A4092_00070 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	7,342 / 6,242 / - [in whole cluster] 7,342 / 6,242 / - [in contig]
Location	complement(6242..7342) [in whole cluster] complement(6242..7342) [in contig]
Type	CDS
Length	1,101 bp (366 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative 4-hydroxymandelate oxidase
Product (GenBank)	putative hydroxymandelate oxidase
Gene	dbv1 hmo
Gene (GenBank)	dbv1
EC number	1.1.3.46
Keyword	Hpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ90 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF1: Hmo 配列解析のみ。ORF1はp-hydroxymandelate oxidase (Hmo) に、ORF2はp-hydroxymandelate synthetase (HmaS) に配列相同性があり、p-hydroxyphenylglycine (HPG)合成の際の p-hydroxyphenylpyruvate → p-hydroxyphenylglyoxylate の変換に必要とされる。 ORF1より左に並ぶORF2つはその他のglycopeptide clusters由来配列に有意な相同性を示さないため、このORFがdbv clusterの左側境界であると思われる。 ----- このORFの発現調節についての報告 [PMID: 17873036](2007) RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv1-dbv2が同時転写されることを確認。リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCR と real-time RT-PCRで調査されている。dbv1は影響を受けない。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC O52792 NITE Chlor_00230 PmId [11137816] Biosynthesis of L-p-hydroxyphenylglycine, a non-proteinogenic amino acid constituent of peptide antibiotics. (Chem Biol. , 2000) [12240298] Characterisation of a hydroxymandelate oxidase involved in the biosynthesis of two unusual amino acids occurring in the vancomycin group of antibiotics. (Chem Commun (Camb). , 2001) comment BLAST id57% Amycolatopsis orientalis PCZA361.2 --- [PMID: 11137816](2000) L-p-hydroxyphenylglycine(Hpg)はvancomycinグループの抗生物質のaglyconeで構造的役割をする。L-p-hydroxyphenylglycineを生合成する経路に提唱された酵素の特徴づけを、chloroeremomycin生合成gene clusterのタンパクで確認している。 Hmo(ORF22)をmaltose binding protein (MBP)とのfusion proteinとしてクローニングし、活性測定に使用。反応産物はHPLCのretention timeの一致で判断されている。 Hmoにより、D,L-p-hydroxymandelateの半分がp-hydroxybenzoylformateへと変換された。 D- and L-mandelateを基質とすると、L-mandelateのみがbenzoylformateへと変換された。以上から拡大解釈して、Hmoの基質にL-p-hydroxymandelateを割り当てた。 p-hydroxyphenylpyruvateはHmoによって変換されず、HmaS(ORF21)とHmoの両方があるときにp-hydroxybenzoylformateまで変換された。この論文で、HmaSはp-hydroxyphenylpyruvate → p-hydroxymandelateへの変換を触媒することが確認されている。 prephenate ↓　prephenate dehydrogenase (ORF1) p-hydroxyphenylpyruvate ↓　4-hydroxymandelate synthase (ORF21, HmaS) L-p-hydroxymandelate ↓　L-p-hydroxymandelate oxidase (ORF22, Hmo) p-hydroxybenzoylformate ↓　L-p-hydroxyphenylglycine transaminase (ORF17, HpgT) L-p-hydroxyphenylglycine --- [PMID: 12240298](2001) chloroeremomycin gene cluster由来ORF22がクローニング、発現、精製された。このタンパクは、4-hydroxymandelic acid または 3,5-dihydroxymandelic acidを基質として、対応するケト酸を産生することが確認された。この結果からORF22はhydroxymandelate oxidase (HmO)として特徴づけされ、(S)-4-hydroxyphenylglycine と (S)-3,5-dihydroxyphenylglycineの両方の形成に関与する。また、flavin-dependent enzymeであるHmOが、dehydrogenaseではなくoxidaseであることをH2O2の生成から確認している。

