A4092_00220 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	30,461 / 24,870 / - [in whole cluster] 30,461 / 24,870 / - [in contig]
Location	complement(24870..30461) [in whole cluster] complement(24870..30461) [in contig]
Type	CDS
Length	5,592 bp (1,863 aa)

Annotation

Category	1.2 NRPS
Product	non-ribosomal peptide synthetase
Product (GenBank)	putative non-ribosomal peptide synthetase, module 7
Gene
Gene (GenBank)	dbv16
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ75 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF16: NRPS, module 7 配列解析のみ。dbv ORF16のドメイン構成はC-A-T-X-Teで、module 7をコードする。 --- [PMID: 17873036](2007) RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv17-dbv8が同時転写されることを確認。リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCR と real-time RT-PCRで調査されている。dbv16は影響を受けないが、dbv14-dbv8 operonはnegativeに影響される。 --- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC Q939Y9 NITE Balhi_00090 PmId [11932455] Nonribosomal biosynthesis of vancomycin-type antibiotics: a heptapeptide backbone and eight peptide synthetase modules. (Microbiology. , 2002) [15651041] The biosynthesis of vancomycin-type glycopeptide antibiotics--a model for oxidative side-chain cross-linking by oxygenases coupled to the action of peptide synthetases. (Chembiochem. , 2005) [17506888] Phylogenetic analysis of condensation domains in NRPS sheds light on their functional evolution. (BMC Evol Biol. , 2007) comment BLAST id78% Amycolatopsis balhimycina_bpsC Peptide synthetase --- [PMID: 11932455](2002) balhimycin生合成gene clusterにおけるbpsA, bpsB, bpsC, bpsD, orf1の同定。 BpsCのドメイン構造は、 module 7: C-A-T-C-TE adenylation(A) domainのselectivity-conferring codeを確認している。 bpsC in-frame deletion mutantは抗菌活性のある化合物を産生しなかった。 module 7 は L-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)を活性化することが、異種性発現して得たA domainのATP/PP(i) exchange assaysによって測定された。 thiolation(T) domainとthioesterase(TE) domainの間にあるC domainに似た配列に割り当てられるペプチド骨格構築での機能はない。 --- [PMID: 15651041](2005) dpgA mutantではbicyclic hexapeptide、bpsC mutantではmonocyclic hexapeptideの蓄積があることから、OxyBによるCD ring形成はBpsB_module 6からBpsC_module 7へのhexapeptideの移動中かその少し前に起こるはずだと述べている。bpsC mutantでbicyclic hexapeptideが検出されないのは、BpsCでのdeletionのせいでOxyAとNRPS複合体の間の相互作用に必須な部位がないからであると説明されうる。また、dpgA mutantにおいて、7つめのAAとしてDpgの代わりにL-4-hydroxyphenylglycine(Hpg)を含むtricyclic heptapeptideが得られたことから、BpsCとoxygenasesはいくらかの基質寛容性を示す。 --- [PMID: 17506888](2007) NRPS C domain subtypesの系統発生関係の再構築をしている報告。グリコペプチド系抗生物質のNRPSに含まれるC domain様区域(X*)は、2つのL-AAsの間のペプチド結合を触媒するC domainのsubtypeに関係し、祖先では追加のmoduleがあったと暗示される。 Figure 4の系統樹にこのentryも含まれる。
Related Reference	ACC Q70AZ6 NITE Teicp2_00210 PmId [25686610] X-domain of peptide synthetases recruits oxygenases crucial for glycopeptide biosynthesis. (Nature. , 2015) [26549530] Sequential In Vitro Cyclization by Cytochrome P450 Enzymes of Glycopeptide Antibiotic Precursors Bearing the X-Domain from Nonribosomal Peptide Biosynthesis. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2015) [27213615] Regulation of the P450 Oxygenation Cascade Involved in Glycopeptide Antibiotic Biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2016) comment BLAST id76% Actinoplanes teichomyceticus ATCC 31121株_tcp ORF12 Non-ribosomal peptide synthetase --- [PMID: 25686610](2015) SUPPLEMENTARY INFORMATION内のリストにこのUniProt entryの記載があるが、同グループの他論文(PMID: 25358800, 25586301)ではDSM43866株を使用してATCC 31121株由来のgene nameを採用している混乱があるため、同様の可能性あり。 X-domainの結晶構造解析や相互作用の実験から、X-domainがcytochrome P450(oxy genesでコードされる)による架橋形成に関与することがわかった。 --- [PMID: 26549530](2015) abstract + supporting information PMID: 25686610の続報。同様にsupporting informationでこのUniProt entryの記載あり。その他タンパクもATCC 31121株のentriesを採用している。

