A. teichomyceticus ATCC 31121における自己耐性の包括的研究。 vanHat, vanAat, vanXat genesはユニークなpolycistronic mRNAで同時転写されることが示された。 vancomycinまたはteicoplanineを添加してもvanXat転写物量にはほとんど影響がなかったことから、恒常的な転写が示唆された。(data not shown)
	ACC O33805 NITE A4793_00310 PmId [10387095] Molecular mechanism of VanHst, an alpha-ketoacid dehydrogenase required for glycopeptide antibiotic resistance from a glycopeptide producing organism. (Biochemistry. , 1999) comment BLAST id72% Streptomyces toyocaensis NRRL 15009_DLDHStoy D-lactate dehydrogenase abstract: vancomycin耐性酵素VanHはalpha-ketoacid dehydrogenaseであり、pyruvateをdepsipeptide D-alanine-D-lactateの合成に必要なD-lactateへと立体特異的に還元する。 Streptomyces toyocaensis NRRL 15009由来 VanH homologue VanHstがE.coliで過剰発現、精製され、その基質特異性とメカニズムがsteady-state kinetic methods と site-directed mutagenesisによって探索された。 VanHstはpyruvate還元で高く効率的で、VRE由来VanHよりも制限されたalpha-ketoacid基質特異性を持つ。NADPHを好むVRE由来VanHと異なり、NADH and NADPHの間の優先度を示さない。触媒や結合に関する残基も示されている。
	ACC Q05709 PmId [1931965] ( , ) [1503450] ( , ) [9605319] ( , ) comment BLAST id62% Enterococcus faecium BM4147_vanH D-specific alpha-keto acid dehydrogenase (EC 1.1.1.-) --- [PMID: 1931965](1991) abstract VanHをD-specific alpha-keto acid dehydrogenaseとして特徴づけし、Leuconostoc mesenteroides and Lactobacillus leichmanii由来D-lactate dehydrogenasesと比較している。合成修飾されたpeptidoglycan類似体N-acetyl-D-alanyl-D-2-hydroxybutyrateのvancomycin結合定数は、N-acetyl-D-alanyl-D-alanineの結合定数より1000倍以上高い。 --- [PMID: 1503450](1992) vanHが挿入不活化された株の培地にDL-lactateを加えるとvancomycin耐性が回復した。 --- [PMID: 9605319](1998) vanHをthioredoxin fusion proteinとして発現、精製し、kinetic studies and crystallization trialsに使用。

Sequence

>putative D-lactate dehydrogenase [D-lactate dehydrogenase]
MGYSEPVRAAAPRTRSLASSSSPVVPATGITIYGCGPDEAALFRELAPRFGVLPIITEAA
VSEANVNLASGNRCISVGHKTQITNGTLLALSRSGVKYISTRSIGYNHIDVAYAQSVGIS
VGNVAYSPDSVADYTLMLMLMAVRHMKAMIRRADVHDYRLNDVRGKELRDLTVGVVGTGR
IGSAVMDRLWGFGCRVLAYDNRRSDSAHYVPLDDLVRQSDIVTLHTPLTAATHHLLNQDR
IAQMRNGAFVINTGRGSLIDTEALVAALESDKLGGAALDVLEGEEGVFYADCRNKLIESK
ALLRLQEMPNVIISPHMAYYTDHALSDTVENSLVNCMNFEREQQHG

>putative D-lactate dehydrogenase [D-lactate dehydrogenase]
ATGGGTTACAGCGAACCAGTACGAGCAGCGGCCCCCCGCACCCGATCGCTGGCCTCGTCG
TCCTCCCCGGTCGTTCCGGCAACGGGGATCACGATCTATGGATGCGGCCCGGATGAGGCC
GCCCTGTTCCGTGAGCTGGCGCCTCGCTTCGGCGTACTGCCGATCATCACGGAAGCGGCG
GTATCCGAGGCCAATGTGAATCTGGCATCCGGAAATCGATGCATCAGCGTCGGGCATAAG
ACTCAGATCACGAATGGCACGCTTCTCGCGCTGAGCCGATCCGGTGTGAAATACATCTCT
ACGCGGAGCATAGGCTACAACCACATCGATGTGGCGTATGCGCAGAGCGTGGGTATCTCC
GTCGGCAACGTCGCCTACTCGCCGGACAGCGTGGCCGATTACACGCTGATGCTGATGCTG
ATGGCCGTACGCCATATGAAAGCCATGATCCGCCGCGCGGACGTTCACGATTATCGATTG
AACGACGTGCGCGGGAAGGAACTGCGCGATCTGACCGTCGGGGTGGTCGGGACGGGGCGT
ATCGGTTCGGCCGTCATGGACCGGCTGTGGGGTTTCGGCTGCCGTGTGCTCGCCTACGAC
AATCGACGTTCGGATTCCGCTCATTATGTTCCGCTCGATGATTTGGTGCGGCAGAGCGAC
ATCGTCACACTTCACACCCCGCTCACCGCGGCCACGCACCATCTTCTCAACCAGGACCGT
ATCGCGCAGATGAGGAACGGTGCGTTCGTCATCAACACCGGGCGCGGTTCGCTTATCGAC
ACCGAGGCCCTCGTCGCAGCGCTGGAAAGCGACAAACTGGGTGGCGCGGCGCTCGATGTC
CTGGAAGGGGAGGAGGGGGTATTCTATGCCGACTGCCGTAACAAGCTCATTGAGAGCAAG
GCGCTGTTACGGCTACAGGAAATGCCCAATGTGATCATCAGCCCGCACATGGCCTACTAC
ACGGACCATGCGCTCAGCGACACTGTCGAGAACAGTCTCGTCAACTGCATGAACTTCGAG
AGGGAACAACAGCATGGGTAA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR006139 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain (Domain) PF00389 2-Hacid_dh IPR006140 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding (Domain) PS00671 D_2_HYDROXYACID_DH_3 PS00065 D_2_HYDROXYACID_DH_1 PF02826 2-Hacid_dh_C PS00670 D_2_HYDROXYACID_DH_2 IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Teicp_00040 Teicp_00060