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A4092_00410 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39727
Entry nameA40926
Contig
Start / Stop / Direction73,534 / 74,820 / + [in whole cluster]
73,534 / 74,820 / + [in contig]
Location73534..74820 [in whole cluster]
73534..74820 [in contig]
TypeCDS
Length1,287 bp (428 aa)
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Category4.3 transport
Productputative transporter
Product (GenBank)putative integral membrane ion antiporter
Gene
Gene (GenBank)dbv35
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003)
[17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007)
[25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015)
comment
[PMID: 12837387](2003)
Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。
A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。

dbv ORF35: membrane ion antiporter

配列解析のみ。

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このORFの発現調節についての報告

[PMID: 17873036](2007)
dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。

dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。

Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。

よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。

--
[PMID: 25986904](2015)
dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。
これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。

dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。

dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference
ACC
Q939X8
NITE
Balhi_00270
PmId
[21690280] Self-resistance and cell wall composition in the glycopeptide producer Amycolatopsis balhimycina. (Antimicrob Agents Chemother. , 2011)
comment
BLAST id61%
Amycolatopsis balhimycina
Putative antiporter
orf7に相当するentry.

balhimycin生合成gene cluster内でグリコペプチド耐性に関与するかもしれない遺伝子として、orf7, vnlR, vnlS, vanYbを同定。

orf7はNa+/H+ antiporter geneに50%以上の相同性あり。
しかしorf7のin-frame deletion mutantは、balhimycinの産生と耐性に影響しなかった。
Family/Domain
FD
IPR006153
comment
[IPR006153] Cation/H+ exchanger (Domain)
Molecular Function
GO:0015299 solute:proton antiporter activity

close this sectionSequence

selected fasta
>putative transporter [putative integral membrane ion antiporter]
MIPPHTLLVFFVQAAALLLLALLLGRLAVRLGLAAVVGELCAGVILGPSVLGQVAPGAEQ
WLFPSPSSHMLDAVGQLGVLLLIGLTGAHLDLRLIRRQGATAVRVSAFGLVVPMALGIGA
GLLLPAEFRGTGGSAVFALFLGVTMCVSSIPVIAKTLMDMNLLHRNVGQLTLTAGMIDDA
FGWVLLSVVTAMATAGAGAGTVVLSIASLLGVIVFSVVIGRPAVRVALRTTEDQGVIAGQ
VVVLVLAAAAGTHALGLEPIFGAFVAGLLVSTAMPNPVRLAPLRTVTLGVLAPLYFATMG
LRVDLTALARPEVLAVGLLVLALAIIGKFLGAFLGAWTSRLSRWEALALGAGMNARGVIQ
MIVATVGLRLGVITDEIFTIIIVVAVITSLLAPPLLRLAMTRIEATAEEEARLLAYGLRP
GEAREDVR
selected fasta
>putative transporter [putative integral membrane ion antiporter]
ATGATCCCCCCGCACACGTTGCTGGTCTTCTTCGTTCAGGCTGCGGCCCTCCTGCTGCTC
GCGTTGCTCCTGGGCCGCCTGGCCGTACGGCTGGGCCTGGCGGCGGTCGTCGGCGAACTG
TGTGCCGGCGTCATCCTCGGCCCCTCCGTGCTGGGGCAGGTCGCGCCCGGGGCGGAGCAG
TGGCTGTTTCCCTCGCCGTCGTCACACATGCTGGACGCCGTCGGGCAGCTCGGCGTGTTG
TTGCTGATCGGCTTGACGGGCGCGCATCTGGATCTGCGGCTGATCCGGCGGCAGGGCGCC
ACGGCGGTGCGGGTGAGCGCCTTCGGGTTGGTCGTGCCGATGGCCCTCGGCATCGGCGCC
GGCCTGTTGCTGCCGGCCGAGTTCCGCGGGACCGGCGGCTCGGCCGTCTTCGCCCTGTTC
CTGGGGGTGACGATGTGTGTCAGCTCGATCCCCGTGATCGCCAAGACGCTGATGGACATG
AACCTGCTCCATCGCAACGTCGGCCAGCTCACGCTGACCGCCGGCATGATCGACGACGCC
TTCGGGTGGGTGCTGCTTTCGGTGGTGACGGCGATGGCCACCGCCGGAGCCGGTGCGGGG
ACCGTGGTGCTGTCGATCGCGTCGCTGCTCGGGGTGATCGTCTTCAGCGTCGTCATCGGC
AGGCCGGCGGTCCGGGTGGCGTTGCGGACGACGGAGGATCAGGGGGTGATCGCCGGCCAG
GTCGTGGTGCTGGTGCTCGCGGCCGCGGCCGGGACGCATGCGCTGGGCCTCGAACCGATC
TTCGGGGCCTTCGTCGCCGGGCTGCTGGTGAGCACGGCCATGCCGAATCCGGTCAGACTG
GCACCGCTGCGCACGGTGACGCTCGGGGTGCTGGCTCCCCTCTATTTCGCCACCATGGGC
CTGCGCGTCGATCTCACGGCCCTGGCGCGGCCGGAGGTGCTCGCCGTGGGGCTGCTGGTC
CTGGCCCTGGCGATCATCGGCAAGTTCCTGGGCGCCTTCCTGGGCGCCTGGACCAGCCGG
CTCAGCCGATGGGAGGCCTTGGCGCTGGGGGCGGGGATGAACGCCCGTGGCGTCATCCAG
ATGATCGTGGCGACGGTCGGCCTGCGGCTGGGGGTGATCACTGACGAGATCTTCACGATC
ATCATCGTGGTGGCGGTGATCACCTCTCTGCTCGCCCCGCCACTCCTGCGCCTGGCCATG
ACCAGGATCGAGGCCACCGCCGAGGAGGAGGCCCGCCTCCTCGCCTACGGGCTGCGCCCC
GGCGAGGCCCGGGAAGACGTACGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006153 Cation/H+ exchanger (Domain)
[16-397] 3.40000000000004e-59 PF00999
PF00999   Na_H_Exchanger
SignalP No significant hit
TMHMM
[5-24] Transmembrane (o-i) [31-53] Transmembrane (i-o) [73-95] Transmembrane (o-i) [102-124] Transmembrane (i-o) [134-153] Transmembrane (o-i) [166-188] Transmembrane (i-o) [198-220] Transmembrane (o-i) [241-263] Transmembrane (i-o) [278-300] Transmembrane (o-i) [313-335] Transmembrane (i-o) [377-399] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 11   
A4092_00400 A4092_00400   A4092_00420 A4092_00420
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