Teicp_00340 : CDS information

Location

Organism	Actinoplanes teichomyceticus
Strain	DSM 43866 (=NBRC 13999)
Entry name	Teicoplanin
Contig	AJ632270
Start / Stop / Direction	68,218 / 69,519 / + [in whole cluster] 68,218 / 69,519 / + [in contig]
Location	68218..69519 [in whole cluster] 68218..69519 [in contig]
Type	CDS
Length	1,302 bp (433 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase
Product (GenBank)	DpgC protein
Gene	dpgC
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	Dpg
Note
Note (GenBank)	ORF19*
Reference	ACC Q6ZZH4 PmId [15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004) comment DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tei orf19*: DpgC 配列解析のみ。DpgA-DとHpgTは3,5-dihydroxyphenylglycine (Dpg)の合成に関与する。
Related Reference	ACC Q6ZZH4 NITE Teicp2_00410 PmId [14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004) comment DSM 43866株でのtei orf19*とAA配列完全一致。 UniProt同一entry. --- ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tcp ORF32: DpgC 配列解析のみ。ORFs 30-33はDpgA-Dをコードし、dihydroxyphenylglycine (DPG) 合成に要求される。
	ACC Q8KLK7 NITE A4793_00200 PmId [17507985] Structural basis for cofactor-independent dioxygenation in vancomycin biosynthesis. (Nature. , 2007) [18703850] Not so clear on oxygen. Comment on Structural basis for cofactor-independent dioxygenation in vancomycin biosynthesis by Widboom et al. (2007), Nature (London), 447, 342-345. (Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. , 2008) [18004875] Substrate recognition and catalysis by the cofactor-independent dioxygenase DpgC. (Biochemistry. , 2007) comment BLAST id70% Streptomyces toyocaensis_BU52_01220 DpgC(Enoyl-CoA hydratase) --- [PMID: 17507985](2007) DpgCの結晶構造解析。疎水性ポケットの性質を理解するため、site-directed mutagenesisを用いて4つの疎水性残基を変異させ、活性への影響があることを確認している。 --- [PMID: 18703850](2008) PMID: 17507985の論文に問題があると指摘している。 --- [PMID: 18004875](2007) 結晶構造解析論文。 DpgCはnonproteinogenic amino acid 3,5-dihydroxyphenylglycineの生合成経路に関与する遺伝子。活性化のためのaccessory cofactorsに依存しないoxygenasesに属する酵素。基質認識と触媒に関与する残基はArg254, Glu299, Glu189。このORFでも全て保存されている。 cofactor-independent dioxygenase DpgCの基質認識と特異性を示した初めての論文だとしている。
	ACC O52812 NITE Chlor_00300 PmId [11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001) [15380180] DpgC is a metal- and cofactor-free 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase in the vancomycin biosynthetic pathway. (Chem Biol. , 2004) comment BLAST id64% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.8 ORF29, dpgCに相当するentry. --- [PMID: 11752437](2001) chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。 DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生することがHPLC解析で確認された。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。 DpgA/DpgBの反応にDpgCを追加したときと、合成DPA-CoAとDpgCを反応させたときに、3,5-dihydroxyphenylglyoxylateの産生とCoASHの放出が見られた。よってDpgCは、DPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylateへの変換をする。 DpgCは嫌気下で活性を示さなかったのでoxygenaseであると示唆されたが、有機cofactorや金属イオンとの結合は見られなかった。 --- [PMID: 15380180](2004) DpgCによるDPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate (DPGx)への変換メカニズムをさらに調べている。DpgCは酸素移動過程によりthioester切断を媒介する1,2-dioxygenaseであることを確立している。

