Teicp_00100 : CDS information

Location

Organism	Actinoplanes teichomyceticus
Strain	DSM 43866 (=NBRC 13999)
Entry name	Teicoplanin
Contig	AJ632270
Start / Stop / Direction	11,483 / 10,803 / - [in whole cluster] 11,483 / 10,803 / - [in contig]
Location	complement(10803..11483) [in whole cluster] complement(10803..11483) [in contig]
Type	CDS
Length	681 bp (226 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative two-component system response regulator
Product (GenBank)	two component response regulator
Gene	vanR
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	ORF2
Reference	ACC Q6ZZJ8 PmId [15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004) comment DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tei orf2: Two component response regulator two-component regulatory system VanR/VanSを割り当てられたorf2 and orf3はvanHAX genesに隣接し、vancomycin耐性腸球菌(VRE)で見られる耐性遺伝子セットと似たほぼ完全なセットを形成する。配列解析のみ。
Related Reference	ACC Q6ZZJ8 NITE Teicp2_00160 PmId [11386360] Teicoplanin biosynthesis genes in Actinoplanes teichomyceticus. (Antonie Van Leeuwenhoek. , 2000) [14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004) [15500981] Glycopeptide resistance determinants from the teicoplanin producer Actinoplanes teichomyceticus. (FEMS Microbiol Lett. , 2004) comment DSM 43866株でのtei orf2とAA配列完全一致。 UniProt 同一entry。 --- [PMID: 11386360, 14702401] ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tcp ORF7: Response regulator ORFs 6 and 7はそれぞれ、おそらくtwo-component signal transduction systemであるresponse regulator and sensor kinaseをコードする。配列解析のみ。 --- [PMID: 15500981](2004) 7つのtcp genes(tcp1-7に相当)を導入されたS. coelicolorは、teicoplaninとA40926への耐性を獲得した。
	ACC Q8CJW1 PmId [15130128] ( , ) [16420361] ( , ) comment BLAST id91% Streptomyces coelicolor_SCO3590 Putative two-component system response regulator vanRに相当するentry. --- [PMID: 15130128](2004) vancomycinに高い耐性のあるS. coelicolorで、vancomycin耐性cluster(vanSRJKHAX)を同定。vanR and vanSはこれらの転写誘導を媒介するtwo-componentシグナル伝達システムをコードする。 van genesは4つの転写ユニットvanRS, vanJ, vanK, vanHAXに組織化され、これら転写物はvanR依存様式でvancomycinにより誘導されることがvanR mutantを使って確認された。 --- [PMID: 16420361](2006) vancomycin耐性VanRS two-componentシグナル伝達システムについてmutantを使って調査している。 vancomycinがないと、acetyl phosphateがVanRをリン酸化し、VanSは脱リン酸化酵素として働き、リン酸化VanRのレベルを抑制する。vancomycinへの暴露でVanS活性は脱リン酸化酵素 → リン酸化酵素へとスイッチし、リン酸化VanRによってvan genesが発現されvancomycin耐性が誘導される。
	ACC Q799B5 NITE Balhi_00020 PmId [21690280] Self-resistance and cell wall composition in the glycopeptide producer Amycolatopsis balhimycina. (Antimicrob Agents Chemother. , 2011) comment BLAST id86% Amycolatopsis balhimycina_vanR Putative two-component system response regulator vancomycin様グリコペプチドであるbalhimycinの生合成gene clusterにあるaccessory resistance gene orthologs vanY, vnlR(vanR), vnlS(vanS)の役割を調査している論文。 balhimycin産生A. balhimycinaでは、耐性を媒介するvanHAX genesはbalhimycin生合成clusterから2Mb離れた染色体上にある。vanHAXはbalhimycin産生開始前から恒常的に発現されていることがRT-PCR実験で確認された。 in-frame vnlR deletion mutantは、balhimycinの存在下で普通に生育することができ、wild株に匹敵するレベルのbalhimycinを産生した。よってvnlRはグリコペプチド耐性の発現に必要ではない。また、このmutantでのvanHAX と vanYの発現レベルはwild株と同じだった。よって、vnlRはA. balhimycinaにおいてvanHAX と vanYを調節しない。

Sequence

>putative two-component system response regulator [two component response regulator]
MRVLIVEDEPYMAEAIRDGLRLEAIAADIAGDGDTALEMLSVNAYDIVILDRDIPGTSGD
QIAERIVASRSGMPILMLTAADRLDDKASGFELGADDYLTKPFELRELVLRLRALDRRRA
YSRPPVREIAGLRLDPFRREVYRDDRYVALTRKQFAVLAVLVAAEGGVVSAEELLERAWD
ENADPFTNAVRITVSALRKRLGEPQIIATVPGVGYRITTQPGSGRA

>putative two-component system response regulator [two component response regulator]
ATGCGCGTATTGATCGTCGAGGACGAACCCTACATGGCGGAGGCTATCCGGGATGGCCTC
CGTTTGGAAGCGATCGCGGCAGACATCGCCGGTGACGGTGACACCGCTCTGGAAATGCTG
AGCGTGAACGCCTACGACATCGTCATCCTCGACCGCGACATCCCCGGCACCTCGGGTGAT
CAGATCGCCGAACGCATCGTCGCCTCCCGGAGCGGTATGCCCATCCTCATGCTCACCGCT
GCCGATCGGCTCGACGACAAAGCATCCGGGTTCGAGCTCGGCGCCGACGACTACCTCACC
AAGCCGTTCGAACTGCGGGAGCTCGTGCTCAGGCTCAGGGCACTCGACCGCAGGCGCGCC
TACAGCAGGCCACCTGTACGGGAGATCGCGGGCCTGCGACTGGACCCGTTCCGCCGCGAG
GTCTACCGCGACGACCGCTACGTCGCGCTGACCCGGAAGCAGTTCGCCGTGCTCGCCGTC
CTCGTAGCCGCCGAAGGCGGCGTCGTCAGCGCCGAGGAACTGCTGGAACGGGCTTGGGAC
GAGAACGCGGACCCGTTCACCAACGCCGTCCGCATCACCGTTTCGGCCCTGCGCAAACGG
CTCGGCGAGCCCCAGATCATCGCCACCGTGCCCGGCGTCGGGTATCGCATAACCACGCAA
CCAGGCAGCGGGCGTGCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001789 Signal transduction response regulator, receiver domain (Domain) SM00448 REC PS50110 RESPONSE_REGULATORY PF00072 Response_reg IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain) PF00486 Trans_reg_C SM00862 Trans_reg_C IPR011006 CheY-like superfamily (Domain) SSF52172 CheY_like IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Teicp_00090 Teicp_00110