PKS/NRPS Module

A	7		L-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)

C	15..310

A	494..894

PCP	976..1043

X	1057..1355

TE	1624..1841

Sequence

>non-ribosomal peptide synthetase [putative non-ribosomal peptide synthetase, module 7]
MTIDDTRAKPRSSVEDVWPLSPLQEGMLYHTALDDDGPDTYTVQTVYGIDGPLDAGRLRA
SWQALVDRHAALRAYFRYVSGAQMVQVIAREAEIPWRETDLHGLPDDLLDSEVDRLAADE
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LVEVGTGGDVVPAQSVEHLRRAVPGLRVRNTYGPTETTLCATWKPIEPGEEVGRELPIGR
PMTNRRIYILDAFLRPVAPGVAGELYIAGTGLARGYLGGPGLTAERFVAVPASVDPSPGE
RMYRTGDLARWNRDGEVVFLGRTDDQVKIRGYRVELGEVEAVLAAQRGVVEAVVVAREDQ
PGEKRLVGYFISDGTDAGPAEIRREMALVLPAYMVPLAVVALPALPVTPNGKVDRLALPA
PDLVGRAPDRAQESETEKVLCALFAEILGVDRVGVDDAFHDLGGSSALAMRLIARIREEL
GADLPIRQLFSAATPAGVARALAAKSRPALEPAERPGRVPLTAQQLSAWLLASPGEAAGL
HVSVALRLRGRLDVPALEAALGDVAARHEILRTTFPGHAQSVHQHVHDASPVDLTPVPAT
EESLPGLLTELRESVFDLTREVPWRGDLFRLSDGEHVLHLMVHRILADDESLDVFLRDLS
AAYGARRAGRAPERAPLTLQFADYAIWERRLLEGERDADGLINEQLVFWRDNLAGIHGET
VLPFDRPRSAVASRRAGTVSLRLDAGPHARLVEAVDPIGAHPFQIVHAALAMLLTRLGAG
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VPFARIVELLDLPVSLSRHPVFQVGLEVHEEDLGAWDATELPALRTSVEPVGPEAIELDL
AFRLTERRDEDGIEGTLHYAADLFDQATAESLARRLVSFLEQVAEDPQRRVSDLDVLLDD
AERERPAEAPAKWSEAVPPVAADLAEGGPLGALVLDDRLRPAVAVGELYLTGAAVDAEPG
DRTLACPFGATGRRMLPTGLLARWTAGGTLVVVGERRGSSGSVKTGTGDFEVLLPLRAGG
NRPPLYCVHASGGLSWNYAPLLRSLPPNQPVYGVQARGLARTEPLAAGVEEMAADYVEQI
RAVQPTGPYHLLGWSLGGRIAQEMARVLEEQGEQVGLLALLDAYPTDVGRLRRPRGDAAD
QEAADFDRQQEQQAQLAAAVATEAGARKRLDEVMEHLARVGPLHTSRSFGCDILLFVATV
NRPSHLPVADAIASWRPLTTGTVEPHEIEIDHMQMLQPAALARIGAVVAEKLRPRPDGER
TQR

