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A4092_00260 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39727
Entry nameA40926
Contig
Start / Stop / Direction47,934 / 46,327 / - [in whole cluster]
47,934 / 46,327 / - [in contig]
Locationcomplement(46327..47934) [in whole cluster]
complement(46327..47934) [in contig]
TypeCDS
Length1,608 bp (535 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative mannosyltransferase
Product (GenBank)putative mannosyltransferase
Gene
Gene (GenBank)dbv20
EC number2.4.1.-
Keyword
  • Dpg7
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003)
[17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007)
[25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015)
comment
[PMID: 12837387](2003)
Nonomuraea species ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。

dbv ORF20: mannosyltransferase

配列解析のみだが、ramoplanin gene clusterのORF19(ram19)、S. coelicolor homologとのalignmentから、protein mannosyltransferases familyに特有のmotifsを同定している。

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このORFの発現調節についての報告

[PMID: 17873036](2007)
RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv21-dbv20が同時転写されることを確認。
リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCRで調査されている。dbv20は影響を受けない。

--
[PMID: 25986904](2015)
dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。

dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference
PmId
[25878261] ( , )
comment
Actinoplanes sp. ATCC 33076由来ramoplanin生合成gene clusterにあるram29によってコードされるputative mannosyltransferaseの機能決定論文あり。

[PMID: 23892980](2013)
ramoplaninはdi-mannose部分のあるリポペプチド抗生物質である。ramo-orf29の不活化mutantでは、ramoplanin非産生だが、ramoplanin aglyconeを産生する。

[PMID: 25878261](2015)
ram29をdi-mannose部分を持たないenduracidin産生Streptomyces fungicidicusにおいて異種性発現し、monomannosylated enduracidin誘導体を産生させている。

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UniProtに該当entry見当たらないが、PMID: 12837387においてalignmentされているタンパクのひとつ。

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selected fasta
>putative mannosyltransferase [putative mannosyltransferase]
MSHITMTPPSACRDPAPAGRFPRWAVWRSPPGQPWWARPALLCIAATAAVLYAWNLPLVD
YAPRYSDAVKSMSENWKAFLYGTVDVQATYTLDKLAGAFVPQAISVKIFGFHAWALALPQ
VIEGVISVLVMYRIVRRWAGVVPGLLAAAVFTITPVAASMFGHSMADGALVMCLVLAVDS
YQRAVLEGRLRSLVWAGVWVGLGFQAKMLQAWMILPALAIGYLLSAPIGLRRRLQHLGIA
GVVTLVVSLSWITLYHVTPAADRPYISGTTNSSAAAMVFGYNGLGRLGINLPGALPPNYM
GSVIGPAPPKRSTQLPRPRPGMVIPEIGIEHGGGWGKLFGGRLGVASGWLYPLALMALLC
GLWWWRRAERTDPARGGMVMWGVWLLTFALPYSAVFVIPHSAYVAVLAPPVAALSGIGIV
MFWRAYRSGGRMAWIFPLAIVAELAWAVWLWSFYPTFLPWAMWGAVALGVVAVVALALAR
LVRPRRSSLVSAGLTIGVAAMLAAPATWSASVLDPRYGGSSFDANAGPAARTPGG
selected fasta
>putative mannosyltransferase [putative mannosyltransferase]
ATGTCGCACATCACCATGACTCCGCCGTCCGCGTGCCGGGACCCCGCACCCGCCGGCAGA
TTCCCCCGCTGGGCGGTGTGGCGCTCGCCGCCCGGCCAGCCGTGGTGGGCCCGGCCGGCG
CTGCTCTGCATCGCGGCCACGGCAGCGGTGCTCTACGCCTGGAACCTGCCGCTGGTCGAC
TACGCACCGAGATACTCGGACGCCGTCAAGAGCATGTCCGAGAACTGGAAGGCGTTCCTG
TACGGCACCGTCGACGTGCAGGCGACCTACACGCTCGACAAGCTCGCCGGGGCCTTCGTG
CCGCAGGCCATCTCGGTCAAGATCTTCGGCTTCCACGCCTGGGCCCTTGCCTTGCCGCAG
GTGATCGAGGGCGTGATCTCGGTGCTGGTGATGTACCGGATCGTGCGGCGATGGGCGGGC
GTGGTGCCAGGTCTGCTCGCCGCCGCCGTCTTCACCATCACCCCCGTGGCCGCGTCCATG
TTCGGGCACAGCATGGCCGATGGGGCGCTGGTCATGTGCCTGGTGCTCGCCGTCGACTCC
TATCAGCGGGCCGTGCTGGAAGGACGGCTGCGGTCGCTGGTCTGGGCCGGCGTCTGGGTC
GGGCTGGGTTTCCAGGCGAAGATGTTGCAGGCGTGGATGATCCTGCCCGCCCTGGCGATC
GGTTATCTCCTGAGCGCGCCGATCGGACTGCGCCGTCGGCTGCAGCACCTGGGGATCGCC
GGAGTGGTGACGCTCGTGGTGTCGCTGTCGTGGATCACGCTCTACCACGTCACTCCGGCC
GCCGACCGGCCCTACATCAGCGGCACCACGAACAGCAGCGCCGCCGCGATGGTGTTCGGG
TACAACGGTCTCGGACGCCTGGGCATCAATCTGCCCGGCGCCCTGCCGCCCAACTACATG
GGCTCGGTGATCGGCCCGGCGCCTCCGAAGAGATCGACGCAGCTGCCCCGGCCACGCCCT
GGCATGGTCATCCCCGAGATAGGCATCGAGCATGGGGGCGGCTGGGGCAAGCTGTTCGGC
GGCCGCCTCGGCGTCGCGTCCGGTTGGCTGTATCCGCTCGCGCTGATGGCTCTGCTGTGC
GGGCTGTGGTGGTGGCGCCGGGCCGAGCGTACCGACCCGGCACGCGGCGGAATGGTGATG
TGGGGCGTGTGGCTTCTCACCTTCGCCCTGCCCTACAGCGCGGTCTTTGTCATCCCGCAC
AGCGCATATGTGGCCGTACTCGCGCCGCCGGTAGCCGCTTTGTCCGGAATCGGCATTGTA
ATGTTCTGGCGGGCGTATCGGAGCGGAGGCAGGATGGCGTGGATATTTCCGCTCGCGATC
GTGGCCGAACTCGCCTGGGCCGTCTGGTTGTGGTCCTTCTACCCCACTTTTCTGCCGTGG
GCGATGTGGGGCGCGGTCGCGCTCGGCGTGGTCGCCGTCGTCGCGCTCGCGCTGGCGCGG
CTGGTCAGGCCCCGTCGTAGTTCGCTGGTCAGCGCCGGGCTCACCATCGGCGTCGCGGCC
ATGCTGGCCGCGCCCGCCACGTGGTCCGCATCCGTGCTCGACCCCAGGTACGGCGGCAGT
TCCTTCGACGCCAACGCCGGACCAGCGGCCCGGACACCCGGGGGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM
[36-58] Transmembrane (o-i) [78-100] Transmembrane (i-o) [110-132] Transmembrane (o-i) [139-161] Transmembrane (i-o) [208-230] Transmembrane (o-i) [237-259] Transmembrane (i-o) [343-365] Transmembrane (o-i) [377-399] Transmembrane (i-o) [404-426] Transmembrane (o-i) [433-455] Transmembrane (i-o) [460-482] Transmembrane (o-i) [489-511] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 12   
A4092_00250 A4092_00250   A4092_00270 A4092_00270
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