Chlor_00130 Chlor_00130   Chlor_00150 Chlor_00150

Chlor_00140 : CDS information

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Organism
StrainA82846UV37B
Entry nameChloroeremomycin
Contig
Start / Stop / Direction39,437 / 40,666 / + [in whole cluster]
5,193 / 6,422 / + [in contig]
Location39437..40666 [in whole cluster]
5193..6422 [in contig]
TypeCDS
Length1,230 bp (409 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productglycosyltransferase
Product (GenBank)PCZA361.21
GenegtfC
ORF13
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • L-4-epivancosamine
  • Hpg4
Note
Note (GenBank)
  • similar to glycosyltransferase
Reference
ACC
PmId
[9545426] Sequencing and analysis of genes involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. (Chem Biol. , 1998)
[9115410] Production of hybrid glycopeptide antibiotics in vitro and in Streptomyces toyocaensis. (Chem Biol. , 1997)
[11294642] Tandem action of glycosyltransferases in the maturation of vancomycin and teicoplanin aglycones: novel glycopeptides. (Biochemistry. , 2001)
[15070728] Characterization of a regiospecific epivancosaminyl transferase GtfA and enzymatic reconstitution of the antibiotic chloroeremomycin. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2004)
[16045364] A systematic investigation of the synthetic utility of glycopeptide glycosyltransferases. (J Am Chem Soc. , 2005)
comment
[PMID: 9545426](1998)
chloroeremomycin生合成 gene clusterの報告。

ORF13/GtfC(409aa): Glycosyl transferase

詳細記載は下記論文を引用。

---
[PMID: 9115410](1997)
・A82846B(chloroeremomycin)産生菌A. orientalis A82846由来 gtfA, gtfB, gtfC
・vancomycin産生菌A. orientalis C329.4由来 gtfD, gtfE
のクローニング、配列解析、E. coli発現して得た未精製抽出物を用いたGtfB, GtfEの活性測定など。

GtfCの機能を証明できるような実験結果は得られていない。配列解析からGtfCとGtfDは同様の機能を持ち、glucoseへepivancosamine or vancosamineを付加すると示唆されている。

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[PMID: 11294642](2001)
・chloroeremomycin産生A. orientalis A82846由来GtfB, C
・vancomycin産生A. orientalis ATCC19795由来GtfD, E
をコードする遺伝子をE. coliでサブクローニング、発現、精製し、活性の特徴づけをしている。

GtfC + vancomycin pseudoaglycone + UDP-4-epi-vancosamineから、vancomycinの4-epi-vancosamine誘導体であるepivancomycinが産生された。

---
[PMID: 15070728](2004)
GtfAをE. coliで発現、精製して特徴づけている。

・ heptapeptide vancomycin aglycone (AGV)
・ monoglucosyl-heptapeptide desvancosaminyl-vancomycin (DVV)
・ disaccharide-containing epivancomycin
という3つの候補基質の中でもっとも望まれたGtfAのacceptorはDVVであることが活性測定から示された。

DVVのglucosyl unitの2-OHに4-epi-vancosamineを移動するGtfDは、amino基によるOH基の置換のせいで2-amino-glucosyl-AGVには移すことができなかった。対してGtfAはそれができたので、glucosyl unitの2-OHではなく、Bht2 or Bht6に4-epi-vancosamineを移動すると示唆される。
この結果と過去の結晶構造解析から、GtfAはBht6のOH基に4-epi-vancosamine部分を位置特異的に移動する可能性が高い。

これを受けてDVV と dTDP-4-epi-vancosamineを使い、GtfA活性を測定した。この反応でchloroorienticin Bが産生された。さらにこのGtfA反応産物をGtfCでインキュベーションすると、chloroeremomycinが得られた。

これまでの調査でGtfBは AGV → DVVに変換することが示されているので、chloroeremomycinはheptapeptide骨格からGtfB → GtfA → GtfCの連続反応により、位置特異的なglycosylationで組み立てられることがin vitroで証明された。

heptapeptide vancomycin aglycone (AGV)

↓ GtfB + UDP-glucose [Hpg4]

monoglucosyl-heptapeptide desvancosaminyl-vancomycin (DVV)(vancomycin pseudoaglycone)

↓ GtfA + dTDP-4-epi-vancosamine [Bht6]

chloroorienticin B

↓ GtfC + dTDP-4-epi-vancosamine [Hpg4-glucose moiety]

chloroeremomycin

---
[PMID: 16045364](2005)
合成した様々なdTDP sugar donorsを用いてGtfA, GtfC, GtfDの基質特異性を調査している。