>non-ribosomal peptide synthetase [putative non-ribosomal peptide synthetase, module 7]
GTGACCATTGACGACACTCGTGCGAAGCCGCGCTCCAGCGTGGAAGACGTCTGGCCCCTC
TCGCCGCTGCAGGAGGGCATGCTCTATCACACCGCCCTCGACGACGACGGGCCCGACACC
TACACGGTGCAGACCGTGTACGGCATCGACGGCCCGCTGGACGCCGGGCGGCTGAGGGCG
TCGTGGCAGGCGCTCGTGGACCGGCATGCCGCGCTGCGGGCCTATTTCCGCTATGTCAGC
GGCGCGCAGATGGTGCAGGTCATCGCGCGGGAGGCGGAGATCCCCTGGCGTGAAACGGAT
CTCCACGGGCTGCCGGACGACCTCCTCGACAGCGAGGTGGACCGGCTGGCGGCGGACGAG
CTGGCCGAGCGGCTCCCCCTCGATGCGGCACCGCTGATGAAGCTGCACCTCATCCGGCTC
GGCCCGGCCAGCCACCGGCTCGTGCACACCCTGCACCATGTCCTGCTGGACGGCTGGTCG
ATGCCGATCCTGCACCGCGAGCTGGCCGCGATCTACGCGGCGGGCGGCGACGCGTCCGGG
CTGCCTGCCGCCGTGTCCTACCGGGACTACCTCGCCTGGCTGGGCCGGCAGGACAAGGAG
GCGGCCCGGGCGGCCTGGCGGCAGGAGCTCGCCGGACTGGACACGCCCACGCTGGTCGCC
CCGGCCGATCCGGCCCGCGTGCCGGACATGGGCACCGCGGTGATCGAGCTCTCCGCGGAG
CTGACGGACGGGCTGGCGCGGCTGGCGCGCGGCCACGGCCTCACCTTGAACACCGTCGTC
CAGGGTGCGTGGGCCATGGTCCTGGCGCAGCTCGCCGGCCGCACCGACGTGGTGTTCGGC
GCGACCGCCTCGGGGCGGCCCGCCGAGCTGGCCGGTGTGGAGTCGATGGTCGGGCAGCTG
CTCGGCACCCTGCCGGTACGGGTCCGGCTCGAAGGCGGCCGGCGGGTCGTCGAGCTGCTC
GCCGAGCTGCAGCGCAGCCAGTCGGCACTCATGGCGCACCAGCATCTCGGCCTGCAGGAG
ATGCAGGCCGCCGTCGGGCCCGGGGCGGTCTTCGACACGCTCGTCATCTACGAGAACTTC
CCGCGCCAGGGACTCGGCCGGGCCGAAGAGGACGGCGGCCTGGACCTGAGACCGGTGCGG
CGCGGACGCAACTCCTCGCACTACCCGTTCACCCTGATCACCGGGCCCGGCGCGCAGATG
CCGCTCATCCTCGACTACGACCGCGGCCTCTTCGACGAGGCGGCCGCCGAATCGGTCGTG
GGCGCGCTGGCTCGCGTGCTTGAGCGGCTGGTCGCCGAGCCCGACGTCCTCGTCGGCCGG
CTGACGCTGCTGAGCGAAGCCGAGCGCGCCCTGGTGGTGGAGGACTGGAACGCGACGGCG
GGCCCCACGCCGGGGCAGTCCGTGCTCGATCTCTTCGGACGGCGGGTGGCCACGGCGCCG
GACGCGGTGGCGATCACCGATGCCGGCGGCGCGGACCTGACCTACGCCGAGGTCGACCAG
GCGGCGAACCGGCTGGCCCGCCACCTCGCCGCTCGTGGCATCGGCCGTGGCGACCGCGTC
GGCGTGGTCATGGACAGGTCGCCTGACCTGCTGATCGCGTTCCTGGCGAGCTGGAAGGCG
GGCGCCGCGTACGTCCCGGTGGACGTCGAGCACCCGGCCGAGCGGATCGAGTTCGTGCTC
GCCGACTCCGGTGTCTCGGCCGTCCTGTGCACCCGGGCCACCAGGGAAGTGGCGCCGGCG
GACGCGATCGTCATCGACGCCCCGGAGACCCGCGCGGCCATCGACGCGGGTGCCGCCACG
GCGCCGCAGATCCGGCTGAGCGCCGACGACCTGGCGTACGTGATGTACACCTCCGGCTCC
ACCGGCCTGCCGAAGGGGGTGGGCGTCCCCCATGGGGCCGTGGCCGGCCTGGCGGGCGAC
GAGGGCTGGCGGATCGGCCCGGGCGACGCCGTGCTGATGCACGCGACGCACGTCTTCGAC
CCTTCGCTCTACGCGATGTGGGTGCCGCTCGCCATGGGTGGCCGGGTCGTGCTCACCGAG
CCGGGAGTGCTGGACGCGCTCGGGATGAGACAGGCCGTCGAACGGGGCGTGACCTTCGTC
