A4092_00080 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	8,531 / 7,461 / - [in whole cluster] 8,531 / 7,461 / - [in contig]
Location	complement(7461..8531) [in whole cluster] complement(7461..8531) [in contig]
Type	CDS
Length	1,071 bp (356 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative 4-hydroxymandelate synthase
Product (GenBank)	putative hydroxymandelate synthase
Gene	dbv2 hmaS
Gene (GenBank)	dbv2
EC number	1.13.11.46
Keyword	Hpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ89 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF2: HmaS 配列解析のみ。ORF1はp-hydroxymandelate oxidase (Hmo) に、ORF2はp-hydroxymandelate synthetase (HmaS) に配列相同性があり、p-hydroxyphenylglycine (HPG)合成の際の p-hydroxyphenylpyruvate → p-hydroxyphenylglyoxylate の変換に必要とされる。 ----- このORFの発現調節についての報告 [PMID: 17873036](2007) RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv1-dbv2が同時転写されることを確認。リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCR と real-time RT-PCRで調査されている。dbv1は影響を受けない。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC O52791 NITE Chlor_00220 PmId [11137816] Biosynthesis of L-p-hydroxyphenylglycine, a non-proteinogenic amino acid constituent of peptide antibiotics. (Chem Biol. , 2000) [18215022] Two roads diverged: the structure of hydroxymandelate synthase from Amycolatopsis orientalis in complex with 4-hydroxymandelate. (Biochemistry. , 2008) comment BLAST id62% Amycolatopsis orientalis 4-hydroxymandelate synthase (EC:1.13.11.46) --- [PMID: 11137816](2000) L-p-hydroxyphenylglycine(Hpg)はvancomycinグループの抗生物質のaglyconeで構造的役割をする。L-p-hydroxyphenylglycineを生合成する経路に提唱された酵素の特徴づけを、chloroeremomycin生合成gene clusterのタンパクで確認している。 ORF21のアミノ酸配列は、酸化的チロシン分解の際にp-hydroxyphenylpyruvate → homogentisateへの変換を触媒するp-hydroxyphenylpyruvate dioxygenasesに似ている。 ORF21をN末His-tag付きapo型タンパクとして精製。過剰FeCl2でpreincubationすることでholo型を再構成し実験に使用している。このholo酵素は反応液中アスコルビン酸により活性型となる。 holo-ORF21は、p-hydroxyphenylpyruvate → p-hydroxymandelateへの変換を触媒することをHPLCで確認。L-p-hydroxyphenylglycine生合成経路の次の酵素ORF22(Hmo)とのin situ couplingにより、ベンジル位でのhydroxylateは立体特異的で、L-p-hydroxymandelateが得られることも確立されている。 Chorobaら(2000)も関連した報告をしていることが引用されているが、PubMedに未登録の論文である。この論文での命名に揃えて、ORF21は4-hydroxymandelate synthase(HmaS)と名付けられている。 --- [PMID: 18215022](2008) hydroxymandelate synthase (HMS)が形成する複合体の結晶構造解析。基質は同じだが産物の異なる4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (HPPD)と比較している。

Sequence

>putative 4-hydroxymandelate synthase [putative hydroxymandelate synthase]
MESLPPLAVDYVEMYVADLKVATLPWTDEYRFAVVGTANASDHRSVALRQGRITLVLTQA
TSDGHPASAYVRTHGDGVADIALRTPDVDVVFTHAVAAGARPVRSPSRHPGPGPACSAAI
GGFGDVVHTLVQRDPGDDPGLPVGFSEAPSAAESGADAAELLDIDHFAVCLPTGDLDIIT
DFYVATLGFSETFKERIEVGTQAMESKVVQSASGAVTLTLIEPDPMAEAGQIDMFLERHA
GAGVQHVAFSSSDAVHAVNTLSERGVRFLSTPGSYYDLLESRIQIRGHTVDQLRATGLLA
DEDHGGQLFQIFTASTHPRETLFFEVIERQGARTFGGANIKALYEAVEVARSQQRA

>putative 4-hydroxymandelate synthase [putative hydroxymandelate synthase]
ATGGAATCGCTTCCGCCTCTCGCCGTTGATTACGTCGAAATGTACGTAGCGGATCTGAAG
GTCGCCACTCTCCCTTGGACCGACGAATACCGCTTCGCCGTCGTGGGCACGGCGAACGCC
AGCGACCATCGCAGCGTCGCGCTCCGGCAGGGCCGCATCACCCTCGTCCTCACCCAGGCC
ACGTCCGACGGCCATCCGGCTTCGGCCTATGTGCGGACGCACGGCGACGGGGTCGCCGAC
ATCGCCCTGCGGACCCCCGACGTCGACGTCGTCTTCACCCATGCCGTGGCCGCCGGCGCC
CGGCCCGTACGGTCCCCGTCCCGGCACCCCGGCCCCGGGCCGGCCTGCTCCGCCGCGATC
GGCGGCTTCGGCGACGTGGTCCACACCCTCGTCCAGCGGGACCCCGGCGACGACCCCGGC
CTGCCGGTCGGCTTCTCCGAGGCTCCGTCCGCCGCCGAGTCCGGTGCGGACGCGGCGGAG
CTGCTCGACATCGACCACTTCGCCGTGTGCCTGCCCACGGGTGACCTCGACATCATCACC
GACTTCTACGTCGCCACCCTCGGCTTCAGCGAGACCTTCAAGGAACGCATCGAGGTCGGC
ACCCAGGCCATGGAGTCCAAGGTGGTGCAGAGCGCCTCCGGCGCCGTCACGCTGACACTC
ATCGAACCCGACCCGATGGCCGAGGCCGGCCAGATCGACATGTTCCTCGAACGGCACGCC
GGTGCCGGGGTGCAGCACGTCGCCTTCTCCTCCTCGGACGCCGTGCACGCCGTGAACACC
CTGTCCGAGCGGGGCGTCCGCTTCCTCAGCACGCCGGGCAGCTACTACGACCTGCTCGAA
TCACGGATCCAGATCCGGGGTCACACGGTGGACCAGTTGCGCGCGACGGGACTGCTCGCT
GACGAGGATCACGGCGGACAGCTCTTCCAGATCTTCACGGCGTCCACCCATCCGCGCGAG
ACCCTCTTCTTCGAGGTCATCGAGCGGCAGGGAGCCCGCACCTTCGGAGGCGCCAACATC
AAGGCCCTCTACGAGGCCGTCGAGGTGGCGAGGTCCCAGCAGCGTGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004360 Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain (Domain) PF00903 Glyoxalase IPR005956 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (Family) TIGR01263 4HPPD PIRSF009283 HPP_dOase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00070 A4092_00090