Teicp_00080 Teicp_00080   Teicp_00100 Teicp_00100

Teicp_00090 : CDS information

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Organism
StrainDSM 43866 (=NBRC 13999)
Entry nameTeicoplanin
Contig
Start / Stop / Direction10,795 / 9,704 / - [in whole cluster]
10,795 / 9,704 / - [in contig]
Locationcomplement(9704..10795) [in whole cluster]
complement(9704..10795) [in contig]
TypeCDS
Length1,092 bp (363 aa)
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Category5.1 general function
Productputative two-component system histidine kinase
Product (GenBank)transcriptional regulator
GenevanS
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF3
Reference
ACC
PmId
[15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004)
comment
DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tei orf3: Transcriptional regulator

two-component regulatory system VanR/VanSを割り当てられたorf2 and orf3はvanHAX genesに隣接し、vancomycin耐性腸球菌(VRE)で見られる耐性遺伝子セットと似たほぼ完全なセットを形成する。
配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q6ZZJ9
NITE
Teicp2_00150
PmId
[11386360] Teicoplanin biosynthesis genes in Actinoplanes teichomyceticus. (Antonie Van Leeuwenhoek. , 2000)
[14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004)
[15500981] Glycopeptide resistance determinants from the teicoplanin producer Actinoplanes teichomyceticus. (FEMS Microbiol Lett. , 2004)
comment
DSM 43866株でのtei orf3とAA配列完全一致。
UniProt 同一entry。

---
[PMID: 11386360, 14702401]
ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tcp ORF6: Sensory kinase

ORFs 6 and 7はそれぞれ、おそらくtwo-component signal transduction systemであるresponse regulator and sensor kinaseをコードする。配列解析のみ。

---
[PMID: 15500981](2004)
7つのtcp genes(tcp1-7に相当)を導入されたS. coelicolorは、teicoplaninとA40926への耐性を獲得した。
ACC
Q9X942
PmId
[16420361] ( , )
[20383152] ( , )
[23836175] ( , )
comment
BLAST id68%
Streptomyces coelicolor_SCO3589
Putative two component sensor kinase
vanSに相当するentry.

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[PMID: 15130128](2004)
vancomycinに高い耐性のあるS. coelicolorで、vancomycin耐性cluster(vanSRJKHAX)を同定。vanR and vanSはこれらの転写誘導を媒介するtwo-componentシグナル伝達システムをコードする。

van genesは4つの転写ユニットvanRS, vanJ, vanK, vanHAXに組織化され、これら転写物はvanR依存様式でvancomycinにより誘導されることがvanR mutantを使って確認された。

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[PMID: 16420361](2006)
vancomycin耐性VanRS two-componentシグナル伝達システムについてmutantを使って調査している。

vancomycinがないと、acetyl phosphateがVanRをリン酸化し、VanSは脱リン酸化酵素として働き、リン酸化VanRのレベルを抑制する。vancomycinへの暴露でVanS活性は脱リン酸化酵素 → リン酸化酵素 へとスイッチし、リン酸化VanRによってvan genesが発現されvancomycin耐性が誘導される。

---
[PMID: 20383152](2010) abstract
vancomycinは直接的にS. coelicolor VanS (VanSsc)を結合し、この結合は耐性と相関し、vanH, vanA, vanXの発現に要求されることが実験的に示されている。

