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Lydi_00240 : CDS information

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Organism
StrainTP-A0598 (=NBRC 110027)
Entry nameLydicamycin
Contig
Start / Stop / Direction114,791 / 113,136 / - [in whole cluster]
114,791 / 113,136 / - [in contig]
Locationcomplement(113136..114791) [in whole cluster]
complement(113136..114791) [in contig]
TypeCDS
Length1,656 bp (551 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)putative amine oxidase
GeneTPA0598_03_00880
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
  • The N-terminal position was modified from original publication.
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[26380643] Draft genome sequence of marine-derived Streptomyces sp. TP-A0598, a producer of anti-MRSA antibiotic lydicamycins. (Stand Genomic Sci. , 2015)
comment
Streptomyces sp. TP-A0598におけるputative lydicamycin biosynthetic gene clusterの報告。
このclusterが実際にlydicamycin産生に関わるかどうかの実験的な確認はされていない。

TPA0598_03_00880(551aa): amine oxidase

ECO-02301生合成gene clusterでのstarter 4-aminobutyryl-CoA(γ-aminobutyryl-CoA)形成に割り当てられたORFsと比較し、amidinohydrolaseに相当するORFだけが存在しないことから、このclusterでのpolyketide組み立てにおけるstarterは4-guanidinobutyryl-CoAであると提唱している。配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q52V64
PmId
comment
BLAST id74%
Streptomyces aizunensis
Amine oxidase
ORF27に相当するentry

ゲノムマイニングを利用したStreptomyces aizunensis NRRL B-11277からの新規抗真菌抗生物質ECO-02301の分離同定。

4つのORFs(18, 26, 27, 32) は、arginine → γ-aminobutyryl-CoAへと変換し、活性化されたγ-aminobutyryl-CoAをPKSシステムのLMのACP domainにロードする能力のある酵素をコードする遺伝子であると述べられている。これら遺伝子については配列解析のみ。

arginine
↓ ORF27: amine oxidase
↓ ORF26: acyl-CoA ligase
↓ ORF32: amidinohydrolase
γ-aminobutyryl-CoA
↓ ORF18: transacylase
starterとしてPKS LM(module 0)のACPへ付加される。
Family/Domain
FD
IPR002937
comment
[IPR002937] Amine oxidase (Domain)
Molecular Function = GO:0016491 oxidoreductase activity

