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A4793_00270 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction59,689 / 58,703 / - [in whole cluster]
59,689 / 58,703 / - [in contig]
Locationcomplement(58703..59689) [in whole cluster]
complement(58703..59689) [in contig]
TypeCDS
Length987 bp (328 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)StaQ
GenestaQ
ORF7
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
  • transcriptional regulator
Reference
ACC
PmId
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

StaQ: Transcriptional regulator

配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q7WZ87
NITE
A4092_00100
PmId
[17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007)
[25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015)
comment
BLAST id57%
Nonomuraea sp. ATCC 39727_dbv4
Putative regulator StrR family

---
[PMID: 17873036](2007)
dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。

dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。

Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。

よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。

---
[PMID: 25986904](2015)
dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。
これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。

dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。

dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
ACC
Q6ZZH8
NITE
Teicp2_00370
PmId
[22806031] Manipulating the regulatory genes for teicoplanin production in Actinoplanes teichomyceticus. (World J Microbiol Biotechnol. , 2012)
[24161919] Evaluation of heterologous promoters for genetic analysis of Actinoplanes teichomyceticus--Producer of teicoplanin, drug of last defense. (J Biotechnol. , 2013)
[25104028] The pathway-specific regulatory genes, tei15* and tei16*, are the master switches of teicoplanin production in Actinoplanes teichomyceticus. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2014)
comment
BLAST id56%
Actinoplanes teichomyceticus_tcp28
Transcriptional regulator(Transcriptional regulator, StrR family)

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[PMID: 22806031](2012)
regulatory genes tcp28 and tcp29の過剰発現は、teicoplanin産生を増やす。

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[PMID: 24161919](2013)
PMID: 22806031と同じグループの報告。
wild株として使用されているのはNRRL B-16726。

A. teichomyceticusにおけるreporter geneとpromoterの検討に、StrR-like regulatory gene tcp28を使用している。

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[PMID: 25104028](2014)
PMID: 22806031と同じグループの報告。
NRRL-B16726(ATCC 31121)株を使用。

tei15*(tcp28) または tei16*(tcp29)の不活化株は、どちらもteicoplaninとその中間体の産生が完全になくなる。よってtei15* and tei16*はteicoplanin産生の開始に必須である。

Tei15*は、teiA, tei2*, tei16*, tei17*, tei27*, tei31* のpromoter領域に結合するが、tei14* と tei15* のpromoter領域ではしなかった。Tei16*でも同様に調査されたが、結合は見られなかった。

異種性promoter aac(3)IVの調節下にtei15* or tei16*があるベクターを用いることでteicoplaninは過剰産生される。

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selected fasta
>putative transcriptional regulator [StaQ]
MQREQEQIDRQTCVEVEISLLSTVDSPRTSGEDPDHVEALSVAQSPLPPILVHRPTMRVI
DGLHRVRAAELRGQDKIAVSFFEGSEADAFVLAVESNTMHGLPLSKADRKRAAARIVTSH
PQWSDRMVASVAGIAPGTVADIRRGLPGASAAEESRIGQDGRVRPINAAAGRRNAAKIIA
GNPGLSLRQIARMAGISPETARDVRSRLRRGEDPLPGRQSRTSADPGAKLPAPQRSAGDA
AVHGRPSGQDHSVVVERLKADPALRLSETGRTLLRLLNLHTIDATEWQRIIDNVPPHCSG
IVARLADEYAVMWSELALRLGGRVTETA
selected fasta
>putative transcriptional regulator [StaQ]
TTGCAGCGAGAGCAGGAACAGATCGATCGGCAGACCTGCGTCGAAGTGGAGATCAGCTTA
CTGTCAACAGTCGACTCACCGCGGACCTCGGGGGAGGATCCGGACCACGTGGAGGCGCTG
TCCGTCGCGCAGTCCCCGCTTCCTCCCATCCTCGTCCACCGTCCGACGATGCGCGTCATC
GATGGTCTCCATCGTGTGCGTGCGGCTGAACTGCGCGGCCAGGACAAGATCGCCGTCAGC
TTCTTCGAGGGCAGCGAGGCCGACGCGTTCGTGCTGGCGGTCGAGTCCAACACCATGCAC
GGACTCCCCTTGTCGAAGGCCGACCGCAAGCGGGCGGCGGCGCGGATCGTCACCTCGCAT
CCGCAGTGGTCGGACCGGATGGTCGCATCGGTCGCCGGTATTGCCCCCGGCACGGTGGCC
GACATACGCAGAGGGCTCCCGGGTGCGTCGGCCGCCGAGGAGAGCAGAATCGGCCAGGAC
GGCCGGGTCCGCCCGATCAACGCCGCCGCGGGACGCAGGAACGCGGCGAAGATCATCGCC
GGGAACCCCGGTCTCTCCTTACGCCAGATCGCCCGGATGGCCGGCATATCCCCCGAGACG
GCCCGCGATGTGAGAAGCCGGCTCCGCCGAGGAGAGGATCCGCTGCCCGGCCGGCAGAGC
AGGACATCGGCGGACCCCGGCGCGAAGCTCCCGGCGCCGCAGCGCTCTGCCGGCGACGCG
GCGGTGCACGGCAGGCCGTCGGGGCAGGATCACAGCGTCGTGGTGGAAAGGCTCAAGGCG
GATCCGGCCCTGCGGCTGAGCGAGACCGGACGCACACTGCTGCGGCTGCTCAACCTCCAC
ACGATCGATGCGACGGAGTGGCAGAGGATCATCGACAACGTACCGCCCCACTGCAGCGGC
ATCGTGGCACGTCTGGCCGACGAGTACGCGGTGATGTGGTCGGAGCTGGCCCTTCGGCTG
GGTGGCAGGGTCACCGAAACCGCATAG

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003115 ParB-like nuclease (Domain)
[14-98] 2.7e-08 SM00470
SM00470   ParB-like nuclease domain
[14-97] 2.4e-08 PF02195
PF02195   ParBc
[13-100] 5.7e-09 SSF110849
SSF110849   ParB/Sulfiredoxin
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
A4793_00260 A4793_00260   A4793_00280 A4793_00280
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