---
[PMID: 23836175](2013)
VanS sensor kinaseは、細胞壁ペプチドグリカン前駆体のD-Ala-D-Ala末端と結合したvancomycinにより活性される。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative two-component system histidine kinase [transcriptional regulator]
MDRAPGLSVRLKLTLSYAGFLMLAGASLLATVWVYLLRGLPDTAMSSRGLVPIKTIVLHA
FAPATAGVLLFLLVFGLLGGWLLAGRMLAPLTRITEATRMAANGSLSHRIELDGRKDEFR
ELADAFDIMLTRLEAHIAEHQRFAANASHELRTPLAITKTLLDVARTDPARSTHELIGRL
HTVNTRAIDLTEALLLLSRADRRSFKREYVDLSLNVEEAIETLLPLAEKHGVTIEASGDI
TPTVGSRALLLQMTINLLHNAIVHNVAEERIVWVTTSVHPKSVTLTVENTGEQLSAQLVS
TLTEPFQRGTERIHHDHAGVGLGLAIVKSIAHAHDGTLTTAPRAGGGLHVTVQLPAATTP
PRN
selected fasta
>putative two-component system histidine kinase [transcriptional regulator]
GTGGACCGAGCCCCCGGCTTGAGCGTGCGCCTCAAACTCACGTTGAGCTACGCCGGCTTC
CTCATGCTCGCCGGCGCCTCGTTGCTCGCCACCGTGTGGGTGTACCTCCTGCGCGGCCTA
CCGGACACCGCGATGAGCAGTCGTGGTCTCGTGCCCATCAAGACCATCGTCTTGCACGCC
TTCGCCCCGGCGACGGCCGGAGTCCTGCTGTTCCTACTGGTGTTCGGCCTGCTCGGCGGG
TGGCTTCTGGCCGGTCGGATGCTCGCTCCTCTGACCCGCATCACAGAGGCCACCCGCATG
GCCGCGAACGGTTCGCTCTCGCACCGCATCGAGTTGGATGGCCGCAAGGATGAGTTCCGC
GAGCTCGCCGACGCCTTCGACATCATGCTGACGCGACTCGAAGCACACATCGCCGAGCAC
CAGAGATTCGCAGCCAACGCCTCTCACGAGCTGCGTACGCCGCTGGCGATCACGAAAACG
CTTCTCGACGTCGCCCGCACCGACCCGGCACGAAGCACCCACGAGCTCATCGGTCGCCTT
CACACCGTCAACACCCGGGCAATCGACCTCACCGAGGCACTGCTTCTGCTGAGCCGCGCC
GACCGGCGATCGTTCAAGCGCGAGTATGTCGACCTGTCGCTGAACGTCGAAGAAGCCATC
GAGACGCTCCTACCGCTGGCGGAGAAGCACGGCGTCACCATCGAAGCCTCCGGCGACATC
ACCCCGACCGTCGGCTCACGTGCCCTGCTGTTACAAATGACGATCAACCTCTTGCACAAC
GCGATCGTGCATAACGTGGCGGAAGAGCGCATCGTGTGGGTCACGACCAGCGTCCATCCC
AAGAGTGTGACCCTCACCGTGGAAAACACCGGCGAGCAGCTCTCCGCACAGCTGGTCTCG
ACACTCACCGAACCGTTCCAGCGCGGCACCGAGCGCATACACCACGATCATGCAGGTGTC
GGCCTCGGCCTGGCGATCGTCAAGAGCATCGCCCACGCGCACGACGGAACACTCACCACC
GCCCCGCGCGCTGGAGGCGGCCTGCACGTCACGGTGCAGCTGCCAGCCGCGACAACGCCT
CCGAGAAACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003594 ATPase-like, ATP-binding domain (Domain)
[204-360] 7.20000000000003e-29 G3DSA:3.30.565.10
G3DSA:3.30.565.10   ATP_bd_ATPase
[249-356] 2.7e-17 PF02518
PF02518   HATPase_c
[204-359] 9.00000407957278e-33 SSF55874
SSF55874   ATP_bd_ATPase
[245-358] 3.60000433965927e-22 SM00387
SM00387   HATPase_c
IPR003660 HAMP linker domain (Domain)
[85-138] PS50885
PS50885   HAMP
[85-138] 6.899999633797e-15 SM00304
SM00304   HAMP
[67-134] 1.4e-17 PF00672
PF00672   HAMP
IPR003661 Signal transduction histidine kinase, subgroup 1, dimerisation/phosphoacceptor domain (Domain)
[139-203] 1.19999985703101e-08 SM00388
SM00388   HisKA
[141-202] 3.8e-07 PF00512
PF00512   HisKA
IPR004358 Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal (Domain)
[283-297] 1e-07 PR00344 [318-336] 1e-07 PR00344 [342-355] 1e-07 PR00344
PR00344   BCTRLSENSOR
IPR005467 Signal transduction histidine kinase, core (Domain)
[146-358] PS50109
PS50109   HIS_KIN
IPR009082 Signal transduction histidine kinase, homodimeric (Domain)
[121-205] 2.19999900980708e-13 SSF47384
SSF47384   His_kin_homodim
SignalP No significant hit
TMHMM
[15-37] Transmembrane (o-i) [57-79] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 2   
Teicp_00080 Teicp_00080   Teicp_00100 Teicp_00100
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