A4092_00330 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	64,354 / 65,187 / + [in whole cluster] 64,354 / 65,187 / + [in contig]
Location	64354..65187 [in whole cluster] 64354..65187 [in contig]
Type	CDS
Length	834 bp (277 aa)

Annotation

Category	3.2 modification methylation
Product	putative SAM-dependent N-methyltransferase
Product (GenBank)	putative methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)	dbv27
EC number	2.1.1.-
Keyword	Hpg1
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ64 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF27: methyltransferase 配列解析のみ。cep methyltransferaseへの高い関係性から、末端p-hydroxyphenylglycine (HPG)残基のN-メチル化を触媒しそうだと述べられている。 ----- このORFの発現調節についての報告 [PMID: 17873036](2007) RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv24-dbv28が同時転写されることを確認。リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCRで調査されている。dbv25 と dbv28は影響を受けない。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC O52805 NITE Chlor_00170 PmId [19389626] Structure and function of the glycopeptide N-methyltransferase MtfA, a tool for the biosynthesis of modified glycopeptide antibiotics. (Chem Biol. , 2009) comment BLAST id58% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.24 Orf16/MtfAに相当するentry. --- [PMIDなし]Expression and assay of an N-methyltransferase involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. Chem. Commun., 2000, p103-104 MtfA(ORF16)をクローニング、発現、精製して測定に使用。 N-demethylvancomycin, そのaglycone, 環化されていない線状heptapeptide, (R)- and (S)-leucineを基質としてメチル化の程度を確認。基質を2つ用いた競合実験の結果もふまえ、chloroeremomycinの生合成経路におけるN-メチル化はheptapeptide骨格の酸化的架橋形成の後、ring 4 disaccharideの付加の前に起こると示唆される。 --- [PMID: 19389626](2009) MtfAは、vancomycin骨格を持つchloroeremomycinと違いteicoplanin骨格を持つdesulfo-A47934とteicoplaninを、SAM依存的様式でメチル化することができた。さらにMtfAとMtfA複合体の結晶構造を解析している。
Related Reference	ACC R4T056 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id59% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_AORI_1490 vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1490(vmt): Methyltransferase mutant作成あり。vmt mutantはdemethylvancomycinを蓄積した。demethylvancomycinの生物活性はvancomycinに匹敵する。 demethylvancomycin or aglucovancomycinを基質として、異種性発現したAORI_1490はdimethylvancomycin or dimethylaglucovancomycinを生成した。2つのメチル基はLeuのN末にある。メチル化はin vitroでも抗菌活性に影響しなかった。

Sequence

>putative SAM-dependent N-methyltransferase [putative methyltransferase]
MISKAMHGPIRPARADTLLASVGERGILCDFYDENASEIFRDLEADAGGTEEAHGFAALV
RPESGAILELGAGTGRLTIPLLELGWEVTALELSTAMLTTLRTRLADAPADLRDRCTLVH
ADMTAFKLGERFGTAILSPSTIDLLDDADRPGLYSSVREHLRPGGRFLLGMANPDASGRQ
EPLERTQEFTGRSGRRYVLHAKVYPSEEIRDVTIHPADESADPFVICVNRFRVITPDQIA
RELEQAGFDVVARTPLPGVRNHELVLEAQWGSVEDAH

>putative SAM-dependent N-methyltransferase [putative methyltransferase]
ATGATAAGCAAAGCAATGCATGGACCGATTCGGCCCGCCCGCGCGGATACCCTGCTGGCC
TCGGTAGGCGAGCGAGGCATTCTGTGTGACTTTTACGACGAGAACGCCTCGGAAATCTTC
CGTGATTTGGAGGCGGACGCGGGCGGCACGGAAGAAGCCCACGGGTTCGCGGCGCTCGTC
CGCCCGGAGTCGGGGGCGATCCTGGAGCTCGGGGCCGGAACAGGCAGGCTGACGATTCCG
CTCCTGGAGCTCGGCTGGGAGGTGACCGCCCTCGAACTGTCGACCGCGATGCTCACCACC
CTGCGGACGCGGCTGGCGGACGCGCCGGCGGACCTCCGGGATCGGTGCACCCTCGTTCAC
GCGGACATGACCGCCTTCAAACTGGGAGAACGCTTCGGAACGGCGATTCTCAGCCCGTCC
ACGATCGACCTCCTGGACGATGCCGACAGACCAGGGCTGTACTCGTCGGTCCGTGAGCAT
CTGCGGCCCGGCGGGAGATTCCTGCTCGGCATGGCCAACCCCGACGCGTCCGGCAGGCAG
GAGCCGCTGGAGCGCACCCAGGAGTTCACGGGCAGGAGCGGCCGCCGATACGTGCTGCAC
GCCAAGGTCTACCCGTCGGAGGAGATCCGCGACGTGACCATTCATCCTGCGGATGAATCG
GCGGACCCCTTCGTCATCTGCGTCAATCGCTTCAGAGTCATCACCCCGGATCAGATAGCA
CGAGAGCTGGAGCAAGCCGGATTCGACGTGGTCGCGCGGACCCCACTGCCCGGGGTGCGT
AATCACGAACTGGTGCTGGAAGCGCAATGGGGCAGCGTGGAAGACGCGCATTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	No significant hit
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00320 A4092_00340