A4793_00020 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces toyocaensis
Strain	NRRL 15009
Entry name	A47934
Contig	U82965
Start / Stop / Direction	4,071 / 2,485 / - [in whole cluster] 4,071 / 2,485 / - [in contig]
Location	complement(2485..4071) [in whole cluster] complement(2485..4071) [in contig]
Type	CDS
Length	1,587 bp (528 aa)

Annotation

Category	3.1 modification hydroxylation
Product	putative hydroxylase
Product (GenBank)	StaM
Gene	staM ORF33
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	Bht
Note
Note (GenBank)	putative nonheme iron dioxygenase
Reference	ACC Q8KLM4 PmId [12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002) comment Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。 34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。 StaM: Putative nonheme iron dioxygenase position 6でのTyr残基をhydroxylateしてbeta-hydroxytyrosine (Bht)にする可能性をもつ2つの遺伝子のひとつ。骨格にBhtを2分子取り込むvancomycin class glycopeptidesの生合成clustersに存在するBht生合成遺伝子セットは、A47934 clusterには存在していない。配列解析のみ。
Related Reference	ACC Q7WZ63 NITE A4092_00340 PmId [16499611] A derivative of the glycopeptide A40926 produced by inactivation of the beta-hydroxylase gene in Nonomuraea sp. ATCC39727. (FEMS Microbiol Lett. , 2006) comment BLAST id82% Nonomuraea sp. ATCC 39727_dbv28 Putative beta-hydroxylase ORF28はputative hydroxylaseをコードする。ORF28のmutantはtyrosine部分でbeta-OH基を欠いているA40926のdesoxyderivativeを産生したので、ORF28がBht残基の形成に実際に関与することが実証された。また、このmutantに遊離Bhtを与えてもA40926産生は回復しないため、NRPS module 6の基質がBhtではなく遊離Tyrである可能性が示唆されるが、chlorinated Bhtである可能性も除外はできていない。

Sequence

>putative hydroxylase [StaM]
MTEEQLFLRSDTIIEPLVDRFYAQLYTTAPVSGTMNLAFRQIPMLESYLQTPDYHFSGSR
DPKFRGGFFVGIEEKRKGEVEALLAAIRRDRADMIRFAEAIAEAEKIVREEATGYDLRSL
YPKLPSELAGLVEVTYDTGNQASLHFLEPLAYQSKAYTEDRQSVQLSLETGIERPFVMST
PRLPSSDVLELDIPFRHPGIEELFLSRIRPTTVAALREALELGDAEAAQLSRLLVAEPGL
AADRHVTAGTRIRYWGHACLLLQTPEVSILTDPFISADTSATDRYTYDDLPDHIDYVVIT
HGHSDHLVAETLLQLRGRVGTFVVPRTSRGNLCDPSLALFLKCLGLPVIEVDDFDEVPFP
GGKIVATPFFGEHADLDIRAKSTYWISIGGKSVYVGADSSGIDPVLYRYVRRHLGRVDIA
FLGMECDGAPMNWKYQPMLTQPIPKKMSDTRKLSGSNAEQASAIVTELGAEEVYIYAMGE
ESWLGHVMATSYNEDSYQLQQIAEFEEWCTRQGVKAGHLLNRAEWHWA

>putative hydroxylase [StaM]
GTGACAGAGGAACAACTCTTTCTCCGGTCCGACACCATCATCGAGCCATTGGTCGACCGG
TTCTACGCCCAGCTGTACACGACGGCTCCAGTGAGCGGCACCATGAACCTGGCCTTCCGG
CAGATCCCGATGCTGGAGTCCTACCTGCAGACCCCGGACTACCACTTCTCGGGTAGTCGC
GATCCGAAGTTCCGCGGCGGATTCTTCGTCGGTATCGAGGAGAAGCGGAAGGGCGAGGTC
GAGGCGCTGCTTGCGGCCATCCGGCGCGACCGTGCGGACATGATCCGGTTCGCCGAGGCG
ATCGCTGAGGCCGAGAAGATCGTTCGGGAGGAGGCGACCGGCTACGACCTCAGGTCGCTC
TACCCGAAGCTGCCCTCCGAACTGGCCGGCCTGGTGGAAGTCACCTATGACACCGGCAAC
CAGGCCTCGCTGCACTTCCTGGAGCCGCTCGCCTACCAGAGCAAGGCCTACACCGAGGAC
CGCCAGTCGGTACAGCTCTCGCTGGAGACGGGCATCGAGCGGCCGTTCGTGATGAGCACC
CCACGGCTGCCCTCTTCCGACGTGCTGGAGCTGGACATCCCCTTCCGGCACCCCGGCATC
GAGGAGCTGTTCCTCTCCCGGATCCGGCCCACCACCGTGGCCGCGCTCCGCGAGGCGCTG
GAGCTAGGCGACGCGGAAGCCGCCCAGCTGTCCCGCCTGCTGGTCGCGGAGCCGGGGCTG
GCCGCCGACCGCCACGTCACGGCCGGAACCAGGATCCGTTACTGGGGGCATGCCTGCCTC
CTCCTGCAGACGCCCGAGGTGTCGATCCTCACGGACCCGTTCATCAGCGCCGACACCAGC
GCGACCGACCGGTACACCTATGACGACCTGCCCGACCACATCGACTACGTCGTCATCACA
CACGGGCATTCCGACCACCTCGTGGCCGAAACCCTGCTCCAGCTGCGTGGCCGGGTCGGC
ACATTCGTCGTGCCGAGGACATCGCGCGGCAATCTGTGCGACCCCTCGCTGGCGCTCTTC
CTGAAATGCCTCGGGCTCCCCGTCATCGAGGTGGACGACTTCGACGAGGTGCCCTTCCCC
GGCGGGAAGATCGTCGCCACTCCCTTCTTCGGGGAGCACGCCGATCTCGACATTCGCGCC
AAGTCGACCTACTGGATCAGTATCGGGGGGAAGTCCGTCTACGTGGGAGCGGACTCCTCC
GGCATCGATCCGGTCCTCTACCGCTATGTCCGTCGGCATCTCGGACGGGTCGACATCGCA
TTTCTCGGCATGGAGTGCGACGGCGCGCCGATGAACTGGAAGTACCAGCCCATGCTCACC
CAGCCGATCCCGAAGAAGATGAGTGACACCCGCAAACTGTCCGGTTCCAACGCGGAGCAG
GCGAGCGCGATCGTCACCGAGCTGGGGGCGGAAGAGGTGTACATCTACGCCATGGGTGAG
GAGAGTTGGCTCGGCCACGTCATGGCCACCAGTTACAACGAGGACTCCTACCAGCTTCAG
CAGATCGCCGAGTTCGAGGAATGGTGCACGCGCCAGGGAGTCAAGGCCGGCCATCTGCTC
AACCGGGCCGAATGGCACTGGGCATAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001279 Beta-lactamase-like (Domain) PF00753 Lactamase_B SM00849 Lactamase_B IPR019204 Domain of unknown function DUF2070, membrane (Domain) PF09843 DUF2070
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4793_00010 A4793_00030