Sequence

>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [DpgC protein]
MTVTAVPRDLGADRKRLAEAAARADRLIAALPPPSRRTAQQRAEAAAAHDAARRLRAGFL
NAYADRVYDELTEDRTRFLRIDELAEAAAYAFPGLAPTAQQLARERSRPQADQEGLEIDQ
GILLRAVLRSPRSGRHLMEAMLRPTPRALRLLAEFRRTGVLQTEAVRLERHEQVAELTLC
RDDCLNAEDEQQVDDMETAVDLALLDPAVRIGLVRGGVMSHPRYRGRRVFSAGINLKAIS
AGRISLTGFLLRRELGYLHKLVRGLSDDDPQRWTPPVEKPWVAAVDTFAIGGGCQLLLVF
DHVLAASDAYLSLPAAREGIVPGAGNLRLGRIAGARLSRQVILAGRRIAAAEPDARLLVD
EVVPPEEMDEAVRRCLARLSGDAVVANRRMINVAEEPLDALRVYLAEFALEQALRIHAGD
VIDKVGRFAERSA

>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [DpgC protein]
ATGACGGTGACCGCCGTGCCGCGCGACCTCGGCGCCGACCGCAAGCGCCTGGCCGAGGCC
GCGGCCCGCGCCGACCGGCTGATCGCGGCGCTGCCCCCGCCCAGCCGGCGGACGGCGCAG
CAGCGGGCCGAGGCGGCGGCCGCCCACGACGCGGCGCGCCGCCTGCGGGCCGGGTTCCTG
AACGCGTACGCCGACCGCGTCTACGACGAGCTCACCGAGGACCGCACCCGGTTCCTGCGC
ATCGACGAGCTGGCCGAGGCCGCGGCGTACGCGTTCCCGGGCCTGGCGCCCACCGCGCAG
CAGCTGGCCCGGGAACGCTCCCGCCCCCAGGCCGACCAGGAGGGGCTGGAGATCGACCAG
GGCATCCTGCTGCGGGCGGTGCTGCGGTCGCCGCGCTCGGGCCGGCACCTGATGGAGGCG
ATGCTGCGCCCCACCCCGCGGGCGTTGCGGCTGCTCGCGGAGTTCCGGCGCACCGGCGTG
CTGCAGACCGAGGCGGTCCGGCTGGAGCGGCACGAGCAGGTGGCCGAGCTCACCCTGTGC
CGCGACGACTGTCTCAACGCCGAGGACGAGCAGCAGGTCGACGACATGGAGACCGCCGTG
GACCTGGCCCTGCTCGACCCGGCCGTACGGATCGGCCTGGTCCGCGGCGGCGTGATGAGC
CACCCGCGGTACCGGGGCCGCCGGGTGTTCAGCGCCGGGATCAACCTCAAGGCGATCAGC
GCCGGCCGGATCTCGCTGACCGGCTTCCTGCTCCGCCGCGAACTGGGCTACCTGCACAAA
CTGGTGCGCGGGTTGTCCGACGACGACCCGCAGCGGTGGACGCCGCCGGTGGAGAAGCCG
TGGGTGGCCGCTGTCGACACGTTCGCCATCGGTGGCGGCTGCCAGCTGCTGCTGGTCTTC
GACCACGTGCTGGCCGCCTCGGACGCGTACCTGAGCCTGCCGGCGGCCCGGGAGGGGATC
GTCCCGGGCGCCGGCAACCTGCGTCTGGGCCGGATCGCCGGGGCCCGGCTGTCGCGCCAG
GTCATCCTGGCCGGCCGCCGGATCGCCGCCGCCGAGCCGGATGCGCGCCTGCTGGTGGAC
GAGGTGGTGCCGCCGGAGGAGATGGACGAGGCGGTGCGGCGCTGCCTGGCCCGGCTGTCC
GGCGACGCCGTGGTGGCCAACCGGCGGATGATCAACGTGGCCGAGGAGCCGCTCGACGCG
CTGCGCGTGTACCTGGCCGAGTTCGCGCTCGAACAGGCGCTGCGCATCCACGCCGGCGAC
GTGATCGACAAGGTGGGCCGGTTCGCGGAGCGGTCGGCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001753 Crotonase, core (Domain) PF00378 ECH
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Teicp_00330 Teicp_00350