Sequence

>putative 4-hydroxymandelate oxidase [putative hydroxymandelate oxidase]
MHESPVCLAEYEEIAAKVLPADVRDFIDGGSGREQTLRANRAAFDRVFLVPRVLQDVSAC
STRATLLGHPATMPVAVAPVAYHRLVHPDGELATARAARDAGVPFTVSTLSSVPVEDVTA
LGGHVWFQLYCLREHAATLGLIRRAEDAGCRALMLTLDVPWMGRRPRDIRNRFRLPPHVR
PVHLTANSGTEAHRGASGGSALAAHTAMELSAAVDWSYLETLRAASGLPLVVKGILHPED
ARRAADLGIDGIVVSNHGGRQLDGAVASLDALPGVAESVGGRCEIMLDGGVRSGADVLKA
LALGASGVLVGRPVIWGLAADGERGVRTVLGLLGAEIEDGLGLAGCGDVAAAQALRTTRP
GAGFVS

>putative 4-hydroxymandelate oxidase [putative hydroxymandelate oxidase]
GTGCACGAAAGTCCCGTCTGCCTCGCCGAGTACGAGGAGATCGCCGCCAAGGTCCTCCCC
GCCGACGTCCGGGACTTCATCGACGGCGGGAGCGGCCGCGAGCAGACCCTCCGTGCGAAT
CGGGCCGCCTTCGACCGGGTGTTCCTGGTGCCGCGGGTGCTCCAGGACGTGTCGGCGTGC
TCCACCCGTGCGACGCTGCTGGGCCACCCCGCGACGATGCCGGTGGCGGTGGCCCCCGTC
GCCTACCACCGGCTCGTGCATCCCGACGGTGAGCTGGCGACGGCCCGGGCGGCGCGGGAC
GCCGGGGTCCCGTTCACCGTCAGCACCTTGAGCAGCGTCCCGGTGGAGGACGTCACCGCC
CTGGGGGGACACGTCTGGTTCCAGCTCTACTGCCTTCGCGAGCACGCCGCCACCCTCGGC
CTGATCCGCCGGGCCGAGGACGCGGGGTGCCGGGCGTTGATGCTCACGCTCGATGTGCCG
TGGATGGGCCGCAGGCCACGTGACATCCGCAACCGGTTCCGCCTGCCCCCGCACGTGCGG
CCCGTGCACCTGACGGCGAACTCCGGGACCGAGGCTCATCGGGGTGCCTCCGGCGGCTCC
GCGCTGGCGGCGCACACGGCCATGGAGCTCTCCGCCGCGGTGGACTGGTCGTACCTCGAG
ACCCTCCGGGCCGCCAGCGGGCTCCCGCTGGTGGTCAAGGGCATTCTGCACCCCGAGGAC
GCCCGCCGCGCCGCGGACCTCGGCATCGACGGCATCGTGGTCTCCAACCACGGCGGACGT
CAGCTCGACGGCGCCGTGGCCAGTCTCGACGCGCTGCCGGGGGTGGCGGAGAGCGTCGGG
GGCCGCTGCGAGATCATGCTCGATGGTGGCGTCCGGTCGGGAGCCGACGTCCTCAAGGCG
CTGGCGCTCGGGGCGTCGGGTGTGCTCGTCGGACGCCCCGTGATCTGGGGTCTGGCCGCG
GACGGCGAACGGGGGGTCCGTACGGTGCTCGGCCTCCTGGGTGCCGAGATCGAGGACGGG
CTCGGCCTGGCAGGCTGCGGCGACGTCGCCGCAGCCCAGGCACTCAGGACGACCCGCCCC
GGCGCGGGGTTCGTCTCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000262 FMN-dependent dehydrogenase (Domain) PF01070 FMN_dh IPR008259 FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site (Active_site) PS00557 FMN_HYDROXY_ACID_DH_1 IPR012133 Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent (Family) PIRSF000138 Al-hdrx_acd_dh PS51349 FMN_HYDROXY_ACID_DH_2 IPR013785 Aldolase-type TIM barrel (Domain) G3DSA:3.20.20.70 Aldolase_TIM
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00060 A4092_00080