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A4092_00360 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39727
Entry nameA40926
Contig
Start / Stop / Direction69,089 / 69,514 / + [in whole cluster]
69,089 / 69,514 / + [in contig]
Location69089..69514 [in whole cluster]
69089..69514 [in contig]
TypeCDS
Length426 bp (141 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)Dbv30 protein
Gene
Gene (GenBank)dbv30
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003)
[17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007)
[25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015)
comment
[PMID: 12837387](2003)
Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。
A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。

dbv ORF30: 4HB-CoA thioesterase

配列解析のみ。

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このORFの発現調節についての報告

[PMID: 17873036](2007)
dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。

dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。

Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 と dbv30のpromoterに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。

よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。

--
[PMID: 25986904](2015)
dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。
これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。

dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。

dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。

close this sectionSequence

selected fasta
>hypothetical protein [Dbv30 protein]
MTSTSGRHLYHRQVRFSDIDAHGHVNNVRFLEYLEDAWIALYLDNAGPPQEDRDGLPAVG
FAVVRHEIFYRRPLRFRHGSVRVESWVTKVNRVTCEMAAQICSDGEVFVEARSMIMGFDT
HTAKPRRLTLHERTFLKRYLR
selected fasta
>hypothetical protein [Dbv30 protein]
ATGACGAGCACCTCCGGGCGGCACCTGTATCACCGCCAGGTGCGATTCTCCGATATCGAC
GCCCACGGCCACGTCAACAATGTGCGTTTCCTGGAATACCTGGAGGACGCCTGGATCGCC
CTCTATCTCGACAATGCGGGCCCGCCGCAGGAGGACCGCGACGGATTGCCCGCCGTGGGG
TTCGCCGTCGTGCGCCACGAGATCTTCTATCGGCGCCCGCTCAGGTTCCGGCACGGGTCG
GTGCGGGTCGAGTCGTGGGTGACCAAGGTGAACAGGGTGACCTGCGAGATGGCCGCGCAG
ATCTGCTCGGACGGGGAGGTGTTCGTCGAAGCCCGCTCGATGATCATGGGGTTCGACACG
CACACCGCCAAGCCGCGGCGCCTCACCCTGCACGAGCGCACCTTTCTCAAGCGTTACCTG
CGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
A4092_00350 A4092_00350   A4092_00370 A4092_00370
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