GtfCは、天然aglyconeであるchloroorienticin Bをacceptorとしたときは適度にゆるめられた基質特異性を示したが、そうではないvancomycin psudoaglyconeをacceptorとしたときは天然基質のNDP sugarに近しく関連したdonorsしか利用できなかった。

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selected fasta
>glycosyltransferase [PCZA361.21]
MRVLLSTAGSRGDVEPLVALAVRLQGLGVEARMCASPASAERLAEVGVPHVPVGLQLEGM
LLQEGMPPPSPEEERRLAAKAIDMQFDEVPAAAEGCAAVVAAGELAAAAAVRSVAEMLGI
PYFYAAYSPNYLPSPHHAPPEDERTTPGVTDNKVLWDERGQRFAKRYGDTLNSRRASVGL
PPVEDVFGYGYSERPWLATDPILAPLPPDFDAVQTGTWILPDERPLSAELEAFLAAGSPP
VYLGFGSASGPGIDDAARVAIEAIRAHGRRIVLLSGWADLVRPDDGADCFSVDEVNLQVL
FSRAAAAIHHGSAGTEHLATLAGIPQIVIPRHTDQPYYAERVADLGIGVALEGPVPTFDA
MSAAVATALAPETRARATAVAGTIRTDGAAVAARLLLDAVSREKSAVLA
selected fasta
>glycosyltransferase [PCZA361.21]
ATGCGTGTGTTGTTGTCGACGGCTGGCAGCCGCGGAGACGTCGAACCGCTGGTGGCATTG
GCGGTTCGGCTGCAGGGGCTCGGCGTGGAGGCACGGATGTGCGCATCGCCGGCCTCCGCG
GAGCGGCTGGCCGAGGTAGGTGTGCCGCACGTGCCGGTCGGCCTGCAGCTGGAGGGCATG
CTGTTGCAGGAGGGGATGCCGCCGCCGTCGCCCGAGGAGGAGCGCCGGCTCGCGGCCAAG
GCGATCGACATGCAGTTCGACGAGGTCCCCGCGGCTGCCGAAGGGTGTGCCGCGGTGGTG
GCGGCCGGCGAGCTGGCCGCCGCGGCCGCCGTGCGGTCGGTGGCCGAGATGCTGGGCATT
CCCTACTTCTACGCCGCCTACAGTCCGAACTATCTGCCGTCGCCGCACCACGCGCCGCCC
GAGGACGAGCGGACCACGCCGGGCGTGACCGACAACAAGGTGCTGTGGGACGAGCGTGGC
CAGCGTTTTGCCAAGCGGTACGGGGACACGCTCAACAGCAGGCGGGCCTCGGTCGGCCTG
CCACCGGTTGAGGACGTCTTCGGCTACGGCTACTCCGAGCGGCCCTGGCTGGCGACGGAC
CCGATCCTGGCCCCGCTGCCGCCGGATTTCGACGCCGTGCAGACCGGTACGTGGATCCTG
CCGGACGAACGGCCGCTTTCCGCGGAGCTGGAGGCGTTTCTGGCTGCCGGGTCACCGCCG
GTGTACCTGGGGTTCGGCAGCGCGTCCGGACCTGGCATCGATGACGCCGCGAGGGTGGCC
ATCGAGGCGATCCGTGCCCATGGCCGCCGGATCGTCCTGCTCAGCGGCTGGGCCGACCTG
GTCCGGCCCGACGACGGGGCGGACTGCTTCTCCGTCGACGAAGTGAATCTTCAGGTCCTG
TTCAGCCGGGCGGCCGCCGCCATCCACCACGGCAGCGCGGGCACCGAGCACCTGGCCACG
CTGGCCGGCATCCCGCAGATCGTGATTCCTCGGCACACGGACCAGCCGTACTACGCCGAA
CGAGTGGCTGACCTGGGTATCGGCGTGGCACTCGAGGGTCCGGTCCCGACCTTCGACGCG
ATGTCGGCCGCGGTCGCCACGGCCCTTGCCCCGGAAACCCGCGCGCGTGCGACGGCCGTG
GCAGGCACGATCCGCACCGACGGGGCAGCGGTGGCCGCGCGGTTGCTGCTCGACGCGGTC
AGCCGGGAAAAGTCGGCTGTTCTCGCGTAA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain)
[3-134] 2.6e-28 PF03033
PF03033   Glyco_transf_28
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Chlor_00130 Chlor_00130   Chlor_00150 Chlor_00150
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