A4092_00430 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	75,810 / 77,096 / + [in whole cluster] 75,810 / 77,096 / + [in contig]
Location	75810..77096 [in whole cluster] 75810..77096 [in contig]
Type	CDS
Length	1,287 bp (428 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative aminotransferase
Product (GenBank)	putative HpgT aminotransferase
Gene	dbv37 hpgT
Gene (GenBank)	dbv37
EC number	2.6.1.-
Keyword	Hpg Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ54 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF37: HpgT 配列解析のみ。 --- [PMID: 17873036](2007) リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCRで調査されている。dbv37は影響を受けない。 --- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC O52815 NITE Chlor_00180 PmId [11137816] Biosynthesis of L-p-hydroxyphenylglycine, a non-proteinogenic amino acid constituent of peptide antibiotics. (Chem Biol. , 2000) comment BLAST id79% Amycolatopsis orientalis PCZA361.25 --- [PMID: 11137816](2000) L-p-hydroxyphenylglycine(Hpg)はvancomycinグループの抗生物質のaglyconeで構造的役割をする。L-Hpgを生合成する経路に提唱された酵素の特徴づけを、chloroeremomycin生合成gene clusterのタンパクで確認している。 ORF17は多くのamino acid transaminasesに配列相同性があるので、p-hydroxybenzoylformate → L-Hpgへの変換を触媒するp-hydroxyphenylglycine transaminase (HpgT)であると仮定。 ORF17はHmoと同様にN末maltose binding protein(MBP) fusion proteinとして発現、精製し、補酵素PLPと共にアッセイに使用した。まず、HpgTにより L-Hpg + p-hydroxyphenylpyruvate → p-hydroxybenzoylformate + tyrosine をもたらす逆方向反応が実証された。次に順方向が検討され、p-hydroxymandelate(Hmo基質), L-tyrosine, Hmo, HpgTでの反応で、p-hydroxybenzoylformate(Hmo産物) と L-Hpgが形成された。また、HmaS基質であるp-hydroxybenzoylformateがHpgTの反応に関与することから、HmaS, Hmo, HpgTの3酵素による触媒サイクルが確立された。その他のアミノ供与体またはアミノ受容体で、HpgTの基質特異性が検討されている。3-Cl-L-tyrosineもアミノ供与体として受け入れられる。 prephenate ↓　prephenate dehydrogenase (ORF1) p-hydroxyphenylpyruvate ↓　4-hydroxymandelate synthase (ORF21, HmaS) L-p-hydroxymandelate ↓　p-hydroxymandelate oxidase (ORF22, Hmo) p-hydroxybenzoylformate ↓　L-p-hydroxyphenylglycine transaminase (ORF17, HpgT) + L-Tyr L-p-hydroxyphenylglycine + p-hydroxyphenylpyruvate --- [PMIDなし]Biosynthesis of the di-meta-hydroxyphenylglycine constituent of the vancomycin-group antibiotic chloroeremomycin. Chemical Communications(2001) 発現、精製してN末His-tag付きタンパクとして得たHpgT(ORF17)を L-di-meta-hydroxyphenylglycine (L-DHPG)、PLPなどと反応させると、di-meta-hydroxyphenylglyoxylic acidがもたらされた。この結果から、HpgTは既に報告されたp-hydroxyphenylglycine生合成での役割に加えて、L-DHPGへのアミノ基転移も担うことが示される。 --- （参照）Dpg(L-DHPG)生合成に関する論文で提唱されている経路は、 malonyl-CoA ×4 ↓ type III PKS DpgA 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA precursor ↓ dehydratases DpgB/D 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA) ↓ dioxygenase DpgC 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate(DPGx) ↓ aminotransferase DpgT(HpgT/Pgat) Dpg
Related Reference	ACC Q939Y4 NITE Balhi_00210 PmId [11495926] A polyketide synthase in glycopeptide biosynthesis: the biosynthesis of the non-proteinogenic amino acid (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (J Biol Chem. , 2001) comment BLAST id78% Amycolatopsis balhimycina_pgat Phenylglycine amino transferase balhimycinのaglycone構成アミノ酸(S)-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)の生合成についての報告。 DpgA, DpgB, DpgC, and DpgDによって産生される3,5-dihydroxyphenylglyoxylic acidにアミノ基を転移してDpgをもたらすtransaminase geneとしてpgatを調査。pgatは、chloroeremomycin生合成gene clusterの4-hydroxyphenylglycine (Hpg) aminotransferase gene hpgTに相当する。 in-frame deletionでPgatを不活化したmutant株JR1は、抗菌活性のある化合物を産生せず、3,5-dihydroxyphenylglyoxylic acidをwild株の10倍多く蓄積した。よってPgatはDpg生合成に関与する。また、mutant株JR1はHpg と Dpgの両方の補充でのみbalhimycin産生を回復したので、Hpg と Dpgの生合成に関与する二重機能が想定される。

