Balhi_00020 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis balhimycina
Strain	DSM 5908
Entry name	Balhimycin
Contig	Y16952
Start / Stop / Direction	1,447 / 770 / - [in whole cluster] 1,447 / 770 / - [in contig]
Location	complement(770..1447) [in whole cluster] complement(770..1447) [in contig]
Type	CDS
Length	678 bp (225 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative two-component system response regulator
Product (GenBank)	putative two-component system response regulator
Gene	vanR vnlR
Gene (GenBank)	vanR
EC number
Keyword
Note	This ORF is not involved in balhimycin biosynthesis and resistance.
Note (GenBank)
Reference	ACC Q799B5 PmId [17693715] The border sequence of the balhimycin biosynthesis gene cluster from Amycolatopsis balhimycina contains bbr, encoding a StrR-like pathway-specific regulator. (J Mol Microbiol Biotechnol. , 2007) [21690280] Self-resistance and cell wall composition in the glycopeptide producer Amycolatopsis balhimycina. (Antimicrob Agents Chemother. , 2011) [27420548] The VanRS Homologous Two-Component System VnlRSAb of the Glycopeptide Producer Amycolatopsis balhimycina Activates Transcription of the vanHAXSc Genes in Streptomyces coelicolor, but not in A. balhimycina. (Microb Drug Resist. , 2016) comment [PMID: 17693715](2007) vancomycinにとても似たグリコペプチド系抗生物質balhimycinの生合成gene clusterの追加報告。新たにVanS, VanR, VanY, Bbr, Pdh, Tba, Dahpを同定している。 --- [PMID: 21690280](2011) vancomycin様グリコペプチドであるbalhimycinの生合成gene clusterにあるaccessory resistance gene orthologs vanY, vnlR(vanR), vnlS(vanS)の役割を調査している論文。 balhimycin産生A. balhimycinaでは、耐性を媒介するvanHAX genesはbalhimycin生合成clusterから2Mb離れた染色体上にある。vanHAXはbalhimycin産生開始前から恒常的に発現されていることがRT-PCR実験で確認された。 in-frame vnlR deletion mutantは、balhimycinの存在下で普通に生育することができ、wild株に匹敵するレベルのbalhimycinを産生した。よってvnlRはグリコペプチド耐性の発現に必要ではない。また、このmutantでのvanHAX と vanYの発現レベルはwild株と同じだった。よって、vnlRはA. balhimycinaにおいてvanHAX と vanYを調節しない。 --- [PMID: 27420548](2016) 同じグループの続報。上記論文との矛盾点には触れていない。 vnlRS(Ab)のdeletionはグリコペプチド耐性やbalhimycin産生に影響しない。 balhimycin生合成gene clusterから2Mb離れたところにあるvanHAX(Ab)の発現はVnlR(Ab)に依存しないが、VnlR(Ab)と共にclusterにあるvanY(Ab)の発現はVnlR(Ab)に依存する。グリコペプチド非産生株であるがグリコペプチド耐性遺伝子vanHAXとvanRSを持つS. coelicolorのΔvanRS(Sc) deletion mutantにおいて、VnlR(Ab)の異種性発現はVanSなしでもvanHAX(Sc)を活性化し、加えてactinorhodin産生を増加し、形態的分化に影響する。
Related Reference	ACC Q8CJW1 PmId [15130128] ( , ) [16420361] ( , ) comment BLAST id89% Streptomyces coelicolor_SCO3590 Putative two-component system response regulator vanRに相当するentry. --- [PMID: 15130128](2004) vancomycinに高い耐性のあるS. coelicolorで、vancomycin耐性cluster(vanSRJKHAX)を同定。vanR and vanSはこれらの転写誘導を媒介するtwo-componentシグナル伝達システムをコードする。 van genesは4つの転写ユニットvanRS, vanJ, vanK, vanHAXに組織化され、これら転写物はvanR依存様式でvancomycinにより誘導されることがvanR mutantを使って確認された。 --- [PMID: 16420361](2006) vancomycin耐性VanRS two-componentシグナル伝達システムについてmutantを使って調査している。 vancomycinがないと、acetyl phosphateがVanRをリン酸化し、VanSは脱リン酸化酵素として働き、リン酸化VanRのレベルを抑制する。vancomycinへの暴露でVanS活性は脱リン酸化酵素 → リン酸化酵素へとスイッチし、リン酸化VanRによってvan genesが発現されvancomycin耐性が誘導される。

Sequence

>putative two-component system response regulator [putative two-component system response regulator]
MRVLIVEDEPYLAEAIRDGLRLEAIAADTAGNGDTALELLSLNTYDIAVLDRDIPGPSGD
EIAKRIVASGSGLPILMLTAADRLDDKITGFELGADDYLTKPFELRELVLRLRALDRRRA
HNRPPVLEIAGLRLNPFRREVYRDDRYIALTRKQFAVLEVLVSADGGVVSAEELLERAWD
KNADPFTNAVRITVSALRKRLGEPWIITTVAGVGYRIGAAPGAGR

>putative two-component system response regulator [putative two-component system response regulator]
ATGCGCGTGCTGATCGTCGAGGACGAGCCCTATCTGGCCGAAGCCATCCGCGACGGCCTG
CGTTTGGAAGCGATCGCGGCGGACACCGCGGGCAACGGCGACACCGCTCTCGAACTGCTG
AGCCTCAACACCTACGACATCGCCGTCCTCGACCGGGATATTCCCGGACCCAGCGGGGAC
GAGATCGCCAAACGGATCGTCGCTTCCGGCAGCGGCCTGCCGATCCTCATGCTCACCGCC
GCCGACCGGCTCGACGACAAGATCACCGGGTTCGAGCTCGGTGCCGACGACTACCTCACG
AAGCCGTTCGAACTGCGGGAGCTCGTGCTCAGGCTGCGGGCGCTCGATCGCCGGCGTGCC
CACAACCGGCCGCCGGTACTGGAAATCGCCGGCCTGCGGCTGAACCCGTTCCGCCGCGAG
GTCTACCGCGACGACCGCTACATCGCGCTGACCAGGAAGCAGTTCGCCGTGCTCGAAGTC
CTCGTTTCCGCCGACGGCGGTGTCGTCAGCGCCGAAGAGCTGCTGGAACGGGCCTGGGAC
AAGAACGCCGACCCGTTCACCAACGCTGTGCGCATCACGGTTTCGGCTCTGCGCAAGCGG
CTCGGCGAGCCCTGGATCATCACCACGGTGGCCGGCGTCGGGTACCGCATCGGCGCGGCG
CCCGGCGCCGGGCGCTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001789 Signal transduction response regulator, receiver domain (Domain) PF00072 Response_reg SM00448 REC PS50110 RESPONSE_REGULATORY IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain) PF00486 Trans_reg_C SM00862 Trans_reg_C IPR011006 CheY-like superfamily (Domain) SSF52172 CheY_like IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Balhi_00010 Balhi_00030