A4092_00170 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	20,907 / 19,681 / - [in whole cluster] 20,907 / 19,681 / - [in contig]
Location	complement(19681..20907) [in whole cluster] complement(19681..20907) [in contig]
Type	CDS
Length	1,227 bp (408 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative cytochrome P450
Product (GenBank)	putative oxygenase OxyC
Gene	dbv11 oxyC
Gene (GenBank)	dbv11
EC number
Keyword	4th cross-linking AB ring
Note	The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ80 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF11: P450 monooxygenase 配列解析のみ。dbv ORF11はOxyCに最も関係性があり、AA5-7間の架橋形成に関与しそう。 ----- このORFの発現を調節するタンパクについての報告 [PMID: 17873036](2007) dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。 dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。 Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC Q70AY6 NITE Teicp2_00310 PmId [25686610] X-domain of peptide synthetases recruits oxygenases crucial for glycopeptide biosynthesis. (Nature. , 2015) [27213615] Regulation of the P450 Oxygenation Cascade Involved in Glycopeptide Antibiotic Biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2016) comment BLAST id79% ATCC 31121株_tcp ORF22 OxyC protein --- [PMID: 25686610](2015) SUPPLEMENTARY INFORMATION内のリストでATCC 31121株由来UniProt entryの記載があるが、同グループの他論文(PMID: 20974107, 25358800, 25586301)ではDSM43866株を使用してATCC 31121株由来のgene nameを採用している混乱があるため、同様の可能性あり。 X-domainの結晶構造解析や相互作用の実験から、X-domainがcytochrome P450(oxy genesでコードされる)による架橋形成に関与することがわかった。OxyA-CはX-domainと相互作用するが、OxyEはしない。OxyAとOxyBによる架橋形成には、X-domainを含む基質を必要とする。
Related Reference	ACC Q8KLM1 NITE A4793_00050 PmId [17884639] The biosynthesis of teicoplanin-type glycopeptide antibiotics: assignment of p450 mono-oxygenases to side chain cyclizations of glycopeptide a47934. (Chem Biol. , 2007) comment BLAST id76% Streptomyces toyocaensis StaJ teicoplanin-type glycopeptide A47934生合成cluster gene 架橋形成に関するP450 monooxygenasesの調査。 mutants(ΔstaF, ΔstaG, ΔstaH, ΔstaJ）に蓄積した中間体の解析により、各架橋形成は特異的なoxygenaseへ明白に割り当てられ、環化の順番も決定された。 1) C-O-D by StaH 2) F-O-G by StaG 3) D-O-E by StaF 4) AB by StaJ

Sequence

>putative cytochrome P450 [putative oxygenase OxyC]
MDDDIDAGAPVLQPTANYMMRTHCDPHEDMFALRAHGPLVRIGGDAATQLRVDYVWQALG
YDVVRRILGDHENFTTRPRWSSAPSIAGEPIPPNLVGQLSVYDPPEHTRLRGMLTPEFTA
RRIRRLEPAMQDLIDDRIDELEAAGPPADVQALFADPVGGGVLCELLGIPRDDRIEFIRR
VRQNVDLSRGFKARAADSAAFNRYLNGLIIRQRKDPDEGFIGMLVREHGDDVTDEELKGV
LTALILGGVETVAGSIGFGVLALLDHPDQRQSLFAGREEADRVVGELLRFLSPVQQPNPR
LAVRDVVVDGQLIKAGDYVLCSILMANRDEALTPNANVLDVRRDCGSHVGFGHGIHYCIG
AAIARTLLRMAYQSLWRRFPGLRLAVSAEEVKFRNAFIDCPDELPVTW

>putative cytochrome P450 [putative oxygenase OxyC]
ATGGATGACGATATCGATGCGGGCGCGCCGGTCCTGCAGCCGACGGCGAACTACATGATG
CGGACGCACTGTGATCCGCATGAGGACATGTTCGCGCTCAGGGCGCATGGCCCACTGGTC
CGGATAGGCGGTGACGCGGCCACTCAGCTGCGTGTCGACTATGTCTGGCAGGCTTTGGGA
TACGACGTCGTGCGCAGAATACTCGGCGATCACGAGAACTTCACGACGCGCCCCCGGTGG
AGTTCGGCGCCATCGATCGCCGGAGAGCCCATACCGCCGAATCTGGTCGGTCAGCTGTCG
GTCTATGATCCGCCCGAGCACACGCGGCTGCGCGGGATGCTGACCCCGGAGTTCACGGCC
CGCCGGATCCGCCGGCTGGAGCCCGCCATGCAGGACCTCATCGATGACCGCATCGACGAG
CTGGAGGCCGCGGGGCCGCCCGCGGACGTCCAGGCGCTGTTCGCCGATCCGGTCGGCGGA
GGAGTGCTGTGTGAGCTGCTCGGCATCCCGCGTGATGATCGGATCGAGTTCATCCGGCGT
GTCAGGCAGAACGTCGATCTCAGCCGCGGGTTCAAGGCCCGGGCGGCCGACAGCGCGGCG
TTCAACCGGTATCTGAACGGCCTCATCATCCGGCAGCGGAAGGACCCTGACGAGGGGTTC
ATCGGGATGCTGGTGCGGGAGCACGGAGACGATGTCACGGACGAGGAGCTGAAGGGCGTA
CTCACGGCGCTGATCCTGGGTGGTGTCGAAACCGTCGCGGGGTCGATCGGCTTCGGGGTT
CTCGCGCTGCTGGATCATCCCGACCAGCGACAGTCTCTCTTCGCCGGACGCGAGGAGGCC
GACCGGGTGGTCGGTGAGCTGCTGCGGTTCCTGTCGCCCGTGCAGCAGCCGAATCCACGG
CTCGCCGTCCGGGACGTGGTCGTCGACGGCCAGCTGATCAAGGCCGGGGATTACGTCCTG
TGCTCGATTCTGATGGCGAATCGCGACGAGGCGCTGACGCCGAATGCCAACGTCCTCGAC
GTGCGCCGTGACTGCGGCTCGCACGTCGGGTTCGGGCACGGCATCCATTACTGCATAGGC
GCGGCGATAGCCAGGACGCTGCTGCGCATGGCGTATCAGAGTTTGTGGCGCCGGTTTCCC
GGGCTGCGCCTGGCGGTGTCCGCCGAGGAAGTGAAGTTCCGTAACGCGTTCATCGATTGC
CCGGACGAGTTGCCGGTCACCTGGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001128 Cytochrome P450 (Family) G3DSA:1.10.630.10 no description SSF48264 Cytochrome P450 PF00067 p450 IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family) PR00359 BP450 IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site) PS00086 CYTOCHROME_P450
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00160 A4092_00180