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selected fasta
>putative oxidoreductase [putative amine oxidase]
MTLASSERVTMFVPDFPFAYDDWLRHPAGLGAVPRHRHGTPVAVIGGGMSGMTAAYELMR
LGLRPVVYEAEQLGGRMRSVPFPEYPALRAEMGAMRFPLSATTLFHYIDALGLRTSPFPN
PLAACTPATLVNLEGRTHRARSAADLPSEFQEVADAWAKALQDRAELSSLQDAIRRRDIP
VLKAIWNQLVKEYDDQSFYGFLATSPAFASFRHREIFGQVGFGTGGWDTDFPNSIIEILR
VVCTAADDDQMTIEGGAQQVPRGLWTLRPDRLAHWPAGTSLAGLHGGAPRTAAVGIRRDA
EGYTVTDADGRRDRYPAVVFSPHVWALLNHVDSDPELLPADLWSAVERTHYMGSSKVFVL
TDRPFWLDTDPDTGRMAIGMTLTDRMPRSVYLFDSGPDRPGVMCLSYTWNDDSLKFATLS
AEQRLELLLTKLGEIYPGVDIRSHLISAPLTITWETEPRFMGAFKANLPGHYRYQRRLFS
HFMQHELDPRHRGFFLCGDDISWTGGFAEGAVTTALNAVWGVVNHLGGSTAPENPGPGDV
FHEIAPVRLPE
selected fasta
>putative oxidoreductase [putative amine oxidase]
ATGACCTTGGCCAGTTCGGAACGAGTGACCATGTTCGTGCCGGATTTCCCTTTCGCCTAT
GACGACTGGCTGCGACATCCGGCCGGGCTCGGCGCCGTACCCCGGCATCGGCACGGCACT
CCGGTGGCGGTGATCGGCGGCGGGATGTCCGGGATGACCGCGGCCTATGAGCTGATGCGG
CTCGGGCTGCGGCCGGTGGTGTACGAAGCCGAGCAGCTCGGCGGGCGGATGCGTTCGGTG
CCGTTCCCGGAATATCCCGCGTTACGGGCCGAGATGGGCGCGATGCGCTTTCCGCTGTCG
GCGACCACGCTGTTCCATTACATCGACGCGCTCGGGCTGCGTACCTCGCCGTTCCCCAAT
CCCCTGGCGGCCTGCACTCCCGCCACTCTGGTGAATCTGGAGGGACGCACACACCGGGCG
CGGTCGGCGGCCGATCTGCCCTCGGAGTTCCAGGAAGTCGCGGATGCCTGGGCCAAGGCG
TTGCAGGACCGCGCCGAACTCTCCAGCTTGCAGGACGCGATCCGCCGCCGCGATATACCC
GTACTGAAGGCGATATGGAATCAGCTGGTCAAGGAGTACGACGACCAGTCCTTCTACGGT
TTCCTCGCCACCAGTCCGGCCTTCGCGTCCTTCCGGCACCGGGAGATCTTCGGCCAGGTC
GGTTTCGGCACCGGCGGCTGGGACACGGACTTCCCGAATTCCATTATCGAGATCCTCCGT
GTCGTCTGCACCGCGGCGGACGACGACCAGATGACGATCGAGGGCGGCGCCCAGCAAGTG
CCCCGTGGGCTGTGGACGCTTCGGCCCGACCGGCTCGCGCACTGGCCGGCCGGCACCTCG
CTGGCCGGTCTGCACGGGGGCGCTCCCCGGACCGCGGCCGTGGGCATCCGGCGCGATGCC
GAGGGCTATACGGTGACGGACGCCGACGGACGCCGGGACCGGTATCCGGCCGTGGTGTTC
AGCCCGCACGTCTGGGCCCTGCTCAATCATGTGGACAGCGATCCGGAGCTACTCCCGGCC
GACCTGTGGAGCGCCGTCGAACGCACCCATTACATGGGTTCCTCCAAGGTGTTCGTGCTG
ACGGACCGGCCGTTCTGGCTGGACACCGATCCGGACACCGGCCGGATGGCGATAGGTATG
ACCCTCACGGACCGGATGCCGCGCAGTGTCTACCTCTTCGACTCGGGCCCGGACCGGCCG
GGTGTGATGTGCCTGTCCTACACCTGGAACGACGACTCCCTGAAGTTCGCCACCTTGTCG
GCGGAGCAGCGGCTGGAGCTGCTGCTGACCAAACTGGGCGAGATCTATCCCGGGGTGGAC
ATCCGCTCGCACCTCATCAGCGCACCGCTGACGATCACCTGGGAGACCGAGCCGCGGTTC
ATGGGGGCCTTCAAGGCCAACCTGCCCGGTCACTACCGTTACCAGCGCCGCCTGTTCAGC
CACTTCATGCAGCATGAGCTCGATCCGCGGCATCGCGGCTTCTTCCTGTGCGGCGACGAC
ATCTCCTGGACCGGCGGATTCGCCGAGGGCGCCGTGACCACGGCGCTGAACGCGGTCTGG
GGCGTGGTCAATCACCTCGGCGGCAGCACGGCCCCGGAGAATCCCGGTCCCGGCGATGTC
TTCCACGAGATCGCGCCGGTCCGGCTGCCGGAGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002937 Amine oxidase (Domain)
[49-520] 1.7e-35 PF01593
PF01593   Amino_oxidase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Lydi_00230 Lydi_00230   Lydi_00250 Lydi_00250
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