CATCTCACCGCCGGTACCTTCCGGGCCCTCGCGGAGTCGTCCCCGGAGTGTTTCGCGGGC
CTGGTCGAGGTCGGGACCGGTGGTGACGTGGTTCCGGCGCAGTCCGTGGAGCACCTGCGG
CGGGCCGTGCCCGGCCTGCGGGTGCGCAACACGTACGGACCGACCGAGACCACCCTGTGC
GCGACGTGGAAGCCGATCGAGCCCGGCGAGGAGGTCGGGCGGGAGCTGCCGATCGGCCGT
CCCATGACCAACCGCAGGATCTACATCCTGGACGCCTTCCTGCGCCCGGTCGCGCCGGGG
GTGGCGGGCGAGCTGTACATCGCGGGCACCGGGCTGGCCCGCGGGTATCTCGGCGGGCCG
GGCCTGACGGCAGAGCGGTTCGTGGCCGTTCCGGCCTCCGTGGACCCTTCTCCTGGTGAG
CGCATGTACCGCACCGGCGACCTGGCGCGCTGGAACCGCGACGGCGAGGTGGTGTTCCTC
GGCCGCACCGACGACCAGGTGAAGATCCGCGGCTACCGGGTGGAGCTCGGCGAGGTGGAG
GCCGTGCTGGCGGCCCAGCGCGGCGTGGTCGAGGCGGTCGTCGTGGCGCGGGAGGACCAG
CCGGGCGAGAAGCGCCTGGTCGGCTACTTCATCTCCGACGGAACCGATGCGGGGCCGGCG
GAGATCCGGCGGGAGATGGCCCTGGTCCTGCCCGCGTACATGGTTCCCCTGGCGGTCGTC
GCCCTGCCCGCGCTGCCTGTCACGCCCAACGGCAAGGTGGATCGCCTGGCTCTGCCCGCC
CCCGATCTCGTGGGACGTGCGCCGGACAGGGCACAGGAGAGCGAGACCGAGAAGGTGCTG
TGCGCGCTCTTCGCCGAGATCCTCGGCGTCGACCGGGTGGGCGTCGACGACGCCTTCCAT
GATCTCGGCGGCAGTTCGGCACTGGCCATGCGGCTCATCGCGCGGATCCGTGAGGAGCTC
GGTGCGGACCTGCCCATCCGGCAGCTGTTCTCCGCGGCCACCCCCGCGGGTGTCGCCCGG
GCGCTGGCCGCGAAGTCACGCCCCGCGCTGGAGCCCGCCGAACGGCCGGGCCGGGTACCG
CTCACCGCCCAGCAGCTCAGCGCCTGGCTGCTGGCGAGTCCCGGGGAGGCCGCCGGCCTG
CACGTCTCGGTCGCGCTGCGCTTGCGCGGCCGGCTGGACGTGCCCGCGCTGGAGGCGGCG
CTCGGCGACGTCGCGGCGCGGCACGAGATTCTCCGGACGACCTTCCCCGGCCACGCGCAG
AGCGTTCACCAGCACGTACACGACGCCTCGCCGGTTGACCTGACGCCGGTTCCCGCCACC
GAGGAGAGCCTGCCCGGGCTGCTCACCGAGCTGCGGGAGTCGGTCTTCGACCTCACCCGG
GAGGTGCCGTGGCGCGGTGACCTGTTCCGGCTCTCCGACGGGGAACACGTCCTGCACCTG
ATGGTGCACCGGATCCTCGCCGATGACGAGTCGCTGGATGTGTTCCTCCGGGACCTGTCG
GCGGCGTACGGCGCGCGGCGTGCCGGCCGGGCACCGGAGCGGGCGCCCCTGACACTGCAG
TTCGCCGACTACGCGATCTGGGAGCGGCGCCTGCTCGAAGGCGAGCGCGATGCGGACGGC
CTGATCAACGAGCAGCTGGTGTTCTGGCGCGACAATCTGGCGGGCATCCACGGGGAGACG
GTGCTCCCGTTCGACCGCCCCCGGTCGGCCGTCGCGTCGCGGCGGGCCGGCACGGTGTCG
TTGCGACTGGACGCCGGCCCGCACGCCAGGCTGGTGGAGGCGGTGGACCCGATCGGCGCG
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ATGATCGGGCCCTTCGCCCGGCCGCTCGCCCTGCGCACGGACCTCTCGGGCGACCCCACC
TTCCTGGAGGTCGTCACCCGGGCGCAGGAGGCGATCCGGTCCGCGCGCCAGCACCTGGAC
GTGCCCTTCGCCAGGATCGTCGAGCTGCTCGACCTGCCGGTCTCGCTCTCCCGCCATCCC
GTGTTCCAGGTGGGGTTGGAGGTGCACGAGGAGGACCTCGGCGCGTGGGACGCGACGGAG
CTGCCCGCCCTGCGCACCAGCGTCGAACCTGTCGGGCCGGAGGCCATCGAGCTGGATCTG