Sequence

>putative aminotransferase [putative HpgT aminotransferase]
MDSHVLAHQLSKETLHGSLMDPAIESMNLLNEIAGNYPDAISMAAGRPYEEFFDVGLIHD
YLEAYRDHLRNDRRMDDAGISRMLFQYGTTKGIISDLVARHLAEDENIEADPASVVITVG
FQEAMFLVLRALRANERDVLLAPTPTYVGLTGAALLTDTPVWPVQSTDNGIDLDHLEHQL
KRAQDQGARVRACYVTPNFANPTGTSMDLPARHRLLEVAAAHGILILEDNAYGLLGQDRL
PTLKSLDHAATVVYLGSFAKTGMPGARVGYVVADQHVAGGGSLADELAKLKGMLTVNTSP
IAQAVIAGKLLRHDFSLARANARETAIYQRNLHLTLDELTRRLGAVPGVTWNAPTGGFFI
TVTVPFVVDDELLEHAARDHGVLFTPMHHFYGGKDGFNQLRLSISLLNPQLIEEGVSRLA
GLVTACLP

>putative aminotransferase [putative HpgT aminotransferase]
ATGGACTCCCACGTTCTCGCCCATCAATTGAGCAAGGAAACGCTGCACGGATCGCTGATG
GACCCGGCCATCGAGTCGATGAATCTACTGAACGAGATTGCCGGCAACTACCCCGACGCC
ATTTCCATGGCCGCGGGCCGGCCGTACGAGGAGTTCTTCGACGTCGGCCTCATCCACGAC
TATCTGGAGGCCTACCGCGACCATCTCCGCAACGACCGGCGGATGGATGACGCCGGGATC
AGCCGCATGCTTTTCCAATACGGGACCACGAAGGGGATCATCTCCGACCTTGTCGCCCGG
CACCTCGCCGAGGACGAGAACATCGAGGCCGACCCGGCCTCCGTGGTCATCACTGTGGGC
TTCCAGGAGGCCATGTTCCTGGTGCTTCGCGCGCTGCGAGCGAACGAGCGGGACGTCCTG
CTCGCCCCCACGCCCACCTACGTCGGCCTGACCGGAGCGGCGCTGCTCACCGACACCCCT
GTCTGGCCGGTCCAGTCCACCGACAACGGCATCGACCTCGACCACCTTGAGCACCAACTG
AAACGCGCCCAGGACCAGGGCGCCCGGGTCCGGGCCTGCTACGTGACCCCGAACTTCGCC
AACCCCACCGGCACCAGCATGGACCTGCCCGCCCGCCATCGCCTCCTGGAGGTCGCCGCG
GCCCACGGCATCCTGATCCTGGAGGACAACGCGTACGGACTCCTCGGCCAGGACCGCCTC
CCCACGCTGAAGTCCCTCGACCATGCGGCGACCGTCGTCTACCTCGGCTCCTTCGCCAAG
ACCGGCATGCCCGGCGCCCGGGTCGGCTACGTCGTGGCGGACCAGCACGTAGCGGGGGGC
GGCTCGCTCGCCGACGAGCTCGCGAAGCTCAAGGGCATGCTCACCGTGAACACCTCGCCC
ATCGCCCAGGCGGTGATCGCCGGCAAGCTGCTGCGCCACGACTTCAGCCTGGCCCGGGCC
AACGCCCGCGAGACCGCCATCTACCAGCGCAACCTCCACCTCACGCTGGACGAACTCACC
CGCCGGCTCGGCGCCGTCCCGGGAGTCACCTGGAACGCGCCGACGGGCGGGTTCTTCATC
ACCGTCACCGTGCCCTTCGTCGTGGATGACGAGCTGTTGGAACACGCTGCCCGCGATCAT
GGCGTTTTGTTCACGCCGATGCATCACTTCTATGGTGGGAAGGATGGGTTCAACCAGCTT
CGGCTGTCGATCAGCCTGCTCAACCCGCAACTGATCGAGGAGGGTGTCTCCCGGCTTGCC
GGGCTCGTCACCGCATGTCTCCCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004839 Aminotransferase, class I/classII (Domain) PF00155 Aminotran_1_2 IPR015421 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (Domain) G3DSA:3.40.640.10 PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1 IPR015422 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (Domain) G3DSA:3.90.1150.10 PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub2 IPR015424 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (Domain) SSF53383 PyrdxlP-dep_Trfase_major
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00420 A4092_00440