A4793_00280 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces toyocaensis
Strain	NRRL 15009
Entry name	A47934
Contig	U82965
Start / Stop / Direction	61,050 / 62,138 / + [in whole cluster] 61,050 / 62,138 / + [in contig]
Location	61050..62138 [in whole cluster] 61050..62138 [in contig]
Type	CDS
Length	1,089 bp (362 aa)

Annotation

Category	4.4 resistance
Product	teicoplanin resistance protein
Product (GenBank)	StaP
Gene	staP ORF6
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note	The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)	putative membrane protein
Reference	ACC Q8KLJ9 PmId [12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002) [22232274] A novel membrane protein, VanJ, conferring resistance to teicoplanin. (Antimicrob Agents Chemother. , 2012) comment [PMID: 12060705](2002) Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。 34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。 StaP: Putative membrane protein 配列解析のみ。staPは割り当て機能のない推定膜タンパクをコードする。 --- [PMID: 22232274](2012) S. coelicolor vanJ homologであるstaPを、ありうるスタートコドンの最長配列で、S. coelicolorのΔvanJ, ΔvanHAX, ΔvanRS mutant株において過剰発現すると、恒常的にvanJが発現されているものに匹敵するレベルのteicoplanin耐性を与えた。
Related Reference	ACC Q9XAL0 PmId [15130128] ( , ) [22232274] A novel membrane protein, VanJ, conferring resistance to teicoplanin. (Antimicrob Agents Chemother. , 2012) comment BLAST id65% Streptomyces coelicolor_SCO3592 Putative membrane protein --- [PMID: 15130128](2004) 誘導性で高レベルなvancomycin耐性を与えるvanSRJKHAXの特徴づけ。 VanJのN末には３つの膜貫通ドメインが予測される。 vanJ mutantは他のgenesに比べてあまりvancomycin感受性にならない。 --- [PMID: 22232274](2012) S. coelicolorは、vancomycin と teicoplanin の両者への耐性を与えるvanRSJKHAX gene clusterを所有する。vancomycinへの耐性はvanKHAXによってコードされる酵素により媒介され、VanJは単独でteicoplanin耐性を与える。 VanJはteicoplanin様抗生物質(ristocetin と A47934)と様々な半合成teicoplanin誘導体への耐性も与えるが、vancomycin様構造の抗生物質や半合成誘導体には一般的に耐性を与えない。 vanJ homologであっても、SCO2255, SCO7017, SAV5946の過剰発現ではteicoplanin耐性を与えなかったので、vanJ and staP orthologuesは大きなprotein familyのsubsetを表す。

Sequence

>teicoplanin resistance protein [StaP]
MINEHLRSAVSKSERGQTMAEVDIAETVRGSQSADDEGHPSAGLSGPGPWRRGPVLTACA
LLLGLLLLLHGEVTDWAGLGSLVETFLPWFGLFIPVLVAGALWRRSASSAVALLLPVTVW
WSLFGGLPGGPTDQAGDLMVVSHNVAVENPDPAGTARDLAASGADLLALQELTDQTKASY
EKELAKTYPHYAEEGTVGLWSKLPLSGTRPVEPPVGKAQQDGIPVQPLRALRTTVATEEG
PLTVYVAHLGSVRVMPRGGFWTESRDADATKLAEAVAAERSKRVLVLGDFNGTLDDRAFD
GLTSQLRSSQDVAGDGFGFSWPAKFPVARIDQILVRGVEPTSAWLLPRTGSDHRPVAARI
SW

>teicoplanin resistance protein [StaP]
ATGATCAATGAGCACCTGCGATCAGCGGTGAGCAAGAGCGAGCGAGGACAGACGATGGCG
GAAGTGGACATCGCGGAGACCGTACGGGGCAGTCAGTCGGCCGACGACGAAGGACATCCG
TCCGCGGGTCTCTCCGGTCCGGGCCCGTGGAGGCGCGGCCCGGTACTCACGGCGTGTGCG
CTGCTGCTCGGCCTGCTTCTGCTGCTGCACGGGGAGGTCACGGACTGGGCCGGTCTGGGC
AGTCTGGTGGAGACCTTCCTGCCGTGGTTCGGTCTGTTCATCCCGGTTCTGGTTGCCGGA
GCGCTGTGGCGCCGCTCCGCCTCGTCGGCCGTCGCCCTGCTATTGCCGGTCACCGTGTGG
TGGAGCCTCTTCGGCGGGCTGCCCGGCGGCCCGACCGACCAGGCCGGCGATCTCATGGTG
GTCAGCCACAACGTGGCCGTCGAGAACCCTGATCCAGCCGGCACCGCCCGTGACCTGGCC
GCCTCCGGCGCGGACCTGCTGGCGCTCCAGGAACTGACCGACCAGACCAAGGCCAGCTAC
GAGAAGGAGCTGGCGAAGACGTACCCGCACTACGCCGAGGAGGGCACGGTCGGGCTCTGG
AGCAAGCTGCCGCTGTCCGGCACCCGGCCGGTCGAGCCGCCGGTCGGGAAAGCGCAGCAG
GATGGCATCCCGGTGCAACCGCTTCGGGCGCTGCGCACCACGGTGGCCACCGAGGAGGGG
CCGCTGACGGTGTACGTGGCGCATCTCGGTTCCGTGAGGGTGATGCCCAGGGGCGGTTTC
TGGACGGAATCGCGGGACGCCGACGCGACGAAGCTCGCCGAGGCCGTCGCCGCCGAGCGC
AGCAAGCGGGTGCTGGTGCTCGGTGACTTCAACGGCACCCTGGACGACCGTGCGTTCGAC
GGCCTCACCTCGCAGCTGCGTTCGTCCCAGGACGTGGCGGGGGACGGGTTCGGCTTCAGC
TGGCCGGCGAAGTTCCCGGTGGCACGGATCGACCAGATCCTGGTCCGCGGCGTGGAGCCG
ACGAGTGCGTGGCTGCTGCCGCGCACGGGCAGTGACCACCGTCCGGTGGCGGCCCGAATC
AGCTGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005135 Endonuclease/exonuclease/phosphatase (Domain) SSF56219 DNase I-like PF03372 Exo_endo_phos
SignalP	No significant hit
TMHMM	Transmembrane 3

A4793_00270 A4793_00290