Chlor_00200 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	A82846UV37B
Entry name	Chloroeremomycin
Contig	AJ223998
Start / Stop / Direction	46,005 / 47,747 / + [in whole cluster] 11,761 / 13,503 / + [in contig]
Location	46005..47747 [in whole cluster] 11761..13503 [in contig]
Type	CDS
Length	1,743 bp (580 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative L-tyrosine--PCP ligase/peptidyl carrier protein putative L-tyrosyl-PCP synthetase/peptidyl carrier protein
Product (GenBank)	PCZA361.18
Gene	cepK ORF19
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	Bht
Note
Note (GenBank)	similar to peptide synthetase
Reference	ACC O52803 PmId [9545426] Sequencing and analysis of genes involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. (Chem Biol. , 1998) [12596194] Vancomycin assembly: nature's way. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2003) [21890635] Role of MbtH-like proteins in the adenylation of tyrosine during aminocoumarin and vancomycin biosynthesis. (J Biol Chem. , 2011) comment [PMID: 9545426](1998) chloroeremomycin生合成 gene clusterの報告。 ORF19(580aa): Peptide synthetase 配列解析のみ。 --- [PMID: 12596194](2003) グリコペプチド系抗生物質の生合成に関するレビュー。 chloroeremomycin-producing (Cep) A. orientalis由来約40genesのうち、明らかにグリコペプチド生合成経路に割り当てられる30genesを、タンパク名、予測された or 知られた機能、酵素活性の補助基質・補因子などと共にリスト化している。 >Orf19 metabolic pathway : beta-hydroxytyrosine protein name : CepK function : NRPS cofactors or cosubstrates : CoA, ATP クローニングと精製はされたことがあるが、解析はされていない。 --- [PMID: 21890635](2011) aminocoumarin抗生物質やグリコペプチド系抗生物質の生合成において、Tyrアデニル化酵素はその活性にモル比率1:1のMbtH-like proteinを必要とする。 Tyrアデニル化酵素として使用されているPCZA361.18がこのORFに相当する。対応するMbtH-like proteinとして使用されているOrf1vanは、vancomycin cluster gene(Vanco_00110)である。
Related Reference	ACC Q939Y2 NITE Balhi_00230 PmId [11932455] Nonribosomal biosynthesis of vancomycin-type antibiotics: a heptapeptide backbone and eight peptide synthetase modules. (Microbiology. , 2002) [20519494] Structural characterization of OxyD, a cytochrome P450 involved in beta-hydroxytyrosine formation in vancomycin biosynthesis. (J Biol Chem. , 2010) comment BLAST id85% Amycolatopsis balhimycina_bpsD Peptide synthetase --- [PMID: 11932455](2002) balhimycin生合成gene clusterにおけるbpsA, bpsB, bpsC, bpsD, orf1の同定。遺伝子置換によるbpsD mutantはbalhimycinを産生しないが、遺伝子補完により回復する。さらにBpsDの基質認識部位を様々なA domainの基質認識部位と比較したところ、tyrosineに特異的なdomainとクラスター形成したので、BpsDはchloro-beta-hydroxytyrosineの生合成に関与すると予測し検証した。bpsD mutantはbeta-hydroxytyrosine補充によってbalhimycin産生を回復したので、BpsDはbeta-hydroxytyrosine合成に関与する。 --- [PMID: 20519494](2010) 発現・精製して得たOxyDとBpsD_PCP domainを滴定し、P450吸収スペクトルのシフトで基質結合を確認している。OxyDはBpsD_PCPに結合したアミノ酸を、基質として結合する。

PKS/NRPS Module

B	1		tyrosine

A	36..428

PCP	509..576

Sequence

>putative L-tyrosine--PCP ligase/peptidyl carrier protein [PCZA361.18]
MTGEAQPPSTAPALFEATAAAVPDRPAVAMGTTTLTYAELNGEANLLAHRLVEHGVGPEK
LVALAMPRSVEFVIAILAVHKAGAAYVPVDPDYPEDRRRHMLDDTSAHCLLALPGQDVAG
APVVMSVERQAGLSAPNLTDQDRLGPLLPDHPAYVIYTSGSTGQPKGVLVTHRGIPNLAD
DYVRRQNLVPDSRLLAFASPSFDAAVAEFWPIWLAGGCLVLAPASDLIPGEPLARLVRDQ
RITHVTLPPSALAPLEEGGGLPPGLTLLVAGEACPAPVAKSWARDRVMINAYGPTEATVA
VTASDPLTGEGTPPIGRPITGVSTYILDDRLHPVPDGDVGELYMTGPGLARGYLRRPAAT
AERFLPNPFGGPGERMYRTGDRVWAGSDGQLVFVGRVDDQLKVRGHRIEPGEVESALLAV
DGVAQAVVTEHDNRLVAYVVGAGGARVAAEDLLPPLRKQLPGYLVPDVVVGLPRLPTSPN
GKVDRAALPDPDADGAERATSGRAPSTPTEIRLAELFAEVLSVSSVGVDDSFFDIGGHSL
LATRLVARIRESLQVRLRVQAFFNAPSVAQLAKVLDGAST

