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A4092_00340 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39727
Entry nameA40926
Contig
Start / Stop / Direction65,248 / 66,843 / + [in whole cluster]
65,248 / 66,843 / + [in contig]
Location65248..66843 [in whole cluster]
65248..66843 [in contig]
TypeCDS
Length1,596 bp (531 aa)
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Category3.1 modification hydroxylation
Productputative hydroxylase
Product (GenBank)putative beta-hydroxylase
Gene
Gene (GenBank)dbv28
EC number
Keyword
  • Bht
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003)
[16499611] A derivative of the glycopeptide A40926 produced by inactivation of the beta-hydroxylase gene in Nonomuraea sp. ATCC39727. (FEMS Microbiol Lett. , 2006)
[17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007)
[25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015)
comment
[PMID: 12837387](2003)
Nonomuraea species ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。

dbv ORF28: beta-hydroxylase

balhimycin, chloroeremomycinの生合成において、Tyr → beta-hydroxytyrosine(Bht)への変換には3つの酵素を必要とするが、dbv and sta clustersには対応する遺伝子のhomologsがない。その代わり、beta-hydroxylateされたAA残基を骨格に含むchloramphenicol and ramoplanin clustersにhomologsがあるORF28を含む。配列解析のみ。

---
[PMID: 16499611](2006)
ORF28はputative hydroxylaseをコードする。ORF28のmutantはtyrosine部分でbeta-OH基を欠いているA40926のdesoxyderivativeを産生したので、ORF28がBht残基の形成に実際に関与することが実証された。また、このmutantに遊離Bhtを与えてもA40926産生は回復しないため、NRPS module 6の基質がBhtではなく遊離Tyrである可能性が示唆されるが、chlorinated Bhtである可能性も除外はできていない。

---
[PMID: 17873036](2007)
RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv24-dbv28が同時転写されることを確認。
リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCRで調査されている。dbv25 と dbv28は影響を受けない。

---
[PMID: 25986904](2015)
dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。

dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。

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selected fasta
>putative hydroxylase [putative beta-hydroxylase]
MSEELLFLRPDTIIEPLANRFYASMYATAPVTAAMNLAFRNLPMLESYLASPEWHFAAAR
DPKFRGGFFVNIEEQRKNEVEALLAAIRRDSADVLRFAEAIAEAEKIIREEATGYDLRPL
YPKLPPELSGLVEIAYDTGNAASLHFLEPLIYKSKAYAEDCQSVQLSVETGIERPFVMST
PRLPSPDVLELNIPFRHPGLEELFLSRIRPTTLAALREALELGDAEAARLADLLVPEPSL
ASDRHVAAGARIRYWGHACLLMQTPDVAIMTDPFISADTDATGRYTYNDLPDRLDYVLIT
HGHSDHLVPETLLQLRGRVGTFVVPRTSRGNLCDPSLALYLRSFGLPAIEVDDFDEIEFP
GGKIVSTPFFGEHADLDIRAKSTYWINLGGKSIWVGADSSGLDPVLYRHIRRHLGAVNIA
FLGMECDGAPLNWQYQPFITKALPKKMSDSRKMSGSNAEQAGAIVTELGAEEAYIYAMGE
ESWLGHVMATSYNEDSYQLQQIAEFEAWCSRKGVKAAHLLDQHEWHWSSSR
selected fasta
>putative hydroxylase [putative beta-hydroxylase]
ATGAGTGAGGAGCTCCTCTTCCTCCGGCCCGACACCATTATCGAACCGCTGGCCAACCGG
TTCTACGCCTCGATGTACGCGACGGCTCCCGTCACGGCCGCCATGAATCTCGCCTTCCGT
AACCTGCCGATGCTGGAGTCCTACCTCGCATCCCCGGAATGGCATTTCGCAGCCGCTCGC
GATCCGAAGTTCCGCGGCGGATTCTTCGTCAACATCGAGGAGCAGCGGAAGAACGAGGTC
GAGGCGCTGCTCGCTGCGATCCGGCGCGACAGCGCGGACGTGCTCCGGTTCGCCGAGGCG
ATCGCGGAGGCCGAGAAGATCATCCGCGAGGAAGCGACCGGATACGATCTCAGGCCGCTC
TACCCGAAGCTGCCTCCCGAGCTGTCGGGTCTGGTGGAGATCGCCTATGACACCGGCAAC
GCGGCCTCGCTGCACTTCCTGGAGCCGCTCATCTACAAGAGCAAGGCCTACGCCGAGGAC
TGCCAGTCCGTTCAGCTCTCCGTGGAGACCGGGATCGAGCGGCCGTTCGTGATGAGCACC
CCGCGACTGCCCTCACCCGACGTGCTCGAGCTGAACATCCCGTTCCGGCATCCGGGTCTG
GAGGAGCTCTTCCTGTCCAGGATCCGGCCCACCACCCTGGCCGCCCTCCGCGAGGCGCTG
GAGCTCGGCGACGCGGAAGCGGCGCGGCTCGCCGACCTGCTGGTCCCGGAGCCCTCGCTC
GCCTCCGACCGCCATGTCGCGGCCGGAGCCCGGATCCGCTACTGGGGGCACGCCTGCCTG
CTCATGCAGACGCCCGACGTGGCCATCATGACGGACCCGTTCATCAGCGCGGATACCGAC
GCGACCGGCCGCTACACCTACAACGACCTGCCTGACCGCCTCGACTACGTCCTCATCACG
CACGGGCATTCCGACCATCTGGTGCCCGAGACGCTGCTTCAACTGCGCGGCCGGGTGGGC
ACGTTCGTCGTGCCGCGAACCTCGCGCGGCAACCTGTGCGATCCTTCGCTGGCGCTCTAT
CTCAGAAGCTTCGGGCTGCCCGCGATCGAGGTGGACGATTTCGATGAGATCGAGTTCCCC
GGCGGGAAGATCGTCTCCACCCCGTTCTTCGGCGAGCACGCCGATCTCGACATCCGGGCC
AAGTCGACGTATTGGATCAACCTCGGTGGCAAGTCGATCTGGGTGGGCGCGGACTCCTCA
GGCCTCGATCCGGTTCTCTACCGCCATATCCGCCGGCATCTCGGCGCGGTCAACATCGCC
TTCCTCGGGATGGAATGCGATGGCGCGCCGCTGAACTGGCAGTACCAGCCGTTCATCACC
AAGGCGTTGCCGAAGAAGATGAGCGACAGCCGCAAGATGTCCGGCTCCAACGCGGAGCAG
GCAGGTGCGATCGTCACCGAGCTGGGCGCCGAGGAGGCGTACATCTACGCCATGGGGGAG
GAGAGCTGGCTGGGGCATGTCATGGCCACCAGCTACAACGAGGACTCCTACCAGCTCCAG
CAGATCGCCGAGTTCGAGGCATGGTGTTCCCGCAAGGGTGTGAAGGCCGCTCATCTGCTC
GACCAGCATGAGTGGCACTGGTCGTCATCCAGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001279 Beta-lactamase-like (Domain)
[255-306] 2.2e-05 PF00753
PF00753   Lactamase_B
IPR019204 Domain of unknown function DUF2070, membrane (Domain)
[312-490] 5.10000000000004e-35 PF09843
PF09843   DUF2070
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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