A4092_00420 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	75,642 / 74,887 / - [in whole cluster] 75,642 / 74,887 / - [in contig]
Location	complement(74887..75642) [in whole cluster] complement(74887..75642) [in contig]
Type	CDS
Length	756 bp (251 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative type II thioesterase
Product (GenBank)	putative type II thioesterase
Gene
Gene (GenBank)	dbv36
EC number
Keyword	type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ55 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF36: thioesterase 配列解析のみ。 ----- このORFの発現調節についての報告 [PMID: 17873036](2007) リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCRで調査されている。dbv36は影響を受けない。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC Q7BUF9 NITE Rifam_00540 PmId [19103602] Structure and functional analysis of RifR, the type II thioesterase from the rifamycin biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2009) comment BLAST id47% Amycolatopsis mediterranei_rifR RifR [Rifam_00540]type II thioesterase RifRは、acyl-CoAsよりもacyl carrier domainのphosphopantetheinyl armからのacyl unitsを加水分解する(Steady-state kinetics)。 helical lidの運動が、RifR active siteへの基質のアクセスを調節する(立体構造解析)。 RifRがCoA基質よりACP基質への反応を好むことは、type II thioesteraseがcarrier domainsから異常unitsを除くようなhousekeeping functionsをすると考えられていることに一致する。
Related Reference	ACC Q846W2 NITE Monen_00290 PmId [16984884] Identification of NanE as the thioesterase for polyether chain release in nanchangmycin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006) comment BLAST id45% Streptomyces cinnamonensis_monAX Thioesterase 対照実験として。 MonAXはdiketide-SNACを加水分解したが、polyether-SNACを加水分解しなかった。よって、polyether鎖の放出には関与しない。

Sequence

>putative type II thioesterase [putative type II thioesterase]
MSTWFRCFDRRPLATMRLICFPHAGGSAVFYRNWHRLAAPEIEVHAVQYPGRADRLHEPL
VGDAHRLAESVGRELRPLLDRPVALFGHSMGSLIAYETARLLTGSGIPPAHLFVSGGVAA
HDRGRLAHRVAPASEEALIDRLRLLGGTDAEALASAEFRAFALPYVRNDFQLVQSYRHTP
GPPLTVPITAFTGADDPVVRLDAVARWAELTAREFSCHVLPGGHFFLGHEQAALWAHLHA
RLGIATPAHCG

>putative type II thioesterase [putative type II thioesterase]
ATGTCCACCTGGTTTCGGTGTTTCGACAGGCGGCCGCTCGCCACGATGCGGCTGATCTGT
TTTCCGCACGCGGGCGGTTCGGCGGTCTTCTACCGGAATTGGCACCGGCTGGCCGCGCCG
GAGATAGAAGTGCACGCGGTTCAGTATCCGGGCCGCGCCGACCGGTTGCACGAACCCCTC
GTCGGTGATGCCCACCGGCTCGCGGAGTCGGTGGGGCGTGAGCTGAGGCCGCTCCTCGAC
CGGCCGGTGGCGCTGTTCGGGCACAGTATGGGCAGTTTGATCGCTTACGAGACGGCGCGG
CTTCTCACCGGGTCCGGTATCCCGCCGGCTCATCTCTTCGTCTCCGGAGGTGTGGCCGCG
CACGACCGTGGCCGTCTCGCGCATCGGGTGGCGCCGGCCTCCGAGGAGGCGCTCATCGAC
AGGCTGCGCCTGTTGGGCGGCACCGATGCCGAGGCGCTCGCGAGCGCGGAGTTCCGGGCG
TTCGCCCTCCCCTACGTGCGCAACGACTTCCAGCTCGTCCAGTCCTACCGCCACACGCCT
GGGCCGCCCCTGACGGTGCCGATCACGGCGTTCACCGGTGCGGACGATCCCGTCGTACGG
CTCGACGCGGTCGCGCGATGGGCCGAGTTGACGGCTCGGGAGTTCTCCTGCCACGTCCTG
CCCGGAGGCCACTTCTTCCTGGGGCACGAGCAGGCTGCTCTGTGGGCGCACCTGCACGCG
CGGCTGGGCATCGCGACCCCGGCCCACTGTGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001031 Thioesterase (Domain) PF00975 Thioesterase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00410 A4092_00430