>putative L-tyrosine--PCP ligase/peptidyl carrier protein [PCZA361.18]
ATGACCGGCGAGGCACAGCCGCCATCCACTGCGCCCGCGTTGTTCGAGGCGACCGCCGCC
GCGGTGCCGGACCGGCCGGCCGTGGCGATGGGAACCACCACGCTGACCTACGCAGAGCTG
AACGGGGAGGCCAATCTCCTCGCGCACAGGCTCGTCGAGCACGGGGTGGGCCCGGAAAAG
CTTGTCGCACTGGCGATGCCGCGGTCGGTCGAGTTCGTCATCGCGATCCTGGCCGTGCAC
AAGGCAGGTGCCGCGTACGTGCCCGTCGACCCGGACTATCCGGAGGACCGCAGGCGGCAC
ATGCTCGACGACACCTCAGCGCATTGTCTTTTGGCCCTGCCCGGGCAGGATGTGGCCGGT
GCGCCGGTTGTGATGAGCGTGGAACGTCAGGCAGGCCTGTCCGCGCCGAACCTGACCGAC
CAGGACCGGCTCGGCCCGTTGCTTCCCGATCACCCCGCGTACGTCATCTACACGTCGGGC
TCGACTGGGCAGCCGAAAGGCGTACTGGTCACGCACCGCGGCATCCCGAACCTGGCCGAC
GACTACGTGCGCCGCCAGAACCTGGTGCCGGACAGCAGGTTGCTGGCTTTCGCGTCACCT
AGCTTCGACGCCGCCGTCGCCGAGTTCTGGCCGATCTGGCTGGCCGGTGGCTGCCTGGTG
CTTGCTCCCGCGTCGGACCTGATCCCCGGCGAGCCGCTCGCCCGGCTGGTGCGCGACCAG
CGGATCACCCACGTCACGTTGCCGCCGTCCGCACTGGCACCGCTCGAGGAAGGCGGCGGC
CTGCCCCCGGGACTGACCCTCTTGGTCGCGGGCGAGGCGTGCCCGGCTCCGGTCGCGAAA
AGCTGGGCACGCGACCGCGTCATGATCAACGCGTACGGCCCGACCGAGGCCACGGTCGCG
GTGACCGCGAGCGACCCGCTGACCGGCGAAGGCACGCCGCCGATCGGCAGGCCGATCACC
GGCGTGAGCACGTACATCCTGGACGACCGGCTGCACCCCGTTCCGGACGGGGACGTGGGC
GAGCTGTACATGACCGGCCCTGGCCTTGCCCGCGGTTACCTGCGCAGACCGGCCGCGACC
GCGGAGCGGTTCCTGCCGAATCCCTTCGGTGGCCCGGGTGAGCGCATGTACCGCACCGGC
GACCGGGTGTGGGCGGGTTCGGACGGGCAGCTCGTGTTCGTCGGCCGCGTCGACGACCAG
CTGAAGGTTCGTGGTCACCGGATCGAGCCGGGCGAGGTCGAGTCCGCGCTGCTCGCGGTG
GATGGCGTGGCCCAGGCGGTGGTGACCGAGCACGACAACCGGCTCGTCGCTTATGTGGTG
GGCGCCGGCGGGGCGCGGGTGGCAGCCGAAGACCTCCTGCCGCCGCTGCGCAAGCAGCTG
CCCGGCTACCTCGTACCGGACGTGGTCGTCGGCTTGCCGCGCCTGCCGACGTCGCCGAAC
GGCAAGGTCGACCGGGCCGCCTTGCCCGATCCCGATGCGGACGGCGCCGAGCGCGCGACC
TCGGGGCGAGCACCGAGCACACCGACCGAGATCCGCCTGGCCGAGTTGTTCGCCGAAGTG
CTCAGCGTCAGCAGCGTCGGCGTCGACGACAGCTTCTTCGACATCGGCGGCCACTCGCTG
CTCGCGACTCGGCTGGTGGCCCGCATCCGGGAAAGCCTGCAGGTCCGGCTGCGCGTGCAG
GCCTTCTTCAACGCGCCGTCCGTGGCACAGCTGGCCAAGGTGCTCGACGGCGCATCGACG
TGA

[1] A	36..428

[1] tyrosine	203..300

[1] PCP	509..576

[1] A	106..1284

[1] tyrosine	607..900

[1] PCP	1525..1728

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain) PF00501 AMP-binding IPR006162 Phosphopantetheine attachment site (PTM) PS00012 PHOSPHOPANTETHEINE IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain) SSF47336 ACP_like G3DSA:1.10.1200.10 ACP_like PS50075 ACP_DOMAIN PF00550 PP-binding IPR010071 Amino acid adenylation domain (Domain) TIGR01733 AA-adenyl-dom IPR020459 AMP-binding (Domain) PR00154 AMPBINDING IPR020845 AMP-binding, conserved site (Conserved_site) PS00455 AMP_BINDING
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chlor_00190 Chlor_00210