A4092_00100 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	12,433 / 11,468 / - [in whole cluster] 12,433 / 11,468 / - [in contig]
Location	complement(11468..12433) [in whole cluster] complement(11468..12433) [in contig]
Type	CDS
Length	966 bp (321 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	transcriptional activator
Product (GenBank)	putative regulator StrR family
Gene
Gene (GenBank)	dbv4
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ87 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF4: positive regulator 配列解析のみ。 ORF4のhomologsはすべてのglycopeptide clustersに存在している。 --- [PMID: 17873036](2007) dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。 dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。 Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。 --- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC Q799B3 NITE Balhi_00040 PmId [17693715] The border sequence of the balhimycin biosynthesis gene cluster from Amycolatopsis balhimycina contains bbr, encoding a StrR-like pathway-specific regulator. (J Mol Microbiol Biotechnol. , 2007) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) comment BLAST id80% Amycolatopsis balhimycina_bbr StrR family transcriptional regulator --- [PMID: 17693715](2007) vancomycinにとても似たグリコペプチド系抗生物質balhimycinの生合成gene clusterでの解析報告。 StrR-like pathway-specific regulator Bbrを同定し、N末His-tagタンパクとして発現、精製。 Bbrはgene cluster内の自身を含む5つのpromoter領域に特異的なDNA結合を示す。 Bbrの推定コンセンサス配列はStrRのものとは異なる。 --- [PMID: 17873036](2007) glycopeptide regulators間での交差結合にBbrを使用している。 Q7WZ87のコメント参照。
Related Reference	ACC Q6ZZH8 NITE Teicp2_00370 PmId [22806031] Manipulating the regulatory genes for teicoplanin production in Actinoplanes teichomyceticus. (World J Microbiol Biotechnol. , 2012) [24161919] Evaluation of heterologous promoters for genetic analysis of Actinoplanes teichomyceticus--Producer of teicoplanin, drug of last defense. (J Biotechnol. , 2013) [25104028] The pathway-specific regulatory genes, tei15* and tei16, are the master switches of teicoplanin production in Actinoplanes teichomyceticus. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2014) comment BLAST id53% Actinoplanes teichomyceticus_tcp28 Transcriptional regulator(Transcriptional regulator, StrR family) --- [PMID: 22806031](2012) regulatory genes tcp28 and tcp29の過剰発現は、teicoplanin産生を増やす。 --- [PMID: 24161919](2013) PMID: 22806031と同じグループの報告。 wild株として使用されているのはNRRL B-16726。 A. teichomyceticusにおけるreporter geneとpromoterの検討に、StrR-like regulatory gene tcp28を使用している。 --- [PMID: 25104028](2014) PMID: 22806031と同じグループの報告。 NRRL-B16726(ATCC 31121)株を使用。 tei15(tcp28) または tei16(tcp29)の不活化株は、どちらもteicoplaninとその中間体の産生が完全になくなる。よってtei15 and tei16はteicoplanin産生の開始に必須である。 Tei15は、teiA, tei2, tei16, tei17, tei27, tei31* のpromoter領域に結合するが、tei14* と tei15* のpromoter領域ではしなかった。Tei16でも同様に調査されたが、結合は見られなかった。異種性promoter aac(3)IVの調節下にtei15 or tei16*があるベクターを用いることでteicoplaninは過剰産生される。

Sequence

>transcriptional activator [putative regulator StrR family]
MDPTGVDIATLPVVEIELSRLSSVYSPRTSGEDPEHVETLLSAQGELPPILVHRPTMRVI
DGLHRLKVARVRGETTISVRLIDGTESDAFVLAVEANVRHGLPLSLADRKRAAVRIIGTH
PQWSDRRVASATGISAGTVADLRRRRGQGGDEARIGRDGRIRPVDSSEGRRLAAELIRSH
PDLSLRQVAKQVGISPETVRDVRGRLEHGESPIPDGSRRLRTKPELLRRAEQDFGHVDGR
DRQAVLERLKADPALRLTETGRILLRMLSLHSIDGQEWERILRGVPPHWGTVVARCARDH
AQIWAAFADRLEGRATDLAAG

>transcriptional activator [putative regulator StrR family]
GTGGACCCGACGGGAGTTGACATAGCCACTCTCCCTGTCGTCGAAATCGAGCTGTCCCGG
CTGTCCTCTGTGTACTCACCCCGGACTTCGGGCGAGGATCCAGAGCACGTCGAGACCCTG
TTGTCGGCACAAGGGGAGCTTCCGCCCATTCTCGTCCACCGTCCAACGATGCGGGTGATC
GACGGCCTGCACCGGTTGAAGGTGGCGCGGGTCAGGGGTGAAACAACAATCTCGGTGAGG
CTGATCGACGGCACCGAATCGGACGCCTTCGTCCTGGCCGTCGAGGCGAACGTGCGGCAC
GGGCTGCCGCTCTCACTGGCCGACCGCAAGCGTGCGGCCGTCCGGATCATCGGGACACAT
CCGCAGTGGTCTGATCGACGGGTGGCCTCGGCGACCGGCATCTCCGCCGGCACGGTGGCC
GACCTGCGCAGGCGCAGAGGACAAGGCGGTGACGAGGCCAGAATCGGGCGGGACGGGCGC
ATCCGTCCGGTGGACAGCTCAGAGGGGAGGAGACTCGCCGCCGAGCTCATCCGCAGCCAT
CCGGACCTTTCGCTCCGCCAGGTCGCCAAACAGGTCGGCATCTCCCCGGAGACGGTCCGG
GATGTGAGAGGCCGGTTGGAGCACGGTGAGAGCCCGATTCCGGACGGGAGCCGGAGATTA
AGGACCAAGCCGGAATTACTGCGTCGGGCAGAACAGGATTTCGGCCACGTCGACGGCCGA
GACCGCCAAGCCGTGCTGGAAAGGCTCAAGGCCGATCCCGCATTACGTCTGACCGAAACC
GGCCGAATTTTGTTGCGAATGCTATCATTGCACTCCATCGACGGGCAGGAATGGGAAAGG
ATCTTGCGCGGAGTGCCGCCGCATTGGGGCACCGTTGTCGCGAGATGCGCCAGGGATCAT
GCCCAGATCTGGGCAGCGTTCGCGGATCGCCTGGAGGGGCGGGCGACCGATCTGGCCGCT
GGATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003115 ParB-like nuclease (Domain) PF02195 ParBc SSF110849 ParBc SM00470 ParB IPR009057 Homeodomain-like (Domain) SSF46689 Homeodomain_like
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00090 A4092_00110