GCGTTCAGGCTCACCGAGCGCCGCGACGAGGACGGCATCGAGGGCACCCTCCACTATGCC
GCCGACCTCTTCGATCAGGCCACGGCCGAGTCGCTGGCACGGCGGCTGGTCAGCTTCCTG
GAGCAGGTGGCGGAGGATCCCCAGCGGCGCGTCAGCGACCTGGACGTCCTGCTGGACGAC
GCCGAACGCGAACGTCCGGCCGAGGCGCCGGCGAAGTGGTCCGAGGCCGTGCCCCCGGTG
GCCGCCGACCTGGCCGAGGGCGGTCCGCTCGGCGCGCTCGTGCTCGACGACCGGCTGCGC
CCCGCCGTCGCCGTCGGCGAGCTCTACCTCACCGGCGCGGCGGTGGACGCGGAGCCGGGC
GACCGGACCCTGGCCTGCCCCTTCGGGGCCACGGGGCGGCGCATGCTGCCCACGGGCCTG
CTCGCCCGCTGGACAGCCGGGGGCACCCTGGTCGTCGTCGGCGAGCGGCGGGGATCGAGC
GGCTCGGTGAAGACCGGCACGGGCGACTTCGAGGTGCTGCTGCCGCTGCGAGCCGGCGGT
AACCGTCCGCCGCTGTACTGCGTCCATGCGAGCGGAGGGCTGAGCTGGAACTACGCGCCC
CTGCTGCGGAGCCTGCCCCCCAACCAGCCGGTCTACGGCGTGCAGGCGCGCGGCCTGGCT
CGTACGGAGCCGCTGGCGGCCGGCGTCGAGGAGATGGCGGCCGATTACGTCGAGCAGATC
CGCGCCGTGCAGCCGACCGGGCCGTACCACCTCCTCGGGTGGTCACTGGGCGGGCGGATC
GCGCAGGAGATGGCCAGGGTGCTGGAGGAGCAAGGGGAGCAGGTCGGCCTGCTCGCCCTG
CTCGACGCCTATCCCACCGACGTGGGCAGGCTCCGGCGCCCGCGCGGCGACGCGGCCGAT
CAGGAGGCCGCGGACTTCGACAGGCAGCAGGAGCAGCAGGCGCAGCTCGCCGCCGCGGTG
GCCACGGAGGCCGGCGCCAGGAAGCGCCTGGACGAGGTCATGGAGCACCTCGCCCGGGTC
GGGCCGCTGCACACCTCCCGCAGCTTCGGCTGCGACATCCTGCTCTTCGTCGCCACAGTG
AACCGCCCCTCCCATCTGCCCGTCGCGGACGCCATCGCCAGCTGGCGACCCCTCACCACC
GGAACCGTCGAGCCTCACGAGATCGAGATCGACCACATGCAGATGCTGCAGCCCGCGGCG
CTGGCCCGGATCGGGGCCGTCGTCGCCGAGAAACTCCGGCCCCGGCCGGACGGTGAAAGG
ACACAGCGATGA

[7] C	15..310

[7] A	494..894

[7] L-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)	660..760

[7] PCP	976..1043

[7] X	1057..1355

[7] TE	1624..1841

[7] C	43..930

[7] A	1480..2682

[7] L-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)	1978..2280

[7] PCP	2926..3129

[7] X	3169..4065

[7] TE	4870..5523

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain) PF00501 AMP-binding IPR001031 Thioesterase (Domain) PF00975 Thioesterase IPR001242 Condensation domain (Domain) PF00668 Condensation IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain) PS50075 ACP_DOMAIN G3DSA:1.10.1200.10 ACP_like SSF47336 ACP_like PF00550 PP-binding IPR010071 Amino acid adenylation domain (Domain) TIGR01733 AA-adenyl-dom IPR020845 AMP-binding, conserved site (Conserved_site) PS00455 AMP_BINDING
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00210 A4092_00230