Balhi_00010 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis balhimycina
Strain	DSM 5908
Entry name	Balhimycin
Contig	Y16952
Start / Stop / Direction	759 / 1 / - [in whole cluster] 759 / 1 / - [in contig]
Location	complement(1..759) [in whole cluster] complement(1..759) [in contig]
Type	CDS
Length	759 bp (252 aa)

Annotation

Category	5.1 general function
Product	putative two-component system histidine kinase(fragment)
Product (GenBank)	putative two-component system sensor kinase
Gene	vanS vnlS
Gene (GenBank)	vanS
EC number
Keyword
Note	It is supposed that this ORF is not involved in balhimycin biosynthesis and resistance.
Note (GenBank)
Reference	ACC Q799B6 PmId [17693715] The border sequence of the balhimycin biosynthesis gene cluster from Amycolatopsis balhimycina contains bbr, encoding a StrR-like pathway-specific regulator. (J Mol Microbiol Biotechnol. , 2007) [21690280] Self-resistance and cell wall composition in the glycopeptide producer Amycolatopsis balhimycina. (Antimicrob Agents Chemother. , 2011) [27420548] The VanRS Homologous Two-Component System VnlRSAb of the Glycopeptide Producer Amycolatopsis balhimycina Activates Transcription of the vanHAXSc Genes in Streptomyces coelicolor, but not in A. balhimycina. (Microb Drug Resist. , 2016) comment [PMID: 17693715](2007) vancomycinにとても似たグリコペプチド系抗生物質balhimycinの生合成gene clusterの追加報告。新たにVanS, VanR, VanY, Bbr, Pdh, Tba, Dahpを同定している。 --- [PMID: 21690280](2011) vancomycin様グリコペプチドであるbalhimycinの生合成gene clusterにあるaccessory resistance gene orthologs vanY, vnlR(vanR), vnlS(vanS)の役割を調査している論文。 vnlSを用いた実験はされていないが、two-component systemの相手であるvnlRで実験がされている。 balhimycin産生A. balhimycinaでは、耐性を媒介するvanHAX genesはbalhimycin生合成clusterから2Mb離れた染色体上にある。vanHAXはbalhimycin産生開始前から恒常的に発現されていることがRT-PCR実験で確認された。 in-frame vnlR deletion mutantは、balhimycinの存在下で普通に生育することができ、wild株に匹敵するレベルのbalhimycinを産生した。よってvnlRはグリコペプチド耐性の発現に必要ではない。また、このmutantでのvanHAX と vanYの発現レベルはwild株と同じだった。よって、vnlRはA. balhimycinaにおいてvanHAX と vanYを調節しない。 --- [PMID: 27420548](2016) vnlRS(Ab)のdeletionはグリコペプチド耐性やbalhimycin産生に影響しない。
Related Reference	ACC Q9X942 PmId [15130128] ( , ) [16420361] ( , ) [20383152] ( , ) [23836175] ( , ) comment BLAST id66%, C末余る。 Streptomyces coelicolor_SCO3589 Putative two component sensor kinase vanSに相当するentry. --- [PMID: 15130128](2004) vancomycinに高い耐性のあるS. coelicolorで、vancomycin耐性cluster(vanSRJKHAX)を同定。vanR and vanSはこれらの転写誘導を媒介するtwo-componentシグナル伝達システムをコードする。 van genesは4つの転写ユニットvanRS, vanJ, vanK, vanHAXに組織化され、これら転写物はvanR依存様式でvancomycinにより誘導されることがvanR mutantを使って確認された。 --- [PMID: 16420361](2006) vancomycin耐性VanRS two-componentシグナル伝達システムについてmutantを使って調査している。 vancomycinがないと、acetyl phosphateがVanRをリン酸化し、VanSは脱リン酸化酵素として働き、リン酸化VanRのレベルを抑制する。vancomycinへの暴露でVanS活性は脱リン酸化酵素 → リン酸化酵素へとスイッチし、リン酸化VanRによってvan genesが発現されvancomycin耐性が誘導される。 --- [PMID: 20383152](2010) 本文未確認 vancomycinは直接的にS. coelicolor VanS (VanSsc)を結合し、この結合は耐性と相関し、vanH, vanA, vanXの発現に要求されることが実験的に示されている。 --- [PMID: 23836175](2013) VanS sensor kinaseは、細胞壁ペプチドグリカン前駆体のD-Ala-D-Ala末端と結合したvancomycinにより活性される。

Sequence

>putative two-component system histidine kinase(fragment) [putative two-component system sensor kinase]
MDRAAGMSVRLKLTLSYACFLVLAGVLLLASVWLFLLRDVPDVLAKPPPGGVLERSVLVR
NFLPAAGSVLFFLLLFGLLGGWILAGRMLAPLTRITDAARMAANGSLSHRIRLEGTEDEF
RELADAFDAMLARLEAHVAAQRRFAANASHELRTPLAITQALLEVARNDPAKDPLLVFDR
LHAVNARAIDLTEALLVLSRADQRAFTREPVDLSLLVEEAIETLLPIAEKRRVVIIASGH
ISRVVGSATLLLQ

>putative two-component system histidine kinase(fragment) [putative two-component system sensor kinase]
GTGGACAGAGCGGCCGGGATGAGCGTCCGCCTCAAACTCACCCTCAGCTACGCCTGCTTC
CTCGTGCTCGCCGGTGTACTGCTGCTCGCTTCCGTGTGGCTGTTCCTGCTGCGTGATGTC
CCCGACGTGCTGGCCAAACCGCCCCCCGGCGGGGTGCTGGAGCGGTCCGTCCTGGTGCGC
AACTTCCTGCCGGCCGCGGGCTCAGTGCTGTTCTTCCTGCTGCTGTTCGGCCTGCTGGGC
GGCTGGATCCTCGCCGGCCGCATGCTCGCCCCGCTGACCCGGATCACCGACGCCGCGCGC
ATGGCCGCGAACGGGTCGCTCTCCCACCGGATCCGGCTGGAAGGCACCGAAGACGAGTTC
CGCGAACTCGCCGATGCCTTCGACGCCATGCTCGCCCGGCTCGAAGCCCACGTCGCCGCG
CAGCGGAGGTTCGCCGCGAACGCCTCGCACGAGCTGCGCACCCCGCTGGCGATCACGCAG
GCGCTTCTCGAAGTGGCCCGCAACGATCCGGCGAAAGACCCGCTGCTGGTCTTCGACCGC
CTCCACGCGGTGAACGCCCGGGCGATCGACCTCACCGAGGCGCTGCTGGTGCTCAGCCGC
GCCGATCAGCGCGCGTTCACCCGGGAACCGGTCGACCTGTCCCTGCTTGTGGAAGAGGCC
ATCGAAACGCTGCTCCCGATCGCCGAGAAACGCCGTGTCGTCATCATCGCCTCCGGTCAC
ATCAGCCGGGTGGTGGGGTCGGCGACGCTGCTGCTGCAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003660 HAMP linker domain (Domain) PF00672 HAMP PS50885 HAMP SM00304 HAMP IPR003661 Signal transduction histidine kinase, subgroup 1, dimerisation/phosphoacceptor domain (Domain) SM00388 HisKA PF00512 HisKA IPR009082 Signal transduction histidine kinase, homodimeric (Domain) SSF47384 His_kin_homodim
SignalP	No significant hit
TMHMM	Transmembrane 2

first Balhi_00020