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Teicp_00350 : CDS information

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Organism
StrainDSM 43866 (=NBRC 13999)
Entry nameTeicoplanin
Contig
Start / Stop / Direction69,548 / 70,354 / + [in whole cluster]
69,548 / 70,354 / + [in contig]
Location69548..70354 [in whole cluster]
69548..70354 [in contig]
TypeCDS
Length807 bp (268 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative enoyl-CoA hydratase
Product (GenBank)DpgD protein
GenedpgD
Gene (GenBank)
EC number4.2.1.-
Keyword
  • Dpg
Note
Note (GenBank)
  • ORF20*
Reference
ACC
PmId
[15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004)
comment
DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tei orf20*: DpgD

配列解析のみ。DpgA-DとHpgTは3,5-dihydroxyphenylglycine (Dpg)の合成に関与する。
Related Reference
ACC
Q6ZZH3
NITE
Teicp2_00420
PmId
[14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004)
comment
DSM 43866株でのtei orf20*とAA配列完全一致。
UniProt同一entry.

---
ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tcp ORF33: DpgD

配列解析のみ。ORFs 30-33はDpgA-Dをコードし、dihydroxyphenylglycine (DPG) 合成に要求される。
ACC
O52797
NITE
Chlor_00310
PmId
[11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001)
comment
BLAST id74%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.9

ORF30, dpgDに相当するentry.

---
chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。

DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。DpgB単独ではmalonyl-CoAを基質として活性を持たない。DpgA/DpgBによるmalonyl-CoA利用のkcat and Km値測定あり。

DpgBの代わりにDpgDを加えてもDpgA活性に影響はなかったが、DpgA/DpgBにDpgDを加えるとさらに2倍の増加が見られた。

DpgB and DpgDは、β-hydroxy acyl-CoA基質→α,β-enoyl-CoAsへの可逆的dehydrationを触媒するcrotonase superfamilyのメンバーに似ていることから、いくつかのenoyl-CoA and β-hydroxy acyl-CoA基質でテストされた。crotonyl- and β-methylcrotonyl-CoAでのhydratase活性が検出されたが、kcat値が低かったのでこれらは生理学的基質ではない。Dpg生合成では逆反応のdehydratasesとして働き、DPA-SR(R = DpgA or CoA)へのaromatizationを促進するのかもしれない。

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selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [DpgD protein]
MSSVTAARVRYHRTGHVARVTLDRPDVLNAMDLRMHEELARIWDDIEADDRIRVVVLTGA
GDRAFSVGQDLKERARRDAAGTPGSSFGSRGQPGWPRLTERFGFSKPVVARVDGYALGGG
FELALACDLIIASDRSVFGLPEVRLGLVPGAGGVFRLVRQLPQKTAMGYLLTGRRFDAAT
ALRFGLVNEVVPAQRLDACVDGWVDDLVTSAPLSVRAIKEAALRSVDLPLPDAFTATYRW
EQRRRASADAVEGPRAFAERRAPRWSGT
selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [DpgD protein]
GTGTCCAGCGTGACCGCGGCCCGGGTGCGGTACCACAGGACCGGCCACGTCGCCCGGGTC
ACGCTCGACCGTCCCGACGTGCTCAACGCCATGGATCTGCGGATGCACGAGGAACTGGCG
CGGATCTGGGACGACATCGAGGCCGACGACCGGATCCGGGTCGTGGTGCTGACCGGCGCC
GGGGACCGCGCGTTCTCGGTGGGCCAGGACCTCAAGGAGCGTGCCCGCCGCGACGCGGCG
GGCACCCCGGGGTCCAGTTTCGGCAGCCGCGGCCAGCCCGGCTGGCCGCGGCTCACCGAG
CGGTTCGGGTTCAGCAAGCCGGTGGTCGCGCGCGTCGACGGGTACGCCCTCGGCGGCGGC
TTCGAGCTCGCGCTGGCCTGCGATCTGATCATCGCATCGGACCGCTCGGTGTTCGGGCTG
CCGGAGGTGCGGCTCGGGCTCGTGCCGGGGGCCGGCGGCGTGTTCCGGCTGGTCCGGCAG
CTGCCGCAGAAGACGGCGATGGGCTACCTGCTGACCGGCCGTCGCTTCGACGCGGCGACC
GCGCTCCGGTTCGGGCTGGTCAACGAGGTGGTGCCGGCGCAGCGGTTGGACGCTTGCGTG
GACGGCTGGGTCGATGATCTCGTCACAAGCGCGCCACTGTCGGTCCGGGCGATCAAGGAA
GCCGCGCTGCGCTCGGTCGACCTGCCGCTGCCGGACGCCTTCACCGCCACGTACCGCTGG
GAGCAGCGGCGCCGCGCCAGCGCGGACGCCGTCGAGGGGCCCCGGGCGTTCGCCGAGCGC
CGGGCGCCGCGCTGGTCCGGCACCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[11-259] 6.6999999999999e-58 PF00378
PF00378   ECH
IPR018376 Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site (Conserved_site)
[109-129] PS00166
PS00166   ENOYL_COA_HYDRATASE
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Teicp_00340 Teicp_00340   Teicp_00360 Teicp_00360
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